[测焦] PANGOLin的8月更新 (2/?)

前文见
https://t.cn/A6Owk6kU

BA.2.86 (21L, “鹿蹄草/Pirola”)

本月PANGO委员会外加UShER演化树分析系统的老师们估计都还在放假,积压了一堆排队中的议题(issue),结果就出大事了,这下把休假中的大佬们全部炸出来了,各种资深潜水员纷纷冒泡。一款与BA.2差异程度(divergence)达到52的毒株(BA.2/B.1.1.529.2到理论上的O株共祖B.1.1.529的Divergence“也就”30,而BA.2/B.1.1.529.2到更早的祖先B.1.1的Divergence为63)不仅走快速通道得到了BA.2.86(B.1.1.529.2.86)的命名,同时也得到了神秘草台班子给予的Pirola的绰号(同时包含π和ρ的谐音用来内涵不干人事的WHO),甚至就连在火星用IE上网的WHO也火速颁发了VUM(监控中的毒株,距离得到希腊字母还有两个等级)。目前这款毒株已经得到公开的序列一共9条,再加上已经有废水检测到的,以及已知的跨国旅行史,涉及四个大洲9个国家。

对于它究竟是BA.2的直系后代,还是某个O株共祖未被发现的某个后代的跃迁分支(如果真是这种情况会被叫做“BA.6.1”),或者干脆是两者的重组,其实还是有一定争议的,毕竟它的变异成分里头除了包含BA.2大部分骨架(缺乏大部分BA.2分支含有的ORF1a:L3201F/C9866T的BA.2,缺乏该突变的BA.2分支除了南非只在带嘤和杈国流行过)以外,还包括了BA.4/5的一些定义突变(在一些未调试/干预过的演化树上更靠近BA.4/5的分岔,不过这些突变可以用“趋同演化”来解释),以及一些BA.1独有的突变(比如ORF1a:A2710T/G8393A),但是目前的相关测序太少而且“年代久远”,姑且就这么叫它BA.2.86了。当然如果未来发现了与它并行的分支,很可能会像处理B.1.1.529那样改称为BA.2.86.1到BA.2.86.x。

另外考虑到它极高的刺突蛋白(S)基因突变与非刺突蛋白基因突变比例,有大佬提出过这可能是另一次人畜共患溢出/回溢事件。

它相对于BA.2的具体突变如下:

ORF1a:A211D(C897A), ORF1a:V1056L(G3431T), ORF1a:N2526S(A7842G), ORF1a:A2710T(G8393A), ORF1a:V3593F(G11042T), ORF1a:T4175I(C12789T),
S:ins16_MPLF(ins21608_TCATGCCGCTGT),
S:R21T(G21624C),
S:S50L(C21711T),
S:HV69-70Δ(TACATG21765-21770Δ),
S:V127F(G21941T),
S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ),
S:F157S(T22032C, C22033A),
S:R158G(A22034G),
S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA),
S:L216F(C22208T),
S:H245N(C22295A),
S:A264D(C22353A),
S:I332V(A22556G),
S:G339H(G22577C, G22578A),
S:K356T(A22629C),
S:R403K(G22770A),
S:V445H(G22895C, T22896A),
S:G446S(G22898A),
S:N450D(A22910G),
S:L452W(C22916T, T22917G),
S:N460K(T22942A),
S:N481K(T23005A),
S:V483Δ(GT23009-23010Δ),
S:E484K(G23012A, C23013A_rev),
S:F486P(T23018C, T23019C),
S:R493Q_rev(G23040A_rev),
S:E554K(G23222A),
S:A570V(C23271T),
S:P621S(C23423T),
S:P681R(C23604G),
S:S939F(C24378T),
S:P1143L(C24990T),
M:D3H(G26529C), M:T30A(A26610G), M:A104V(C26833T), M:Q229K(C28958A),
nt:C8293T, nt:T13339C, nt:T15756A, nt:A18492G, nt:C21622T, nt:C25207T, nt:C26681T

其中刺突蛋白(S)基因中氨基酸改变有30多个,首先就是信号肽结束后的一段4个氨基酸的插入,据焦友们的老熟人,“废水一哥”Marc Johnson老师分析这段插入来自ORF1ab基因,nsp_13_310-314内的TCATGCCGCTGT这一碱基片段(见 图1)。益生菌19作为冕状病毒的当红炸子鸡,这种衔尾蛇般自我重组的看家本领那叫一个手拿把攥。至于这个插入突变具体能造成什么效果目前尚不得而知,但是氨基端结构域的删除/插入改变通常能够造成相当可观的免疫逃逸,此前还有极个别例子能够提升hACE2受体结合亲和力。

S:R21T此前出现在个别Delta分支上,与之相比S:S50L以及S:V127F就相当罕见了,具体作用不明。

接下来的S:HV69-70Δ删除突变就是传说中的S基因脱靶(SGTF)突变,这个突变在大流行以来伴随着毒王的更替也呈现出一定的周期性,于是一些机构利用这个本来会使检测假阴性的突变周期出现的特性,用于快速筛查某个毒株,比如目前的XBB*绝大多数不包含该SGTF,那么检测到这个玩意的话说不定就会是BA.2.86(但是不能排除仍在低位流行的BA.5的可能)。

S:Y144Δ(TAT21992-21994Δ)这个应该很熟悉了,XBB*也带有该删除突变,经过认证的免疫逃逸,个别版本的“小阶位”。

S:F157S可能是导致最早只有一条序列的时候被误认为BA.2.38分支的原因之一,不过更常见的是从Iota (B.1.526)拆分出来的B.1.637。不过这个位点上更常见的是BA.2.75上携带的S:F157L(也是目前XBB*家族的热门的趋同之一,XBB在重组的时候丢掉了这个突变,现在又纷纷捡起来了),而在Delta上该位点则是删除掉的。S:R158G则是跟Delta和一系列Deltacron趋同。

S:NL211-212I(AATLTA22193-22198ATA)则是与BA.1或者更早的A.29趋同,这个区域经常会有插入(比如BA.1带的ins214EPE)或者删除(比如I210Δ)出现

S:L216F此前在个别Alpha,Delta的分支和XBB.1.6上出现过。

S:H245N,比较熟悉的就有BA.2.3.20,它的后代CM*系列以及CM*的后代FV*仍在顽固的流行。

S:A264D,极其罕见(大流行期间只测得100多次),但是出现在近期刚被命名的,仍在台湾省流行的BN.1.3.13上。S:I332V,同样等级的罕见。

S:G339H,与XBB*趋同。S:K356T,属于主流XBB*缺失的热门阶位,会产生屏蔽抗原表位的糖基化(glycan)修饰

S:R403K,免疫逃逸与hACE2受体结合亲和力双增,下一个版本答案候选。

S:V445H,S:G446S,S:N450D,S:L452W,S:N460K都是经典阶位,其中V445H极其罕见,而450、452位点都是主流XBB*所缺乏的。

S:N481K可能会带来一定的适应性提升,而S:V483Δ删除突变在Bloom老师的计算器中会降低hACE2受体结合亲和力,换取一些免疫逃逸。

S:E484K,曾经不少毒王都带的突变(Beta, Gamma, Zeta, Eta, Iota以及B.1.619, B.1.626等),不考虑其它突变的综合因素的话,单个突变具备提升毒性的能力,并有可能大幅改变与hACE2受体的互动,造成某些伴随动物重新变得易感。

S:F486P,这个跟目前主流的XBB*趋同,是大家耳熟能详的“史诗级”双增突变;S:R493Q_rev回复突变,跟目前主流的XBB*趋同,提升受体结合亲和力但是免疫逃逸会受到一定影响。

S:E554K,热门趋同;S:A570V,不太常见,此前主要出现在大漂亮流行的B.1.2的个别分支上;S:P621S,热门趋同。

S:P681R,经典的全面增幅,虽然在O株上其增强酶切效率的作用被S:N679K与S:P681H的组合所顶替,但是有部分研究表明在O株骨架上弄出S:P681R仍然能造成病毒载量的可观提升。

S:S939F,近期散发出现,被认为可能在一定程度上改变HR1构象,至于会不会重新解锁入肺通路仍有待研究。

S:P1143L,常见的突变,被认为有助于进一步改善入胞效率。

这一水的突变里头有至少3个是被认为能增强毒性的,更有至少8个免疫逃逸基础阶位,当然它的综合能力具体如何,目前哪怕是最顶尖的研究者都还处在盲人摸象的阶段。接下来它要么成为像BA.1/2那样颠覆XBB*统治的存在(快速椁酆);要么和XBB*共流行(尚未出现过的多血清型共流行);要么成为BA.2.75那样从未制霸过全球,但是后代遍天下(目前仍有BN*、CH*甚至CJ*系列在流行),更是成为新毒王(XBB)的供体之一的存在;要么成为像XBC一样的地方一霸;要么成为像XAY*、CM*(FV*)这样顽固而小众的毒株;要么根本流行不起来(从各种预测以及目前所知的广泛分布情况来看,这个可能性是比较小的)。

绰号Pirola来自小行星1082,后者取自“鹿蹄草(pyrola)”。

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#热恋琪[超话]#只能说很多晚入坑的朋友们真的错过太多太多,就是很多糖当天的感受和现在的感受真的天地之差了,比如,柿子树的画和老奶奶说的话,网易云,这些分析或者她俩勇敢自爆的,还有太多太多,这几天很乱,我和朵拉一样知道是一场梦,她好像醒了,但是我还不想醒来,就算是梦我们这个家4.7w家人经历的幸福会消灭所有的诋毁,爱你们。我会一直潜水下去。嘻嘻
-来自每天用男朋友号签到365打卡的资深社恐潜水员。小畅

【#女子自驾露营遇山洪已失联40天#】6月30日凌晨,自驾前往贵州的刘女士和朋友在六盘水蟠龙镇一河边露营时,遭遇强降雨引发的山洪,随后失联。事发后,当地沿河展开搜救,找到了刘女士所驾的车辆,但车内无人……40天过去,家人仍未等来刘女士被找到的消息。

两人露营失联,多部门展开搜救

7月3日晚,一则寻人消息的发布引起广泛关注。寻人消息称,一名女子(刘女士)6月30日凌晨2点在六盘水蟠龙镇打把河露营,由于强降雨突发山洪,随后失联。

据了解,刘女士是四川内江人,今年27岁。

7月4日,刘女士家人在接受采访时表示,和她一起失联的还有个来自山西的男性朋友。事发后,当地公安、消防等救援力量展开了搜救,刘女士家人也赶到六盘水,等待救援消息。家人透露,7月3日,刘女士所驾车辆在河中被找到,但车里没人。

刘女士家人从警方那里了解到,6月29日,当地下了暴雨。6月30日凌晨2点多,刘女士曾报警称发生山洪,并给警察说了大概位置,但随后电话中断,等警察再打过去就联系不上了。

蟠龙镇属六盘水市水城区,事发后,水城区公安、应急部门及水城区委宣传部曾表示,当地公安、消防等已投入人力全力搜救。事发一周后,7月7日,水城区委宣传部工作人员告诉记者,刘女士所驾驶的车辆已经打捞上岸,但失联人员仍未找到。工作人员表示,事发地点位于蟠龙镇清水河小田坝库区,由于当地连续几天雨水较大,加上河流长、此前山洪导致很多地方出现垮塌现象,这给搜救增加了难度。当地已逐步扩大搜寻范围,继续全力搜救。

已找到失联男子遗体,仍在搜救女子

在六盘水等待20多天后,在救援人员的劝说下,7月22日,刘女士的家人回到内江家中等待消息。

“只有等,干着急,也帮不了任何忙。”刘女士的家人说,发现车辆的地点附近有个拦水坝,上游是一条小溪,救援力量一直搜寻到了下游的牂牁江,“不下雨时,(事发地)水深一般就到膝盖位置,但周边全是很高的山,下暴雨后,水就从山上很多小水沟汇到一起了。”

根据定位等信息,车辆被找到的位置,距刘女士报警所在位置两三公里,车是在几分钟内被冲下去的。视频显示,刘女士的车辆被拖上岸后,损毁严重,车窗玻璃都碎了。

刘女士的家人从当地了解到,事发前,当地一天降雨量达200多毫米。贵州省气象局6月30日发布的消息证实,6月29日8时至30日8时,特大暴雨出现在水城等3县域内的4个观测站,其中最大为水城红岩,降雨量达294.1毫米,此外水城等8县域内的52个观测站出现大暴雨,水城等19县域内的117个观测站出现暴雨。

“上面的公路到(事发)山沟里的垂直高度可能有200米,开车走小路要绕几个山头才能绕下去,上面还有山尖尖。”刘女士父亲看到了女儿行车记录仪留下的最后画面。据他描述,当时河滩上有些石头,下着小雨,车灯开着,还有人拿手电筒照亮,“车在慢慢往前开,可能是想开出来。车辆前方,能看到有水冲下来,后来水来得很快,水位越来越高,就被冲走了。”

但行车记录仪看不到车内情况,刘女士父亲说,当地一救援人员在查看视频后表示,如果刘女士看到山上的水冲下来了,马上打开车门,还有1分半到2分钟左右的逃生机会,“但不知道怎么,当时他们还想着把车挪出来……”

8月9日下午,水城区委宣传部工作人员告诉记者,经公安、消防、应急管理等部门及蓝天救援队、重庆某潜水救援队全力搜救,7月15日,救援人员在下游猴场乡打野沟的河中发现了一具男尸。后经DNA比对,确认为来自山西的失联男子。目前,刘女士仍未找到,搜救工作仍在继续。

刘女士的家人也证实,据他们了解,一同失联的山西男子遗体已于7月25日火化,被其家人带走了。

“最简单的奢望,就是把她找到……”

据了解,刘女士从事房地产销售工作,在重庆、成都、绵阳、攀枝花等地都上过班。刘女士家人说,去年10月,她去了宜宾,此次也是从宜宾自驾去的六盘水。刘女士还有个儿子,即将上小学。

在父母看来,刘女士懂事又聪明,此前在绵阳上班时,一年内曾拿过6个“销冠”。他们想不通,女儿为何没去景区,而是去了事发地。刘女士父亲说,女儿的越野车是事发前一个月左右买的。

“山高,沟又深,自己想去搜,都没有办法”。考虑到事发地等现实状况,刘女士的父母只能寄希望于救援人员。

“救援人员判断,人多半是随车被水冲走了。”7月25日,刘女士父亲告诉记者,从女儿报警求助情况及行车记录仪最后的影像等分析,救援人员认为,女儿生还的概率几乎为零。家人甚至怀疑,这么久没有找到人,可能已经被埋在泥沙下面了。

尽管如此,刘女士父母表示,即使女儿不在了,“最简单的奢望,就是把她找到,”“如果一直找不到,我们更难受,也不知道会折磨我们多少年。”

“我们也没有放弃,仍在继续搜救。”8月9日下午,水城区委宣传部工作人员表示,目前当地已转换搜救方式,从专业的潜水搜救转换为下游涉及乡镇、村组干部沿线开展巡查。此外,当地还使用无人机进行搜寻,并发函至下游公安机关包括贵州安顺市、黔西南州的公安机关,一同协助搜救。

山地救援人士:露营应远离溪谷河沟

刘女士失联40天仍无消息,搜救难点在哪儿?雨季到山区露营,又该注意些什么?

在四川省登山户外运动协会秘书长高敏看来,搜救的难点在于洪水将人冲走后,人可能会被泥石流埋压,或卡在水里的石缝中。为此,他提醒喜欢户外露营者,露营不能选择离水源太近的地方,尤其是山区的河沟。

“实在要选择河沟,一定要问当地人,当地近50年发过洪水没有。”高敏说,除了注意营地选择,还要关注天气预报,尤其是预警信息,不要选择在暴雨、大雨天去露营。

四川泸州市红十字山地救援队队长肖兵也认为,溪谷地形复杂,人被山洪冲走后可能卡在河道中的石缝里,增加了搜救难度。如地形更复杂,搜救难度就更大了,“户外露营,一定要远离溪谷。”肖兵说,很多人觉得溪谷有水又凉快,就忽略了安全性。实际上,那些地方很危险,尤其夏季多雨,是洪水高发期,在山区更危险,“有时,选择的露营点不一定下雨,但上游下雨,山洪突然就来了。”

肖兵建议,自驾露营者不要只贪静、贪凉,最好选择靠近村落的位置及相对开阔的地方。“这看起来容易被打扰,但靠近村落有人。”他说,选择在村落附近露营,当地人尤其是老人熟悉本地情况,如果要涨水,也有经验,露营者更容易收到警示。此外,遇到山洪时,也不要贪恋财物,应果断选择逃生。

“在溪水沟旁露营是很危险的,上游涨水、下大雨,山区是很容易发生山洪的,有时跑都跑不赢,晚上风险更大。”另一位资深山地救援人员也表示,山区河道窄,山洪夹杂泥沙等,下游往往来不及应对,被冲走后如被埋压,搜救难度会很大。救援人员提醒,雨季到户外露营时要有基本的认知,远离溪谷、岩壁,选择开阔、成熟的地方,“当地以前没有发生山洪、泥石流,不代表现在不会发生,需要有个预判,不能存在侥幸心理。”(红星新闻)


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