随着DNA纳米技术的蓬勃发展,日益复杂的多功能DNA纳米结构已以多种方案被成功构建。通过拓扑和几何特性控制和提高DNA纳米结构的精度,可进一步增强所构建结构的功能性。设计精度从纳米级跨越到埃级必将赋予DNA结构更多功能特性,比如精确的生物分子结合界面和理性设计的酶活性。其相关下游应用将包括单分子生物物理作业平台,高灵敏度环境生物和化学分子检测,及理性药物分子设计和筛选。作为DNA纳米结构中无处不在的基本结构模块,分支模块(Branched DNA motifs)特别是immobile Holliday junctions的精确角度控制已成为进一步提高整体结构精度的关键挑战之一。为实现这一目标,清华大学魏迪明分子设计课题组(MADlab)和纽约大学纳德里安·西曼(Nadrian C. Seeman)课题组合作,提出了利用两种方案来控制四臂分支模块晶格(four-arm junction lattices)的分支方向。
第一种方案基于immobile Holliday junctions结构,通过分支点处的特定核苷酸序列控制四臂分支模块的螺旋堆叠模式,进而实现分支方向的控制。
第二种方案利用角度控制支柱来实现柔性四臂分支模块的角度控制。通过三角化支柱的几何控制以实现对松弛连接晶格的特定角度控制。除了静态角度控制外,该方案还可用于二维晶格的动态角度控制。本研究证明动态角度控制可通过经典的Watson-Crick碱基配对或非经典的碱基相互作用(例如,i-motif和G-四链体)实现。
论文链接:https://t.cn/A6MgjL9u
第一种方案基于immobile Holliday junctions结构,通过分支点处的特定核苷酸序列控制四臂分支模块的螺旋堆叠模式,进而实现分支方向的控制。
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motif
是在许多蛋白质分子中,由几个具有二级结构的肽段在空间上相互接近、相互作用,所形成的折叠模样称为超二级结构,又称为模体。锌指结构是一种常见的模体。
motif在生物学中是一个基于数据的数学统计模型,典型的是一段sequence也可以是一个结构,是特定的group的序列预测,例如一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点,也就是序列倾向于被这种factor结合。
对蛋白质来说,sequence motifs可以被定义为蛋白质(蛋白质序列)属于一个给定的蛋白质家族。一个简单的motif可以是,例如,一个模式pattern,而这个模式被这个group中的所有成员共享。
例如WTRXEKXXY(这里,X代表任何氨基酸)。当然也有更复杂的motif模型。Motif有时和特定的功能联系一起。
motif在生物学上翻译成,模体,模序,基序等。
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对蛋白质来说,sequence motifs可以被定义为蛋白质(蛋白质序列)属于一个给定的蛋白质家族。一个简单的motif可以是,例如,一个模式pattern,而这个模式被这个group中的所有成员共享。
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