迄今最大规模人类遗传变异体目录公布 有助深入认识基因功能 发现疾病相关基因

人工智能与第六感 今天

   



  英国《自然》《自然·通讯》《自然·医学》杂志近日同时发表来自多家研究机构的一系列报告，集中描述了对一个汇集了逾14万人样本的数据库——基因组聚集数据库（gnomAD）的应用，该数据库拥有迄今最大规模的人类遗传变异体公开目录，是我们深入认识人类基因功能、发现新疾病相关基因的宝贵资源。
　　人类基因组中绝大多数基因的功能依然未知。揭示基因功能的一种方法是观察基因发生突变后的结果。这些变异体往往会产生不良结果，但通常较为罕见。大规模基因测序研究有助于考察这些功能丧失型变异体的效应，或能带来对人类生物学特征和疾病的重要见解。此次《自然》发表的一篇概述性报告中，美国麻省理工学院—哈佛大学博德研究所科学家康拉德·卡泽维斯基及其同事，描述了从125748个全外显子组和15708个全基因组测序数据集中鉴定出的443769个预测的功能丧失型变异体。鉴于这些变异体预计会影响其编码蛋白的正常运作，团队进而评估了这些变异体对生理机能的影响：究竟是几乎没有影响，还是会导致严重的健康问题。《自然》同时发表的另外两篇报告，利用该数据库创建了一个结构性变异体资源库，并评估了基因缺失、复制，甚至是颠倒方向所产生的影响。　　同时出炉的其他报告，探讨了如何利用人类功能丧失型变异体评价候选药物靶点，提升对遗传变异体的临床解读，以及如何更详细地考察特异性功能丧失型变异体。譬如英国帝国理工学院科学家尼古拉·威芬和同事分析了与帕金森病风险增加相关的一个基因的变异体，结果显示靶向这个基因或是一种安全的治疗方法。科学家们表示，gnomAD项目的样本量是其前任的两倍多，之前的外显子组聚集联盟（ExAC）收录了6万多个外显子组数据。卡泽维斯基与同事也指出，他们距离鉴定出人类全部的预测功能丧失型变异体还很遥远，尽管如此，他们认为这项资源能够提升我们对罕见和常见遗传病的评估。



上周一期的nature封面就是画的这个事，把斑马线画的长短如双螺旋，在斑马线上走的些人如些碱基，原来是说的这个gnomad人基因数据库，有15708个全基因序列，加多125748个外显子序列，就是升级替代了早前2016年的exac外显子数据库，这样不仅可以看看可编码蛋白的序列，还可看看非编码区的内含子序列，这搞基因信息学的以后会越来越有需求的了，acgt四个码子编的复杂各各生命的奥妙无穷，再就是又一次说明了数据积累多了就成价值了，这期nature就同时发表了四篇依据这gnomad做的文章，内容都很有意思，当然都是顶级超高水平文章。

【国际gnomAD联盟发表4篇Nature论文和3篇Nature子刊论文，从多个角度探究人类遗传变异】在过去的8年里，基因组聚合数据库（Genome Aggregation Database, 简称gnomAD）联盟及其前身外显子组聚合联盟（Exome Aggregation Consortium, 简称ExAC）一直与世界各地的遗传学家合作，编篡和研究来自世界各地人群的12.5万多个外显子组和1.5万个全基因组。如今，在发表Nature、Nature Communications和Nature Medicine期刊上的7篇论文中，gnomAD联盟的科学家们描述了他们从这一数据库中获得的第一组发现，显示了这一庞大数据集合的力量。https://t.cn/A62BTian