拖了一个多月终于玩成了一点半
打本的时候 我质问mhc为什么要给我这个本 这个角色很绿茶 复盘的时候才知道 李雨桐是c位 太多细思极恐的东西了
打完这个本后
mhc说：哈sir已经被我拉进恐怖本小黑屋 她根本一点儿都不害怕的
超级害怕鬼又被我们拉上车的小黄：球球你也把我拉黑吧 我再也不想玩恐怖本了
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Sci Trans Med 这一期发表了清华药学院廖学斌实验室的文章 —— 老哥一周前才发了Cancer Cell.
这篇文章讲的是一个叫做D18的小分子，可以促进H3K4去甲基化酶KDM5A的表达，进而增敏checkpoint blockade疗效的故事。他们发现，D18不仅增加KDM5A表达，从而抑制PTEN的活性，通过PI3K-AKT-S6K1通路促进PDL1的表达；而且还可以激活TLR7/8通路，激活经典的TLR的myd88-TRAF6-ikk的IFNa和NFkB促炎症细胞因子通路.
这个故事的大背景是这样的：
PD1-PDL1检查点抑制剂存在天然耐药的问题，最好的情况下也只有约20%病人对抗体单药治疗产生响应。在临床上观察到的一个现象是，PD-L1表达高的病人对PD-1抑制剂的响应更好。同时呢，又知道肿瘤细胞有大量表观遗传修饰，比如H3K4，甲基化的H3K4me3标志着染色质开放状态，进而促进基因转录。又有文章报道呢，组蛋白甲基化酶/去甲基化酶可以增加PD-1/PD-L1抑制剂的疗效，比如抑制KDM1A的活性可以增加PD1抑制剂的疗效。但是，KDM5A目前的作用尚不明确。
他们的故事是这样讲的：
首先，他们重新分析了Leed Melanoma Cohort的开源数据，GSEA分析发现KDM5A表达与其中20种基因特征相关，其中PD-1信号通路和染色质修饰酶的表达高低与KDM5A表达高低正相关。然后又去TGA里挖掘，再对比LMC的数据源，确定了一个含8个基因的KDM5A基因表达特征。再然后把这个KDM5A的基因表达特征去检验另外的领床实验开源数据，发现PD-1抑制剂响应的病人的KDM5A基因特征S评分更高。KDM5A高表达，在一个121病人的黑色素瘤试验中去OS和PFS都正相关。在小鼠的B16和MC38移植瘤模型中，过表达KDM5A联合PD-1抑制剂能明显抑制肿瘤生长。
表型找到了，接下来做机制。首先他们在MC38肿瘤上过表达KDM5A，发现PD-L1表达增加。定量检测MC38-KDM5A细胞的蛋白组学，发现在PI3K-Akt-S6K1通路中5重蛋白表达下降同时另外11种表达上升。之前的研究发现PTEM会抑制PI3K-Akt-S6K1通路，进而下调PD-L1表达。KDM5A是一个组蛋白去甲基化酶，所以他们就做了ChIP实验。发现KDM5A和pten启动子上游-3527 ~ -2533bp区间有明显的结合。而敲除KDM5A明显促进该区域的H3K4me3甲基化组蛋白的表达水平。过表达KDM5A则在转录和翻译水平都抑制PTEN表达。
再然后呢，他们发现在MC38上过表达KDM5A，可以增加PD-L1抑制剂的体内疗效。而MC38对于PD-1或者PD-L1的单药疗效都有限（这也是为什么BMS的PD-1抗体早期开发数次面临项目被砍的原因）
然后呢，他们现在一个1154种FDA批准的药物的化合物库里面用RNA-seq高通量筛选的方法找到了palbociclib这种CDK4/6抑制剂可以上调KDM5A和PD-L1的表达；然后呢，他们又筛选了一个他们自己设计的化合物库找寻TLR7/8激动剂。所以他们决定用这个TLR7/8激动剂化合物库来筛选KDM5A的功能（这里的逻辑好奇怪，合着你们是找到一个靶点就把手上的化合物库都筛一遍，果然研究生的劳动力是不要钱的）。在一个叫做D18的吡啶嘧啶衍生物上发现可以上调KDM5A和PD-L1的表达。于是，就是你了，D18。
D18在MC38移植瘤上和PD-L1抑制剂联用能明显抑制肿瘤生长。在细胞系上有剂量依赖性的促进KDM5A和PD-L1表达的活性。并且剂量依赖性抑制PTEN的表达。D18处理过的细胞的蛋白组学profile符合一开始建立的8个基因的KDM5A基因表达特征。D18可以明显激活PI3K-Akt-S6K1通路，增加磷酸化水平。在PTEN过表达的细胞株中，D18也能降低PTEN的表达和相对促进PI3K-Akt-S6K1通路的磷酸化水平。但是，CRISPR-cas9敲除KDM5A基因的话，D18则失去活性。这一系列操作确定了D18是通过上调KDM5A的表达水平。因为D18是从TLR7/8激动剂化合物库里面找到的，而TLRs激动剂的一个作用就是让巨噬细胞往M1型转。所以他们还顺手验证了一下D18可以剂量依赖性上调CD86, CD80， MHC-DR这几个M1-macrophage的marker。
再然后，在MC38移植瘤模型上，D18联合anti-PD1抗体能最明显已知肿瘤生长，延长生存期。并且D18和anti-PD-1联用在myd88敲除小鼠上和野生型小鼠上能取得差不多的肿瘤生长抑制。他们还在4T1, B16, Ag104Ld移植瘤模型上验证了D18+a-PD1抗体的联用活性。
在机制上，D18+a-PD1抗体联用促进了CD8T和CD4T细胞的肿瘤浸润。D18+a-PD1抗体联用能最明显促进CD8 TIL 细胞的IFNg/CD107a/TNFa表达；同样在CD4 TIL中最明显促进Tbet和CD107a阳性的两种亚群浸润。在小鼠的脾脏细胞中，D18+a-PD1抗体联用比isotype或者单药组有更多的CD62L+ CD44-的naive T细胞和CD62L+/CD44+的Tcm细胞。有意思的是，无论是单药组还是D18+a-PD1抗体联用组，TCR的克隆性扩增指数都比NC对照高，但是相互之间没有差别。但是D18+a-PD1抗体联用组看上去TCR克隆更集中。
在髓系细胞这边，D18+a-PD1抗体联用组有更多的CCL4，CXCL9和CXCL10表达，更少的b-catenin表达；更多的CD11b+/CD103+的DC细胞浸润；更多的CD11b+,F4/80+,HLA-DR+,CD206-的M1巨噬细胞浸润和更少的HLA-DR- CD206+的M2巨噬细胞。
最后，他们在D18+a-PD1抗体联用的基础上还验证了D18+a-PD1+a-TIM-3的三联疗效。
这篇文章讲的是一个叫做D18的小分子，可以促进H3K4去甲基化酶KDM5A的表达，进而增敏checkpoint blockade疗效的故事。他们发现，D18不仅增加KDM5A表达，从而抑制PTEN的活性，通过PI3K-AKT-S6K1通路促进PDL1的表达；而且还可以激活TLR7/8通路，激活经典的TLR的myd88-TRAF6-ikk的IFNa和NFkB促炎症细胞因子通路.
这个故事的大背景是这样的：
PD1-PDL1检查点抑制剂存在天然耐药的问题，最好的情况下也只有约20%病人对抗体单药治疗产生响应。在临床上观察到的一个现象是，PD-L1表达高的病人对PD-1抑制剂的响应更好。同时呢，又知道肿瘤细胞有大量表观遗传修饰，比如H3K4，甲基化的H3K4me3标志着染色质开放状态，进而促进基因转录。又有文章报道呢，组蛋白甲基化酶/去甲基化酶可以增加PD-1/PD-L1抑制剂的疗效，比如抑制KDM1A的活性可以增加PD1抑制剂的疗效。但是，KDM5A目前的作用尚不明确。
他们的故事是这样讲的：
首先，他们重新分析了Leed Melanoma Cohort的开源数据，GSEA分析发现KDM5A表达与其中20种基因特征相关，其中PD-1信号通路和染色质修饰酶的表达高低与KDM5A表达高低正相关。然后又去TGA里挖掘，再对比LMC的数据源，确定了一个含8个基因的KDM5A基因表达特征。再然后把这个KDM5A的基因表达特征去检验另外的领床实验开源数据，发现PD-1抑制剂响应的病人的KDM5A基因特征S评分更高。KDM5A高表达，在一个121病人的黑色素瘤试验中去OS和PFS都正相关。在小鼠的B16和MC38移植瘤模型中，过表达KDM5A联合PD-1抑制剂能明显抑制肿瘤生长。
表型找到了，接下来做机制。首先他们在MC38肿瘤上过表达KDM5A，发现PD-L1表达增加。定量检测MC38-KDM5A细胞的蛋白组学，发现在PI3K-Akt-S6K1通路中5重蛋白表达下降同时另外11种表达上升。之前的研究发现PTEM会抑制PI3K-Akt-S6K1通路，进而下调PD-L1表达。KDM5A是一个组蛋白去甲基化酶，所以他们就做了ChIP实验。发现KDM5A和pten启动子上游-3527 ~ -2533bp区间有明显的结合。而敲除KDM5A明显促进该区域的H3K4me3甲基化组蛋白的表达水平。过表达KDM5A则在转录和翻译水平都抑制PTEN表达。
再然后呢，他们发现在MC38上过表达KDM5A，可以增加PD-L1抑制剂的体内疗效。而MC38对于PD-1或者PD-L1的单药疗效都有限（这也是为什么BMS的PD-1抗体早期开发数次面临项目被砍的原因）
然后呢，他们现在一个1154种FDA批准的药物的化合物库里面用RNA-seq高通量筛选的方法找到了palbociclib这种CDK4/6抑制剂可以上调KDM5A和PD-L1的表达；然后呢，他们又筛选了一个他们自己设计的化合物库找寻TLR7/8激动剂。所以他们决定用这个TLR7/8激动剂化合物库来筛选KDM5A的功能（这里的逻辑好奇怪，合着你们是找到一个靶点就把手上的化合物库都筛一遍，果然研究生的劳动力是不要钱的）。在一个叫做D18的吡啶嘧啶衍生物上发现可以上调KDM5A和PD-L1的表达。于是，就是你了，D18。
D18在MC38移植瘤上和PD-L1抑制剂联用能明显抑制肿瘤生长。在细胞系上有剂量依赖性的促进KDM5A和PD-L1表达的活性。并且剂量依赖性抑制PTEN的表达。D18处理过的细胞的蛋白组学profile符合一开始建立的8个基因的KDM5A基因表达特征。D18可以明显激活PI3K-Akt-S6K1通路，增加磷酸化水平。在PTEN过表达的细胞株中，D18也能降低PTEN的表达和相对促进PI3K-Akt-S6K1通路的磷酸化水平。但是，CRISPR-cas9敲除KDM5A基因的话，D18则失去活性。这一系列操作确定了D18是通过上调KDM5A的表达水平。因为D18是从TLR7/8激动剂化合物库里面找到的，而TLRs激动剂的一个作用就是让巨噬细胞往M1型转。所以他们还顺手验证了一下D18可以剂量依赖性上调CD86, CD80， MHC-DR这几个M1-macrophage的marker。
再然后，在MC38移植瘤模型上，D18联合anti-PD1抗体能最明显已知肿瘤生长，延长生存期。并且D18和anti-PD-1联用在myd88敲除小鼠上和野生型小鼠上能取得差不多的肿瘤生长抑制。他们还在4T1, B16, Ag104Ld移植瘤模型上验证了D18+a-PD1抗体的联用活性。
在机制上，D18+a-PD1抗体联用促进了CD8T和CD4T细胞的肿瘤浸润。D18+a-PD1抗体联用能最明显促进CD8 TIL 细胞的IFNg/CD107a/TNFa表达；同样在CD4 TIL中最明显促进Tbet和CD107a阳性的两种亚群浸润。在小鼠的脾脏细胞中，D18+a-PD1抗体联用比isotype或者单药组有更多的CD62L+ CD44-的naive T细胞和CD62L+/CD44+的Tcm细胞。有意思的是，无论是单药组还是D18+a-PD1抗体联用组，TCR的克隆性扩增指数都比NC对照高，但是相互之间没有差别。但是D18+a-PD1抗体联用组看上去TCR克隆更集中。
在髓系细胞这边，D18+a-PD1抗体联用组有更多的CCL4，CXCL9和CXCL10表达，更少的b-catenin表达；更多的CD11b+/CD103+的DC细胞浸润；更多的CD11b+,F4/80+,HLA-DR+,CD206-的M1巨噬细胞浸润和更少的HLA-DR- CD206+的M2巨噬细胞。
最后，他们在D18+a-PD1抗体联用的基础上还验证了D18+a-PD1+a-TIM-3的三联疗效。
看了一篇介绍MHCI和MHCII复合体结构和功能非常好的文章，看完之后感觉很多原来不清楚的点变得顺多了，讲了MHC1和2的多态性、抗原呈递过程、空MHC复合物，挺值得看的，对和MHC相关疾病的理解很有帮助。MHC复合物在人类由定位于6号染色体6p21.3区域的超过200个基因编码。MHC3复合物有和1、2复合物不一样的生理功能，主要由肝脏细胞和特殊的白细胞如巨噬细胞表达，可以编码补体系统（C2、4，B factor）、细胞因子（TNF-a、LTA、LTB）还有很多热休克蛋白。比较有意思的是，发现雄鼠在找对象的时候倾向于找与自己MHC多态性更不一样的伴侣。以后是不是可以不看八字，而是去测一下MHC多态性了。
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