【科研进展】动物研究所合作建立细胞谱系景观数据库
细胞谱系形成和转化在哺乳动物整个生命周期中经历了复杂的转录和表观遗传改变。深入研究谱系分化、维持和退变有助于全面了解器官发育、稳态、衰老和疾病等重要生物学过程。随着高精度多组学技术的迅猛发展，针对人类和小鼠等模式生物的谱系相关研究已产生海量数据；建立相关的数据资源平台用以存储、管理和整合多组学数据已成为迫切需求。
2022年10月28日，中国科学院动物研究所刘光慧研究组、中国科学院计算机网络信息中心周园春研究组、中国科学院动物研究所曲静研究组和北京基因组研究所（国家生物信息中心）张维绮研究组合作在Nucleic Acids Research杂志发表论文“Lineage Landscape: a comprehensive database that records lineage commitment across specie”，建立了细胞多谱系全景数据库“Lineage Landscape（LL）”，从转录组、单细胞转录组、表观基因组等不同层面的数据集，捕捉了人类和经典模式生物等10余个物种从胚胎、胎儿、成人到老年阶段细胞谱系的变化，实现了不同条件下基因表达改变的汇聚融合。
Lineage Landscape数据库实现了对细胞谱系不同层次、不同时期的多维组学数据的收录和整合。用户可以方便地访问并查询兴趣基因在不同物种、不同发育阶段的变化。总体而言，Lineage Landscape收集了超过660万个细胞的数据，包括1500万个差异表达基因条目信息。数据库将不断更新和整合不同组学层次的高质量数据集，从而为相关研究领域提供宝贵的资源。此外，团队于2020年建立了Aging Atlas（AA）数据库，于2021年建立了Regeneration Roadmap（RR）数据库。这些数据库迄今已服务来自全球75个国家的16万名访问者。Lineage Landscape (LL)、Aging Atlas (AA)和Regeneration Roadmap (RR) 三个姊妹库将形成资源互补，共同推动发育、衰老和再生生物学的学科发展。
该数据库由中国科学院动物研究所、北京干细胞与再生医学研究院、中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院干细胞与再生医学科学数据中心、中国科学院数据总中心、中国科学院北京基因组所、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心等机构合作完成。中国科学院动物研究所刘光慧研究员、中国科学院计算机网络信息中心周园春研究员、中国科学院动物研究所曲静研究员和中国科学院北京基因组研究所张维绮研究员为共同通讯作者。首都医科大学博士研究生燕浩腾、中国科学院计算机网络信息中心助理工程师王容昊、中国科学院动物研究所、北京干细胞与再生医学研究院“致一”研究员马帅、中国科学院计算机网络信息中心工程师黄道然、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心研究员王思、中国科学院北京基因组研究所研究员任捷为共同第一作者。此外，数据库建设也得到了中国科学院计算机网络信息中心高级工程师陈昕和高级工程师路长发的支持。
文章链接：https://t.cn/A6oHR5n7
数据库（LL）链接：https://t.cn/A6oHR5nZ
数据库（AA）链接：https://t.cn/A6xuthEX
数据库（RR）链接：https://t.cn/A6M9hfla
阅读原文：https://t.cn/A6oHR5nw
细胞谱系形成和转化在哺乳动物整个生命周期中经历了复杂的转录和表观遗传改变。深入研究谱系分化、维持和退变有助于全面了解器官发育、稳态、衰老和疾病等重要生物学过程。随着高精度多组学技术的迅猛发展，针对人类和小鼠等模式生物的谱系相关研究已产生海量数据；建立相关的数据资源平台用以存储、管理和整合多组学数据已成为迫切需求。
2022年10月28日，中国科学院动物研究所刘光慧研究组、中国科学院计算机网络信息中心周园春研究组、中国科学院动物研究所曲静研究组和北京基因组研究所（国家生物信息中心）张维绮研究组合作在Nucleic Acids Research杂志发表论文“Lineage Landscape: a comprehensive database that records lineage commitment across specie”，建立了细胞多谱系全景数据库“Lineage Landscape（LL）”，从转录组、单细胞转录组、表观基因组等不同层面的数据集，捕捉了人类和经典模式生物等10余个物种从胚胎、胎儿、成人到老年阶段细胞谱系的变化，实现了不同条件下基因表达改变的汇聚融合。
Lineage Landscape数据库实现了对细胞谱系不同层次、不同时期的多维组学数据的收录和整合。用户可以方便地访问并查询兴趣基因在不同物种、不同发育阶段的变化。总体而言，Lineage Landscape收集了超过660万个细胞的数据，包括1500万个差异表达基因条目信息。数据库将不断更新和整合不同组学层次的高质量数据集，从而为相关研究领域提供宝贵的资源。此外，团队于2020年建立了Aging Atlas（AA）数据库，于2021年建立了Regeneration Roadmap（RR）数据库。这些数据库迄今已服务来自全球75个国家的16万名访问者。Lineage Landscape (LL)、Aging Atlas (AA)和Regeneration Roadmap (RR) 三个姊妹库将形成资源互补，共同推动发育、衰老和再生生物学的学科发展。
该数据库由中国科学院动物研究所、北京干细胞与再生医学研究院、中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院干细胞与再生医学科学数据中心、中国科学院数据总中心、中国科学院北京基因组所、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心等机构合作完成。中国科学院动物研究所刘光慧研究员、中国科学院计算机网络信息中心周园春研究员、中国科学院动物研究所曲静研究员和中国科学院北京基因组研究所张维绮研究员为共同通讯作者。首都医科大学博士研究生燕浩腾、中国科学院计算机网络信息中心助理工程师王容昊、中国科学院动物研究所、北京干细胞与再生医学研究院“致一”研究员马帅、中国科学院计算机网络信息中心工程师黄道然、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心研究员王思、中国科学院北京基因组研究所研究员任捷为共同第一作者。此外，数据库建设也得到了中国科学院计算机网络信息中心高级工程师陈昕和高级工程师路长发的支持。
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数据库（LL）链接：https://t.cn/A6oHR5nZ
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【午评：强势收复3000点！沪指涨1.42%，创业板指涨3.17%，两市超4300股上涨；医药医疗集体爆发，药明康德涨近9%，信创板块攻势不减，诚迈科技20%涨停】
三大指数高开高走，两市超4300股上涨，沪指再度收复3000点，截止午盘，沪指涨1.42%，深成指涨2.33%，创业板指涨3.17%。两市半日成交5742亿。北向资金半日净买入超60亿。
盘面上看，医药医疗集体爆发，药明康德涨近9%，超20股涨停或涨超10%，康希诺、百诚医药20CM涨停，药石科技、美迪西、康龙化成、泰格医药、昭衍新药等涨幅居前。
信创板块攻势不减，超十余股涨停，诚迈科技20%涨停，竞业达走出16天10板，中国软件封板再创阶段新高，用友网络、海量数据、久远银海等涨停。
教育板块持续大涨，中公教育、国新文化、中国高科涨停，传智教育、学大教育、昂立教育、创业黑马等涨超6%。
“牛市旗手”券商股震荡走强，哈投股份涨停，浙商证券、国联证券、中信建投、长城证券等跟涨。
此外，元宇宙、云游戏、华为概念等板块涨幅居前。#股票#
三大指数高开高走，两市超4300股上涨，沪指再度收复3000点，截止午盘，沪指涨1.42%，深成指涨2.33%，创业板指涨3.17%。两市半日成交5742亿。北向资金半日净买入超60亿。
盘面上看，医药医疗集体爆发，药明康德涨近9%，超20股涨停或涨超10%，康希诺、百诚医药20CM涨停，药石科技、美迪西、康龙化成、泰格医药、昭衍新药等涨幅居前。
信创板块攻势不减，超十余股涨停，诚迈科技20%涨停，竞业达走出16天10板，中国软件封板再创阶段新高，用友网络、海量数据、久远银海等涨停。
教育板块持续大涨，中公教育、国新文化、中国高科涨停，传智教育、学大教育、昂立教育、创业黑马等涨超6%。
“牛市旗手”券商股震荡走强，哈投股份涨停，浙商证券、国联证券、中信建投、长城证券等跟涨。
此外，元宇宙、云游戏、华为概念等板块涨幅居前。#股票#
真是学无止境啊
这两天项目进展有点缓慢，时间全用来补知识了[单身狗]
有海量数据，用到mongo，我没学，补
整个缓存吧，用到redis，老师讲我没听，补
redis要安在Linux上，忘密码了，改
改完了，要上传安装包，xftp忘了怎么用了，补
庆幸的一点是，还好学过Linux，要不然要补到下周了[单身狗][单身狗]
……
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