2021.2.17 周三
瑞典抗疫日记。下午听了WHO工作组的两个报告。简单总结一下，辉瑞疫苗不错，打了第二针之后血清抗体水平比自然感染高出很多，预计对南非变种有一定保护作用。另外T细胞反应似乎不太受变种影响。第一波感染的人的血清对南非变种中和能力大降，但是感染南非变种的血清对第一轮的病毒中和能力只降一倍。所以以后根据南非变种开发出来的疫苗，预计对目前大多数病毒都有效。。比较绕，小潘同学中文水平已经无法表达清楚了[可爱]。下班前还收到好消息：欧盟今天紧急会议，决定再投入150 million 欧元研究基金应对变种。小潘同学领导的ATAC项目被选中，由欧盟提供额外资助，帮我们把双特异抗体推进到临床实验！图二，去楼下悄悄买了一个胖奶油面包[可爱]
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【染色质重塑调控衰老取得新进展】全文链接：https://t.cn/A6twhhi9
2021年2月4日，北京大学生命科学学院陶伟课题组在Aging Cell在线发表了题为“ATF3 drives senescence by reconstructing accessible chromatin profiles”的研究论文。该研究描绘了衰老过程中全基因组范围内的染色质可接近性动态变化图谱，揭示了AP-1转录因子通过重塑特定染色质区域的可接近性从而驱动衰老基因表达程序的机制。
染色质结构和基因组转录程序在衰老过程中都发生了剧烈的重排。 研究人员以人脐静脉内皮细胞的复制性衰老为模型，结合ATAC-seq和RNA-seq技术同时刻画衰老过程中染色质可接近性动态变化图谱和基因表达变化图谱，探究衰老过程中染色质开放性与基因调控网络之间的协作规律。研究发现衰老过程中染色质可接近性状态与衰老相关基因的表达程序都发生了重排且具有正相关关系。鉴定到两种在衰老过程中可接近性规律变化的染色质区域:可接近性逐渐增加的区域(Increased Accessibility Regions, IARs)和可接近性逐渐下降的区域DARs(Decreased Accessibility Regions，DARs)。前者主要分布着一些与衰老发生发展相关的基因，后者主要分布着一些衰老造成的功能衰退相关的基因。特别地，这两种染色质区域都富集了大量的增强子元件。其中，IARs与衰老的程序化进程密切相关。
全基因组的染色质可接近性在衰老过程中经历了规律的重排过程，这与衰老过程中DNA甲基化的重建模式非常相似。为了探究二者的关系，研究人员将HUVEC衰老中的5-甲基胞嘧啶DNA甲基化与ATAC-seq图谱进行了比较，发现在衰老过程中ATAC-seq信号与DNA甲基化水平呈负相关，DNA甲基化信号在ATAC-seq信号富集的区域都比较低，尤其是在调控元件区域，如启动子和增强子。通过分析IARs和DARs中DNA甲基化水平的变化规律，发现在衰老过程中，IARs中的DNA甲基化水平逐渐下降，而DARs中的DNA甲基化水平逐渐上升，因此，DNA甲基化的丢失可能有助于调控元件所在的染色质区域开放性增加。最后，模体富集分析发现AP-1转录因子家族成员，特别是ATF3，在IARs区域的富集程度最高，并且结合程度随着衰老逐渐增强。实验证实了ATF3能够驱动染色质可接近性的重塑，导致衰老关键基因的表达，促进衰老的发生。
2021年2月4日，北京大学生命科学学院陶伟课题组在Aging Cell在线发表了题为“ATF3 drives senescence by reconstructing accessible chromatin profiles”的研究论文。该研究描绘了衰老过程中全基因组范围内的染色质可接近性动态变化图谱，揭示了AP-1转录因子通过重塑特定染色质区域的可接近性从而驱动衰老基因表达程序的机制。
染色质结构和基因组转录程序在衰老过程中都发生了剧烈的重排。 研究人员以人脐静脉内皮细胞的复制性衰老为模型，结合ATAC-seq和RNA-seq技术同时刻画衰老过程中染色质可接近性动态变化图谱和基因表达变化图谱，探究衰老过程中染色质开放性与基因调控网络之间的协作规律。研究发现衰老过程中染色质可接近性状态与衰老相关基因的表达程序都发生了重排且具有正相关关系。鉴定到两种在衰老过程中可接近性规律变化的染色质区域:可接近性逐渐增加的区域(Increased Accessibility Regions, IARs)和可接近性逐渐下降的区域DARs(Decreased Accessibility Regions，DARs)。前者主要分布着一些与衰老发生发展相关的基因，后者主要分布着一些衰老造成的功能衰退相关的基因。特别地，这两种染色质区域都富集了大量的增强子元件。其中，IARs与衰老的程序化进程密切相关。
全基因组的染色质可接近性在衰老过程中经历了规律的重排过程，这与衰老过程中DNA甲基化的重建模式非常相似。为了探究二者的关系，研究人员将HUVEC衰老中的5-甲基胞嘧啶DNA甲基化与ATAC-seq图谱进行了比较，发现在衰老过程中ATAC-seq信号与DNA甲基化水平呈负相关，DNA甲基化信号在ATAC-seq信号富集的区域都比较低，尤其是在调控元件区域，如启动子和增强子。通过分析IARs和DARs中DNA甲基化水平的变化规律，发现在衰老过程中，IARs中的DNA甲基化水平逐渐下降，而DARs中的DNA甲基化水平逐渐上升，因此，DNA甲基化的丢失可能有助于调控元件所在的染色质区域开放性增加。最后，模体富集分析发现AP-1转录因子家族成员，特别是ATF3，在IARs区域的富集程度最高，并且结合程度随着衰老逐渐增强。实验证实了ATF3能够驱动染色质可接近性的重塑，导致衰老关键基因的表达，促进衰老的发生。
【万乘基因完成数千万元 Pre-A 轮融资，降低单细胞测序应用门槛】#动点快讯# 专注于高通量单细胞测序整体解决方案开发的万乘基因今日宣布完成数千万元 Pre-A 轮融资，由北极光创投独家投资。
万乘基因表示，本轮融资将主要用于万乘基因自主开发的液体微流控单细胞测序仪及其配套的多组学试剂的市场推广，并扩大高通量单细胞测序服务的范围。
万乘基因成立于 2018 年 2 月，是一家专注于高通量单细胞多组学测序平台研发的基因测序公司。万乘基因着力研发了多组学单细胞测序手段，对细胞差异进行多维度检测。目前，已完成研发的组学测序平台包括：单细胞转录组平台、单细胞 ATAC 平台、单细胞 ChIP-seq 平台和单细胞甲基化平台，后三者均属于表观组学测序技术，在市场上存在巨大的未被满足的需求。
万乘基因表示，本轮融资将主要用于万乘基因自主开发的液体微流控单细胞测序仪及其配套的多组学试剂的市场推广，并扩大高通量单细胞测序服务的范围。
万乘基因成立于 2018 年 2 月，是一家专注于高通量单细胞多组学测序平台研发的基因测序公司。万乘基因着力研发了多组学单细胞测序手段，对细胞差异进行多维度检测。目前，已完成研发的组学测序平台包括：单细胞转录组平台、单细胞 ATAC 平台、单细胞 ChIP-seq 平台和单细胞甲基化平台，后三者均属于表观组学测序技术，在市场上存在巨大的未被满足的需求。
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