降低小分子的内能对设计强效药物至关重要。量子力学 (QM) 和分子力学 (MM) 方法通常用于估算此能量。为了确定哪些方法在准确性和性能方面提供了最佳平衡,作者对62个碎片进行了扭转扫描分析。作者将9种QM和4种MM方法与更高级的理论计算方法为参比能量进行了比较:在MP2/6-311+G**理论水平进行几何构象优化,接着在CCSD(T)/CBS理论水平计算单点能量。结果表明,较新的MP2.X扰动方法和 MP2/CBS 都表现良好。此外,当色散不是关键能量成分时,将 Hartree-Fock几何优化与MP2/CBS 单点能量计算相结合提供了一种快速准确的折衷方案。在MM方法中,OPLS3力场比MMFF94s或 Amber12:EHT力场在更多测试用例上准确再现CCSD(T)/CBS 扭转能,尤其在芳基-酰胺和芳基-芳基两面角计算上。使用来自剑桥结构数据库的实验构象,我们举了三个例子,其中OPLS3显著高估了张力能。所呈现的能量和构象应该使科学家能够预估所描述方法的预期误差,希望本文能促进对QM和MM方法的进一步研究。Sellers, B. D.; James, N. C.; Gobbi, A.; D. Sellers, B.; C. James, N.; Gobbi, A. A Comparison of Quantum and Molecular Mechanical Methods to Estimate Strain Energy in Druglike Fragments. J. Chem. Inf. Model. 2017, 57 (6), 1265–1275. 原文:https://t.cn/A6a46l3T
#计算机辅助药物设计# #量化计算#
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近期快乐碎片4⃣️
端午节在老霉那里过的,和mm们一起包粽子!
虽然有点丑但是竟然是成功的!
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最后发现甜粽比咸蛋黄肉粽还要好吃!
老霉烧了一大盆的龙虾魔芋!还有一大盆子卤鸭!
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和师妹爱的汽水好好看![哇]
碱水结我真的吃不惯咧![成人礼]#我的plog日记#
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#敬麦cp[超话]#自己去看的电影!还是蛮好看的 虽然确实不太贴近高三生活 但是这是电影啊 就是需要独特的情节才能引人注目!剧情还是不错的 中间有反转 不过划船那一段有一点不真实 现实生活中肯定要穿救生衣的做好防护措施滴 jrm去河边海边一定要注意安全啊!最后mm真的好漂亮呜呜呜! #日常碎片plog##宝宝的少女心#
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