关于如何获得知识，理学家普遍提出了“格物致知”和“穷理”的方法。这是理学方法论的重要范畴，但正是在这个问题上，发生了较大分歧。其中，程朱派主张在事事物物上“穷理”以尽心中之知；王阳明则主张推致心中之知于事事物物；王夫之既主张格物穷理以明心中之知，同时又提出认识事物以获得客观知识的重要思想。这些主张反映了不同的思想倾向，但都承认有先验的道德知识，并以此为最后归宿。

　　 知行关系同理气、心性关系一样，是理学家讨论的重要问题，它随着理气、心性关系的演变而演变，同时又推动了其他范畴的发展。大体说来，在北宋理学建立时期，一般都重视知，在知之中更强调德性之知，在方法上更重视穷理以尽性和省察功夫，以二程的“知先行后”说为代表。在南宋理学体系完成时期，知行并重并开始强调行，主张格物与致知、德性与见闻不可偏废，涵养与省察互相交养，以朱熹的“知行相须互发”说为代表。到明中期，更加强调实践而把知行统一起来，方法上则提倡“致知”以“正物”，更重视“涵养本源”而把本体和功夫统一起来，以王阳明的“知行合一”说为代表。明清之际，随着“经世致用”思想的出现、普遍重视“实践”并出现了颜元的“践履”之学，认识论进一步向实用方面发展，成为这一时期的重要特点。“格物致知”说也有新的突破和进展，开始注意自然科学方法并引进西方“质测”之学，以王夫之的“知行并进”说为代表。与此相联系，心性修养论却在不同程度上受到了批判。这是一个转变时期。方法论的变化，反映了理学范畴体系整体结构的某些变化，但是却没有也不可能出现新的范畴体系。

　　 在认识方法上，理学家普遍运用了分析和综合，演绎和归纳，逻辑推理和非逻辑的直觉、顿悟，尤其运用了辩证的认识方法。但是，从总体上说，理学认识论是经验综合型的直观认识，而不是逻辑演绎型的理智认识，它主张自我反思型的直觉体验，缺乏向外扩散型的理智分析。

　　 既然理学认识方法以直觉顿悟、直观体验为其根本特点，那么，它的任务就不是认识客观的自然界，而是解决人和自然的关系，也就是通过直观体验实现自我超越，达到“天人合一”的理想境界。无论是周敦颐的“思通”，张载的“穷神知化”、“穷理尽性”，还是程颢的“先识仁体”、“反身而诚”，都是为了“尽性以至于命”的性命合一之学。程颐、朱熹的“格物致知”说，虽重视“即物而穷其理”，但最终却是靠“豁然贯通”，以发明心中之“全体大用”，实现“心理合一”。至于陆九渊的“反思”、“立大本”和王阳明的“致良知”、“正心诚意”，更是以直接体认和实践道德自律，实现“天人合一”为目的。直到罗钦顺、王夫之等人的“格物致知”说，唯物地解决了主体同客体的关系问题，强调对“物理”的认识，向客观认识论前进了一大步，但其最终结果仍然是明心中之理以实现主客体的价值关系。事实说明，以“天人合一”为目的和总体架构的理学认识论，必然是重直觉重体验，也必然是返回到内心的自我反思。这种认识论，对于道德理性的自我觉悟以及实现人和自然界的价值关系，提出了很多重要的思想，但是对于发展人的认知理性，认识和改造客观世界，却没有提出有力的论证和说明。

　　 这里还要提出“涵养与省察”、“敬与静”等范畴，它们不仅是从主体意识的层次上进行自我修养的重要方法，而且反映了理学方法论的重要特点。“涵养”即直接体验和培养心性本原，“省察”则是随时随事察识物理以发明“本心”。“静”既是本体存在，又是修养方法，即在静坐中排除一切杂念，体验心性本原；“敬”则是贯彻动静始终、自我专一、自我控制的重要方法。理学家对此虽有不同侧重和运用，但都承认这是实现自我完成的根本方法，其特点是表现了自主性和自觉性。理学认识论必须和这些方法结合起来，才能完成其使命。

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