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5月28日，全球顶尖学术期刊Cell在线发布了我校国家重点实验室、水稻研究所李仕贵与钦鹏教授团队联合中科院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队完成的题为“Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations”（基于33个水稻遗传多样性材料的泛基因组分析揭示“隐藏”的基因组变异）的研究论文。这是我校继陈学伟教授团队之后，再次在Cell上发表论文，也是我校第3篇CNS顶级学术期刊论文。该研究得到了国家重点研发计划、自然科学基金重大研究计划集成项目、中科院先导计划和四川农业大学双支计划支持。
(cr.四川农业大学招生网)https://t.cn/A6Vozrfg
5月28日，全球顶尖学术期刊Cell在线发布了我校国家重点实验室、水稻研究所李仕贵与钦鹏教授团队联合中科院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队完成的题为“Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations”（基于33个水稻遗传多样性材料的泛基因组分析揭示“隐藏”的基因组变异）的研究论文。这是我校继陈学伟教授团队之后，再次在Cell上发表论文，也是我校第3篇CNS顶级学术期刊论文。该研究得到了国家重点研发计划、自然科学基金重大研究计划集成项目、中科院先导计划和四川农业大学双支计划支持。
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其实在经历了你校的编程课和物理课的摧残以后，你校的生科本科生愿意搞结构和LLPS的人不会很多，因为冷冻电镜课和光学显微就已经劝退许多人了。但是研究生愿意，毕竟你校的12篇CNS里11篇都是做结构的，而且他们还没经历过你校本科课程的摧残[笑而不语]
看19级小朋友卖力安利这两门课有感，其实大家都想舒服地卷或者艰难的躺平，舒服地躺平和艰难地卷是bczd
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关于看不懂，重新梳理一下——
这个文章，主要说①：SARS-CoV-2的感染性被特异性抗体增强，与Fc受体无关；②当抗体与NTD上的一个特定位点结合时，会诱发开放的RBD状态；③诱导RBD上行状态需要二价桥接；④在严重的COVID-19患者中检测到感染性增强的Ab。
针对SARS-CoV-2尖峰蛋白的受体结合域的抗体可以防止SARS-CoV-2感染。然而，针对其他尖峰蛋白结构域的抗体的效果在很大程度上是未知的。在此，我们筛选了一系列来自COVID-19患者的抗穗状单克隆抗体，发现一些针对N-末端结构域（NTD）的抗体会诱导受体结合结构域（RBD）的开放构象，从而增强穗状蛋白与ACE2的结合能力和SARS-CoV-2的感染性。突变分析显示，所有增强感染性的抗体都能识别NTD上的一个特定部位。结构分析表明，所有增强感染性的抗体都以类似的方式与NTD结合。针对这一感染性增强位点的抗体在重症患者中被大量检测出来。此外，我们在未感染的供体中也发现了针对感染性增强部位的抗体，尽管频率较低。这些发现表明，在SARS-CoV-2感染期间，不仅会产生中和抗体，还会产生增强抗体。
简单的说，这是一个新的ADE机制，而且在这个机制里面，抗NTD抗体是增强病毒结合力的，在竞争中是优势性状，所以NTD区在自然选择过程中不容易变异。如果说疫苗危害，全病毒有NTD区，会产生抗NTD抗体，智飞的只有RBD区。相反，抗RBD抗体阻碍了病毒和ACE2受体的结合，降低了病毒的生存几率，因此RBD区有更大的和筛选压和变异动力。
一般来说，快速繁殖快速变异的RNA病毒容易出现中和抗体失效，而非中和抗体依旧存在的问题，但是传统的ADE是白细胞Fc受体结合非中和抗体结合的病毒并吞噬病毒，分泌白细胞介素造成的问题，而这次不一样。常见的原因就是RBD区变异以后，抗体不能阻断病毒进入细胞复制，但是非中和抗体结合病毒，被巨噬细胞吞噬，并且释放细胞因子，刺激产生更多白细胞，这本身就是致命的，表现为白肺。这个病毒也有这个问题，相反这篇发现的是新问题，所以能发Cell。巨噬细胞吞噬的速度如果没有病毒复制速度快，两边拼了，白细胞就会把基体整死，这种情况下，抑制细胞因子，降低白细胞水平，还有可能活下来。
ADE也不是一个要么有要么没有的问题，而是一个统计学问题。免疫动物或者人，并不是一下大剂量就好，相反大剂量免疫会出现免疫耐受，所以传统上要用佐剂缓释。活物感染过程，本身就是缓释的，比如减毒疫苗 ，腺病毒疫苗，或者mRNA疫苗。如果纯粹做动物实验，用核酸疫苗接种两次之后，再用纯蛋白冲击一次，如果动物不死，就可以得到最高效价和特异性的抗体。比如狂犬疫苗就有减毒和灭活两种，而减毒的效果要好的多。减毒狂犬疫苗是用兔子肉垫连续接种选出来的，安全性实际非常好，但是确实比灭活的风险大，但是狂犬疫苗这东西效果不行也是巨大风险。
这篇论文说的就是，实际情况看，打疫苗后，虽然不能阻止感染，但是重症率下降很多。按道理说疫苗应该没有产生ADE，其实中和抗体不足，而非中和抗体过剩，如果只是中和抗体不足，则不会出现ADE。
总之论文说的这可能是所有抗体都有的一个机制，也是限制灭活疫苗有效率的一个机制。从这个意义讲，mRNA是理想的解决思路。虽然没有证据，还是猜测这不是世界上第一个有这种机制的病毒，只不过在高频度的研究中被发现了。病毒表面那么多触角，人体产生抗体的反馈不能正确建立起构效关系很容易出现这种无效甚至反效果的抗体。这可能是那些人为什么会发展成重症的原因。
论文这个从原理上没问题，可以看作一种非常弱化的ADE效应，就是比登革热病毒亚型靠Fc造成的ADE明显弱化，他们自己也承认在实际重症病人里这个基本不起重要作用。而且病毒变异之后，加强了RBD和ACE2的结合之后这个效应更弱了。所以这个基本上是一个验证性的文章（不是突破性的） 一个病毒进入体内每个人产生的抗体各种各样的，疫苗也一样。疫苗比病毒的好处是第一下就是大剂量（病毒进入体内要慢慢增殖）所以抗体反应强烈，这个文章里的效应就更弱了。这个也是典型的日本文章思路， 他们做的东西非常细致，技术上非常漂亮， 这是为啥Cell会发（在生物圈里，Cell本刊是比肩Nature和Science本刊的，所谓CNS）特点就是从原理上讲的极为详细（当然也得正确）哪怕是一种很不起眼很不主要的因素。这文章没有去柳叶刀，新英格兰医学杂志，JAMA等机构发表的原因其实也在这里， 因为虽然技术上很牛，但实际临床意义有限。 毕竟都是从血清学调查而来的推断， 临床上现在几亿的感染量和疫苗施打了， 并没有任何明显的大规模ADE效应发生。 这是临床研究和基础研究的区别。
——博文综合个人认知糅合，可能越说越混乱，非专业人士看不懂也不要纠结。[允悲][允悲]
这个文章，主要说①：SARS-CoV-2的感染性被特异性抗体增强，与Fc受体无关；②当抗体与NTD上的一个特定位点结合时，会诱发开放的RBD状态；③诱导RBD上行状态需要二价桥接；④在严重的COVID-19患者中检测到感染性增强的Ab。
针对SARS-CoV-2尖峰蛋白的受体结合域的抗体可以防止SARS-CoV-2感染。然而，针对其他尖峰蛋白结构域的抗体的效果在很大程度上是未知的。在此，我们筛选了一系列来自COVID-19患者的抗穗状单克隆抗体，发现一些针对N-末端结构域（NTD）的抗体会诱导受体结合结构域（RBD）的开放构象，从而增强穗状蛋白与ACE2的结合能力和SARS-CoV-2的感染性。突变分析显示，所有增强感染性的抗体都能识别NTD上的一个特定部位。结构分析表明，所有增强感染性的抗体都以类似的方式与NTD结合。针对这一感染性增强位点的抗体在重症患者中被大量检测出来。此外，我们在未感染的供体中也发现了针对感染性增强部位的抗体，尽管频率较低。这些发现表明，在SARS-CoV-2感染期间，不仅会产生中和抗体，还会产生增强抗体。
简单的说，这是一个新的ADE机制，而且在这个机制里面，抗NTD抗体是增强病毒结合力的，在竞争中是优势性状，所以NTD区在自然选择过程中不容易变异。如果说疫苗危害，全病毒有NTD区，会产生抗NTD抗体，智飞的只有RBD区。相反，抗RBD抗体阻碍了病毒和ACE2受体的结合，降低了病毒的生存几率，因此RBD区有更大的和筛选压和变异动力。
一般来说，快速繁殖快速变异的RNA病毒容易出现中和抗体失效，而非中和抗体依旧存在的问题，但是传统的ADE是白细胞Fc受体结合非中和抗体结合的病毒并吞噬病毒，分泌白细胞介素造成的问题，而这次不一样。常见的原因就是RBD区变异以后，抗体不能阻断病毒进入细胞复制，但是非中和抗体结合病毒，被巨噬细胞吞噬，并且释放细胞因子，刺激产生更多白细胞，这本身就是致命的，表现为白肺。这个病毒也有这个问题，相反这篇发现的是新问题，所以能发Cell。巨噬细胞吞噬的速度如果没有病毒复制速度快，两边拼了，白细胞就会把基体整死，这种情况下，抑制细胞因子，降低白细胞水平，还有可能活下来。
ADE也不是一个要么有要么没有的问题，而是一个统计学问题。免疫动物或者人，并不是一下大剂量就好，相反大剂量免疫会出现免疫耐受，所以传统上要用佐剂缓释。活物感染过程，本身就是缓释的，比如减毒疫苗 ，腺病毒疫苗，或者mRNA疫苗。如果纯粹做动物实验，用核酸疫苗接种两次之后，再用纯蛋白冲击一次，如果动物不死，就可以得到最高效价和特异性的抗体。比如狂犬疫苗就有减毒和灭活两种，而减毒的效果要好的多。减毒狂犬疫苗是用兔子肉垫连续接种选出来的，安全性实际非常好，但是确实比灭活的风险大，但是狂犬疫苗这东西效果不行也是巨大风险。
这篇论文说的就是，实际情况看，打疫苗后，虽然不能阻止感染，但是重症率下降很多。按道理说疫苗应该没有产生ADE，其实中和抗体不足，而非中和抗体过剩，如果只是中和抗体不足，则不会出现ADE。
总之论文说的这可能是所有抗体都有的一个机制，也是限制灭活疫苗有效率的一个机制。从这个意义讲，mRNA是理想的解决思路。虽然没有证据，还是猜测这不是世界上第一个有这种机制的病毒，只不过在高频度的研究中被发现了。病毒表面那么多触角，人体产生抗体的反馈不能正确建立起构效关系很容易出现这种无效甚至反效果的抗体。这可能是那些人为什么会发展成重症的原因。
论文这个从原理上没问题，可以看作一种非常弱化的ADE效应，就是比登革热病毒亚型靠Fc造成的ADE明显弱化，他们自己也承认在实际重症病人里这个基本不起重要作用。而且病毒变异之后，加强了RBD和ACE2的结合之后这个效应更弱了。所以这个基本上是一个验证性的文章（不是突破性的） 一个病毒进入体内每个人产生的抗体各种各样的，疫苗也一样。疫苗比病毒的好处是第一下就是大剂量（病毒进入体内要慢慢增殖）所以抗体反应强烈，这个文章里的效应就更弱了。这个也是典型的日本文章思路， 他们做的东西非常细致，技术上非常漂亮， 这是为啥Cell会发（在生物圈里，Cell本刊是比肩Nature和Science本刊的，所谓CNS）特点就是从原理上讲的极为详细（当然也得正确）哪怕是一种很不起眼很不主要的因素。这文章没有去柳叶刀，新英格兰医学杂志，JAMA等机构发表的原因其实也在这里， 因为虽然技术上很牛，但实际临床意义有限。 毕竟都是从血清学调查而来的推断， 临床上现在几亿的感染量和疫苗施打了， 并没有任何明显的大规模ADE效应发生。 这是临床研究和基础研究的区别。
——博文综合个人认知糅合，可能越说越混乱，非专业人士看不懂也不要纠结。[允悲][允悲]
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