生信分析，个性化服务，生信SCI整套服务1.TCGA，GEO，ICGC，CGGA等数据库生信分析及生物信息数据挖掘，专注于生物信息数据分析与图表可视化。单细胞测序，预后模型(外部数据库验证或内部数据验证)
2，生存分析，通路分析、相关性分析、WGCNA、LASSO回归、ceRNA、Cibersort、无监督聚类、单基因筛选、cytoscape、GSEA、GSVA等深度分析及可视化。ROC,DCA PCA,t-SNE,独立预后分析等多种评价方法。
3，生信作图(几乎所有):火山图，聚类热图，气泡图，圈图，棒棒糖图，桑基图，PPI互作网络，小提琴图，箱线图等等。
#sci##生信分析##肿瘤##医学#
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【#北肿团队为癌细胞绘制图谱#，胃癌新型靶向诊疗将迈上新台阶】12月17日，北京大学肿瘤医院季加孚研究团队和北京大学生物医学前沿创新中心、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心张泽民团队合作，在国际权威学术期刊《科学》主刊在线发表题为泛癌症肿瘤浸润T细胞的单细胞图谱（Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells ）的论文。
联合研究团队在国际上首次从单细胞水平对包括胃癌在内的21种癌症的肿瘤浸润T细胞进行深入系统分析，结合单细胞基因表达谱和T细胞受体序列，系统刻画了肿瘤浸润性T细胞的异质性和动态性，并系统比较了不同癌症类型之间的异同，为精准靶向胃癌等多癌种内浸润T细胞的免疫治疗提供了重要理论基础。
胃癌是严重危害中国人健康的恶性肿瘤，全球年新发病例逾百万，中国占44%，主要的临床问题是危害大、治疗难、预后差。相对其他肿瘤而言，胃癌治疗手段有限，药物选择相对较少，基于标准化治疗基础上的胃癌精准医疗的创新进展，有赖于对胃癌在内的癌细胞更加深层次的刻画，为寻找新型治疗靶点提供理论依据。
研究团队从临床问题出发，强强联手，利用学科交叉优势，通过整合团队自己产出的单细胞转录组测序数据及已发表的公共数据，构建了胃癌为代表的15个癌种内的髓系细胞图谱，并系统性地比较了各髓系细胞类群在不同癌种间组成、发育及功能上的异同，相关研究成果已于今年2月发表于国际期刊《细胞》（CELL）杂志上。
在此基础上，研究团队进而构建了系统的单细胞水平泛癌症T细胞图谱，图谱涵盖了来自21种癌症类型的316名患者的397810个高质量T细胞数据。共识别出17个CD8+ T细胞类群和24个CD4+ T细胞类群。不同组织来源的T细胞在组成上差异明显，表明肿瘤微环境明显地重塑了肿瘤浸润T细胞状态。
T细胞是淋巴细胞的主要组分，它具有多种生物学功能，CD是血细胞表面的分化抗原，可以作为表面标志以帮助区分不同的淋巴细胞。在T淋巴细胞分类中，CD4代表T辅助细胞，而CD8代表T杀伤细胞。在过去的25年里，研究人员一直专注于T细胞及其免疫检查点研究，成功地进行了癌症免疫治疗，为以前无法治愈的肿瘤患者提供持久的临床反应。
本次研究揭示了CD8+ T细胞耗竭的两条常见路径，即分别通过效应记忆T细胞或组织驻留记忆T细胞达到终末耗竭状态。对于 CD4+ T细胞，研究发现肿瘤中的两种T滤泡辅助细胞，并进一步发现其与肿瘤突变负荷相关，提示了肿瘤细胞是如何塑造肿瘤微环境。最后根据肿瘤浸润T细胞的组成，肿瘤患者可以分为末期耗竭CD8+ T细胞占比高与组织驻留记忆CD8+ T细胞占比高的两个亚组群。基于T细胞的肿瘤免疫分型为理解肿瘤浸润T细胞的总体特性提供了理论基础，为开发新的癌症免疫疗法和患者筛选提供了理论依据。
研究者进一步深入分析胃癌和其他肿瘤组织中的T细胞组成，发现胃癌肿瘤组织中存在较低比例的终末耗竭CD8+T细胞和较高比例的组织驻留记忆CD8+T细胞，暗示胃癌肿瘤微环境中具有较好的抗肿瘤T细胞组成，为进一步开发胃癌的精准靶向免疫治疗提供了理论依据。基于单细胞转录组数据的肿瘤T细胞组分分析将有望于肿瘤免疫治疗患者的精准筛选。（北京晚报 记者孙乐琪 通讯员管九苹）
联合研究团队在国际上首次从单细胞水平对包括胃癌在内的21种癌症的肿瘤浸润T细胞进行深入系统分析，结合单细胞基因表达谱和T细胞受体序列，系统刻画了肿瘤浸润性T细胞的异质性和动态性，并系统比较了不同癌症类型之间的异同，为精准靶向胃癌等多癌种内浸润T细胞的免疫治疗提供了重要理论基础。
胃癌是严重危害中国人健康的恶性肿瘤，全球年新发病例逾百万，中国占44%，主要的临床问题是危害大、治疗难、预后差。相对其他肿瘤而言，胃癌治疗手段有限，药物选择相对较少，基于标准化治疗基础上的胃癌精准医疗的创新进展，有赖于对胃癌在内的癌细胞更加深层次的刻画，为寻找新型治疗靶点提供理论依据。
研究团队从临床问题出发，强强联手，利用学科交叉优势，通过整合团队自己产出的单细胞转录组测序数据及已发表的公共数据，构建了胃癌为代表的15个癌种内的髓系细胞图谱，并系统性地比较了各髓系细胞类群在不同癌种间组成、发育及功能上的异同，相关研究成果已于今年2月发表于国际期刊《细胞》（CELL）杂志上。
在此基础上，研究团队进而构建了系统的单细胞水平泛癌症T细胞图谱，图谱涵盖了来自21种癌症类型的316名患者的397810个高质量T细胞数据。共识别出17个CD8+ T细胞类群和24个CD4+ T细胞类群。不同组织来源的T细胞在组成上差异明显，表明肿瘤微环境明显地重塑了肿瘤浸润T细胞状态。
T细胞是淋巴细胞的主要组分，它具有多种生物学功能，CD是血细胞表面的分化抗原，可以作为表面标志以帮助区分不同的淋巴细胞。在T淋巴细胞分类中，CD4代表T辅助细胞，而CD8代表T杀伤细胞。在过去的25年里，研究人员一直专注于T细胞及其免疫检查点研究，成功地进行了癌症免疫治疗，为以前无法治愈的肿瘤患者提供持久的临床反应。
本次研究揭示了CD8+ T细胞耗竭的两条常见路径，即分别通过效应记忆T细胞或组织驻留记忆T细胞达到终末耗竭状态。对于 CD4+ T细胞，研究发现肿瘤中的两种T滤泡辅助细胞，并进一步发现其与肿瘤突变负荷相关，提示了肿瘤细胞是如何塑造肿瘤微环境。最后根据肿瘤浸润T细胞的组成，肿瘤患者可以分为末期耗竭CD8+ T细胞占比高与组织驻留记忆CD8+ T细胞占比高的两个亚组群。基于T细胞的肿瘤免疫分型为理解肿瘤浸润T细胞的总体特性提供了理论基础，为开发新的癌症免疫疗法和患者筛选提供了理论依据。
研究者进一步深入分析胃癌和其他肿瘤组织中的T细胞组成，发现胃癌肿瘤组织中存在较低比例的终末耗竭CD8+T细胞和较高比例的组织驻留记忆CD8+T细胞，暗示胃癌肿瘤微环境中具有较好的抗肿瘤T细胞组成，为进一步开发胃癌的精准靶向免疫治疗提供了理论依据。基于单细胞转录组数据的肿瘤T细胞组分分析将有望于肿瘤免疫治疗患者的精准筛选。（北京晚报 记者孙乐琪 通讯员管九苹）
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