我们之间能称得上什么和解的，到最后我也不知道这算是你不告而别，还算是你悬崖立马，是我做错了什么伤害了你，还是你突然看懂了人生。你爱，我便不顾一切，你不爱了，不管我怎么呐喊，最后也只能默然接受。我本想平静的说句"我很幸福，你也要努力"，可还是没能控制情绪，我本以为这段时间自己已经很平静了，却又犯贱的去触碰。我依然能记得那憎恨的眼神，心痛于出之我最爱的人。哎，都没什么意义了，最后这一切都不会跟我有什么关系，正如你所说，你已经有了爱的人。而不是你已经爱上了别人。我只是个过路人，路过了便过了吧（你才是我的过路人，是你路过我，不是我路过你。呵呵，我就经常喜欢争这些没意义的）。安
其实我恨你，恨你让我根本不知道我们之间有什么可以和解。我们有经济纠纷吗？我们有感情纠纷吗？我欺骗你感情了吗？我玩弄你感情了吗？我只是面对我的真实情感做自己力所能及的事情，哎，说这些真没意义了。我只是恨你恨我吧，如我爱你爱我（或许说我爱你于以为你爱我）
其实我恨你，恨你让我根本不知道我们之间有什么可以和解。我们有经济纠纷吗？我们有感情纠纷吗？我欺骗你感情了吗？我玩弄你感情了吗？我只是面对我的真实情感做自己力所能及的事情，哎，说这些真没意义了。我只是恨你恨我吧，如我爱你爱我（或许说我爱你于以为你爱我）
H#太原城市综合管理服务# 钟楼街：千年古街重塑往日繁华
“讲起它不过是条老街……可它哪里只是条老街……”近日，民谣《钟楼街》在各大音乐平台上线，悠扬的曲调和暖心的歌词，唱出了几代太原人的情怀，也使人们对钟楼街的未来充满了憧憬。
钟楼街，因一座钟楼得名，与柳巷、桥头街、柳巷南路成“十”字衔连。一条街，一千年，这里不仅承载了一代又一代老太原人的回忆，更作为太原百年商业辉煌的历史地标，承载了人们对商业繁华的注解。
今年4月，钟楼街改造正式启动，千年古街风貌将重现在世人面前。
传承、保护、恢复 每个人心里都有一条钟楼街
“盼望已久！”8月10日一大早，开明照相馆董事长杨又拴穿过门店大厅，如往常一样来到办公室。虽然这里已经是施工现场，他却没有闲着，每天依旧准点上下班，为改造工程提供力所能及的帮助和服务，干劲十足。
作为此次改造的第一栋建筑，这家百年照相馆的大厅变成了建筑工地宿舍区，工人们正在加紧进行修建，外立面已经完成了一半，“一砖一瓦垒起来，一天一个新模样”。
从上世纪20年代至今，开明照相馆见证了太原的历史变迁。“几十年前，去开明照张相是件时髦的事情。”这家老字号照相馆曾为许多太原人拍过全家福，生意十分兴隆。上世纪90年代，开明婚纱摄影进入鼎盛时期，甚至创下日拍180对新婚夫妇的全国纪录。
“可以说是圆了我们恢复老店原貌的梦想。”杨又拴一页一页地给记者翻看开明的老照片和重建效果图。按照最终的改造方案，这栋老楼将重现上世纪80年代的风貌。
“钟楼街因街上钟楼而得名，1931年，钟楼年久失修，被拆除。据说，那时的钟楼玲珑隽秀，清晨报时，声音传得很远。”原太原市政协副主席、太原史志专家王继祖祖上四五代人居住在开化寺南街，步行十几分钟就到钟楼街。生于斯、长于斯，王继祖对钟楼街的过往了然于心。“今天的钟楼街由早年的钟楼街、按司街和东羊市三街合并而来。据载，清中叶之后，原钟楼街、按司街以及东羊市逐渐发展为太原的主要商市。至正太铁路通车后，商品交易更加繁忙，吸引了北京、天津、上海等地商人来此。以至于位居钟楼街、按司街的名刹宝梵、佛寺禅林——开化寺和大钟寺也被改辟为商场，成为钟楼街上最早的两大商业区。”这次改造在他看来，商业发展在呼唤一种新的出现，钟楼街改造就是为了适应这种发展，让这条街的文脉商脉一起传承，把它铸造成一个新的商市。
“再现‘锦绣太原城’盛景是时代赋予太原的使命，更是迎泽区基于区情实际，大力推进‘全域旅游’、打造省城首善之区，努力蹚出转型发展新路的实践。”在迎泽区委书记李慧的办公桌上，放着好几个版本的钟楼街改造方案，每一版她都细细地研究过。“千年钟楼古街，有着完备的城市记忆、完整的历史文脉、完美的地理优势和完好的商业基础，不改则已，要改就要高标准、高定位、高水平、高效能。”
每一个人心里都有一条钟楼街，每一个老字号身后都有一个老故事，在认真收集了每一栋建筑的老照片和旧资料后，“它们”将完全按照图片和文字记载中100年前的位置和形象得到修复和完善。
复建钟楼，是此次钟楼街改造最大的亮点。据资料记载，钟楼高三层五丈，重檐宏甍，椽拱飞扬，十字结顶。按照改造方案，复建后的钟楼基座高8米，总高达到30米左右，是整个钟楼街最高的一栋建筑。钟楼的地下空间将做成一个博物馆，展示与钟楼街相关的老建筑、老字号、风云人物。
此外，按察司牌楼、开化寺门楼这些承载了几代太原人记忆的历史建筑也将复建，最终形成以民国风貌为主体，同时兼具各时期风貌，体现城市发展变迁的整体风貌，最大程度复原鼎盛时期的模样，重塑城市记忆，传承历史文脉，打造太原城市文化新名片。
地上地下同步改造 为老街巷“强筋壮骨”
在此次改造中，整个钟楼街片区共改造24条街巷，其中重点打造靴巷、帽儿巷等12条步行街，钟楼街自然是绝对的主角，并串联其他11条各具特色的步行街。
走街串巷摸情况，挨家挨户做工作，从年初钟楼街改造提上议程开始，柳巷街道察院后社区党支部委员赵云就开始忙活了，而在更早前，他对街坊商铺的情况进行了详细的摸底。基层工作干了十几年，再琐碎的事儿赵云都不怕，就怕下雨天儿。“雨水一来，寸步难行！”
老街改造人心所向，地下管网改造先行。今年4月，钟楼街片区先行启动了前期的市政配套工程，对东至五一路、西至解放路、北至鼓楼街、南至开化寺街范围内的街巷实施提档升级，主要是提升地下管网的承载能力，同时消除道路上空的“蜘蛛网”，让空中线缆全部入地。
这些街巷总长度约5.6公里，目前已经陆续开工19条。多年来，这些道路下方的供水、供热、雨污水等管线非常复杂，跑冒滴漏现象常有。此次改造后，地下管线将一次性配齐，并实现雨污分流，提升排水能力。
与其他市政道路改造不同，钟楼街片区的地下管线复杂，年代久远，再加上商铺私自接入的接水口或排污口，仅需要临时迁改的管线就达到了195处。对此，施工单位先对沿街不拆的建筑分类采取了不同等级的保护措施，之后才开挖沟槽、铺设管线，并采用新工艺，使管线快速通过，确保房屋质量不受施工影响。
值得一提的是，在本次地下管网铺设过程中，预留了200多处过路管线套管，方便钟楼街片区整体改造时各个管线的对接，避免二次开挖。
此外，整个钟楼街片区的街巷将实施提档升级综合改造，改造后的钟楼街由主街、次街、小街巷三部分组成。主街包括钟楼街；次街包括靴巷、南仓巷、阴阳巷、四岔楼巷、地藏庵巷、二市场巷、酱园巷；小街巷包括智家巷、五魁巷、毡房巷。改造过程中，实施地上与地下的同步改造，不仅沿线基础设施将一并配齐，街巷风貌也将根据建筑的整体风貌予以统一。
原来的钟楼街缺失静态交通，没有停车场，这次将利用一些相对完整的拆除地块和地下空间，完善市政配套设施的同时，尽量解决停车问题。
“谁人不知钟楼街？那个时候只要跟外地同学说家住钟楼街，总有满满的自豪。”现在，走在靴巷正在翻修的泥土路上，赵云又有了满满的期待：“明年一定要邀请老同学来玩！”
商、文、旅融合发展 重现古街往日繁华
杨又拴今年63岁，子承父业，打小就在开明照相馆跑动。“整条街热闹到什么程度呢？每天围在开明落地窗前欣赏婚纱照的人要到晚上10点才散去。”
57岁的赵云同样是钟楼街的“土著”。放学后老鼠窟吃碗元宵，帮大人去大宁堂取包中药，最怀念的还是上海饭店的小笼包。
留住乡愁，是此次钟楼街改造中最温暖人心的点。如何留住？
钟楼街文物古迹众多，礼制文化、王府文化、多元宗教文化以及近现代文化遗存丰富，是太原府城历史遗存的集中区。此次改造中，太原市将传承、保护、恢复的理念贯穿改造始终，文保、文物及遗存历史建筑应保尽保，通过复原钟楼广场等重要历史建筑，重塑城市记忆；通过保留传统街区脉络，恢复街道肌理；通过挖掘历史文化，传承历史文脉；通过植入现代元素，体现时代风貌，以最严的标准和要求激活地域环境、文化特色、建筑风格等“基因”。
城市记忆的重塑并非一蹴而就，而是多年积淀。8月10日，走进靴巷，一处古色古香的小院格外显眼，这里是老字号恒升久，现已完成保护性修缮，未来将成为小型博物馆，进行非遗制作展示，市民、游客可以参与其中，体验乐趣。
“我们要对历史建筑和文物科学保护、活化利用，让它们走下高台，走进百姓。”太原市文物局党组书记刘玉伟表示，此次改造中，许多像恒升久一样的明清、民国时期及近现代有价值的历史建筑都得到了应保尽保，避免了“大拆、大建”的破坏性拆除。“从这些富含文化内涵的古建中探寻城市发展痕迹和文风文脉，融入时代元素，打造成民众身边博物馆和百姓城市会客厅，让人们从这些遗存中挖掘丰厚的太原文化，而被点燃的文化‘烟火气’也可以让历史建筑和文物‘活起来’。”
除了文保文物建筑，有明显历史信息或建筑结构和功能尚可的建筑，也将大量保留下来，并根据府城历史风貌要求进行改造更新。国民日报社、靴巷说书楼、智家院等非文物文保建筑因此得以挖掘保留。
钟楼街商业基础完好，有靴巷、帽儿巷等12条商业街巷，有六味斋、华泰厚等15家老字号，还有25处1000平方米以上大型商业设施，年客流量2000万人以上，是最具有代表性的传统商圈。记者了解到，此次改造坚持推动“商、文、旅”融合发展，恢复老字号，发展新业态。按照同步拆迁、同步建设、同步招商的方式，改造后的钟楼街将加强运营管理，完善服务功能，满足“吃住行游购娱”多元化高品质生活需要。
连日来，随着老门店搬离、拆除，众多民众前来钟楼街拍照留念，回忆老街巷的过往。杨又拴告诉记者，待到钟楼街重新开放之时，开明照相馆也将迎来百年店庆。“时空流转，新旧交织，值得期待，我们和钟楼街都将重塑往日繁华！”
山西日报记者曹婷婷
“讲起它不过是条老街……可它哪里只是条老街……”近日，民谣《钟楼街》在各大音乐平台上线，悠扬的曲调和暖心的歌词，唱出了几代太原人的情怀，也使人们对钟楼街的未来充满了憧憬。
钟楼街，因一座钟楼得名，与柳巷、桥头街、柳巷南路成“十”字衔连。一条街，一千年，这里不仅承载了一代又一代老太原人的回忆，更作为太原百年商业辉煌的历史地标，承载了人们对商业繁华的注解。
今年4月，钟楼街改造正式启动，千年古街风貌将重现在世人面前。
传承、保护、恢复 每个人心里都有一条钟楼街
“盼望已久！”8月10日一大早，开明照相馆董事长杨又拴穿过门店大厅，如往常一样来到办公室。虽然这里已经是施工现场，他却没有闲着，每天依旧准点上下班，为改造工程提供力所能及的帮助和服务，干劲十足。
作为此次改造的第一栋建筑，这家百年照相馆的大厅变成了建筑工地宿舍区，工人们正在加紧进行修建，外立面已经完成了一半，“一砖一瓦垒起来，一天一个新模样”。
从上世纪20年代至今，开明照相馆见证了太原的历史变迁。“几十年前，去开明照张相是件时髦的事情。”这家老字号照相馆曾为许多太原人拍过全家福，生意十分兴隆。上世纪90年代，开明婚纱摄影进入鼎盛时期，甚至创下日拍180对新婚夫妇的全国纪录。
“可以说是圆了我们恢复老店原貌的梦想。”杨又拴一页一页地给记者翻看开明的老照片和重建效果图。按照最终的改造方案，这栋老楼将重现上世纪80年代的风貌。
“钟楼街因街上钟楼而得名，1931年，钟楼年久失修，被拆除。据说，那时的钟楼玲珑隽秀，清晨报时，声音传得很远。”原太原市政协副主席、太原史志专家王继祖祖上四五代人居住在开化寺南街，步行十几分钟就到钟楼街。生于斯、长于斯，王继祖对钟楼街的过往了然于心。“今天的钟楼街由早年的钟楼街、按司街和东羊市三街合并而来。据载，清中叶之后，原钟楼街、按司街以及东羊市逐渐发展为太原的主要商市。至正太铁路通车后，商品交易更加繁忙，吸引了北京、天津、上海等地商人来此。以至于位居钟楼街、按司街的名刹宝梵、佛寺禅林——开化寺和大钟寺也被改辟为商场，成为钟楼街上最早的两大商业区。”这次改造在他看来，商业发展在呼唤一种新的出现，钟楼街改造就是为了适应这种发展，让这条街的文脉商脉一起传承，把它铸造成一个新的商市。
“再现‘锦绣太原城’盛景是时代赋予太原的使命，更是迎泽区基于区情实际，大力推进‘全域旅游’、打造省城首善之区，努力蹚出转型发展新路的实践。”在迎泽区委书记李慧的办公桌上，放着好几个版本的钟楼街改造方案，每一版她都细细地研究过。“千年钟楼古街，有着完备的城市记忆、完整的历史文脉、完美的地理优势和完好的商业基础，不改则已，要改就要高标准、高定位、高水平、高效能。”
每一个人心里都有一条钟楼街，每一个老字号身后都有一个老故事，在认真收集了每一栋建筑的老照片和旧资料后，“它们”将完全按照图片和文字记载中100年前的位置和形象得到修复和完善。
复建钟楼，是此次钟楼街改造最大的亮点。据资料记载，钟楼高三层五丈，重檐宏甍，椽拱飞扬，十字结顶。按照改造方案，复建后的钟楼基座高8米，总高达到30米左右，是整个钟楼街最高的一栋建筑。钟楼的地下空间将做成一个博物馆，展示与钟楼街相关的老建筑、老字号、风云人物。
此外，按察司牌楼、开化寺门楼这些承载了几代太原人记忆的历史建筑也将复建，最终形成以民国风貌为主体，同时兼具各时期风貌，体现城市发展变迁的整体风貌，最大程度复原鼎盛时期的模样，重塑城市记忆，传承历史文脉，打造太原城市文化新名片。
地上地下同步改造 为老街巷“强筋壮骨”
在此次改造中，整个钟楼街片区共改造24条街巷，其中重点打造靴巷、帽儿巷等12条步行街，钟楼街自然是绝对的主角，并串联其他11条各具特色的步行街。
走街串巷摸情况，挨家挨户做工作，从年初钟楼街改造提上议程开始，柳巷街道察院后社区党支部委员赵云就开始忙活了，而在更早前，他对街坊商铺的情况进行了详细的摸底。基层工作干了十几年，再琐碎的事儿赵云都不怕，就怕下雨天儿。“雨水一来，寸步难行！”
老街改造人心所向，地下管网改造先行。今年4月，钟楼街片区先行启动了前期的市政配套工程，对东至五一路、西至解放路、北至鼓楼街、南至开化寺街范围内的街巷实施提档升级，主要是提升地下管网的承载能力，同时消除道路上空的“蜘蛛网”，让空中线缆全部入地。
这些街巷总长度约5.6公里，目前已经陆续开工19条。多年来，这些道路下方的供水、供热、雨污水等管线非常复杂，跑冒滴漏现象常有。此次改造后，地下管线将一次性配齐，并实现雨污分流，提升排水能力。
与其他市政道路改造不同，钟楼街片区的地下管线复杂，年代久远，再加上商铺私自接入的接水口或排污口，仅需要临时迁改的管线就达到了195处。对此，施工单位先对沿街不拆的建筑分类采取了不同等级的保护措施，之后才开挖沟槽、铺设管线，并采用新工艺，使管线快速通过，确保房屋质量不受施工影响。
值得一提的是，在本次地下管网铺设过程中，预留了200多处过路管线套管，方便钟楼街片区整体改造时各个管线的对接，避免二次开挖。
此外，整个钟楼街片区的街巷将实施提档升级综合改造，改造后的钟楼街由主街、次街、小街巷三部分组成。主街包括钟楼街；次街包括靴巷、南仓巷、阴阳巷、四岔楼巷、地藏庵巷、二市场巷、酱园巷；小街巷包括智家巷、五魁巷、毡房巷。改造过程中，实施地上与地下的同步改造，不仅沿线基础设施将一并配齐，街巷风貌也将根据建筑的整体风貌予以统一。
原来的钟楼街缺失静态交通，没有停车场，这次将利用一些相对完整的拆除地块和地下空间，完善市政配套设施的同时，尽量解决停车问题。
“谁人不知钟楼街？那个时候只要跟外地同学说家住钟楼街，总有满满的自豪。”现在，走在靴巷正在翻修的泥土路上，赵云又有了满满的期待：“明年一定要邀请老同学来玩！”
商、文、旅融合发展 重现古街往日繁华
杨又拴今年63岁，子承父业，打小就在开明照相馆跑动。“整条街热闹到什么程度呢？每天围在开明落地窗前欣赏婚纱照的人要到晚上10点才散去。”
57岁的赵云同样是钟楼街的“土著”。放学后老鼠窟吃碗元宵，帮大人去大宁堂取包中药，最怀念的还是上海饭店的小笼包。
留住乡愁，是此次钟楼街改造中最温暖人心的点。如何留住？
钟楼街文物古迹众多，礼制文化、王府文化、多元宗教文化以及近现代文化遗存丰富，是太原府城历史遗存的集中区。此次改造中，太原市将传承、保护、恢复的理念贯穿改造始终，文保、文物及遗存历史建筑应保尽保，通过复原钟楼广场等重要历史建筑，重塑城市记忆；通过保留传统街区脉络，恢复街道肌理；通过挖掘历史文化，传承历史文脉；通过植入现代元素，体现时代风貌，以最严的标准和要求激活地域环境、文化特色、建筑风格等“基因”。
城市记忆的重塑并非一蹴而就，而是多年积淀。8月10日，走进靴巷，一处古色古香的小院格外显眼，这里是老字号恒升久，现已完成保护性修缮，未来将成为小型博物馆，进行非遗制作展示，市民、游客可以参与其中，体验乐趣。
“我们要对历史建筑和文物科学保护、活化利用，让它们走下高台，走进百姓。”太原市文物局党组书记刘玉伟表示，此次改造中，许多像恒升久一样的明清、民国时期及近现代有价值的历史建筑都得到了应保尽保，避免了“大拆、大建”的破坏性拆除。“从这些富含文化内涵的古建中探寻城市发展痕迹和文风文脉，融入时代元素，打造成民众身边博物馆和百姓城市会客厅，让人们从这些遗存中挖掘丰厚的太原文化，而被点燃的文化‘烟火气’也可以让历史建筑和文物‘活起来’。”
除了文保文物建筑，有明显历史信息或建筑结构和功能尚可的建筑，也将大量保留下来，并根据府城历史风貌要求进行改造更新。国民日报社、靴巷说书楼、智家院等非文物文保建筑因此得以挖掘保留。
钟楼街商业基础完好，有靴巷、帽儿巷等12条商业街巷，有六味斋、华泰厚等15家老字号，还有25处1000平方米以上大型商业设施，年客流量2000万人以上，是最具有代表性的传统商圈。记者了解到，此次改造坚持推动“商、文、旅”融合发展，恢复老字号，发展新业态。按照同步拆迁、同步建设、同步招商的方式，改造后的钟楼街将加强运营管理，完善服务功能，满足“吃住行游购娱”多元化高品质生活需要。
连日来，随着老门店搬离、拆除，众多民众前来钟楼街拍照留念，回忆老街巷的过往。杨又拴告诉记者，待到钟楼街重新开放之时，开明照相馆也将迎来百年店庆。“时空流转，新旧交织，值得期待，我们和钟楼街都将重塑往日繁华！”
山西日报记者曹婷婷
大数据筛选交集，洞悉微观世界“社会关系”
2020-06-28 15:54:04 来源: 科技日报 作者: 江耘
地球上大约有一千亿到一万亿种微生物。这一包含细菌、病毒、真菌以及小型原生动物等在内的生物群体，在亚马逊丛林、火山喷发口，或是大西洋海底甚至人类肠道均有分布，要全面鉴定这些微生物极具挑战性。
“通过分解有机质使土壤更加肥沃，抑制并排斥过路菌群的入侵和群集，调节人体与微生物之间的平衡……微生物的功能不止于此，还影响着温室气体、绿色生产等方面，其群落组成和功能具有极高的复杂性。”不久前，浙江大学徐建明教授团队利用地球微生物组计划开源大数据，构建了全球微生物共存网络，通过对其“社会关系”的分析，首次揭示了地球多种环境中微生物组间的互联模式。该研究成果已发表在《微生物组》。
拓展“地球微生物组”的视角
2010年，美国阿贡实验室Jack Gilbert教授启动了地球微生物组计划，即收集全球微生物组的开源大数据项目，其最终目标是鉴定世界各地的20万个微生物样本，以生成一份详细的目录。
记者了解到，地球微生物组计划的第一阶段是基于扩增子测序分析微生物群落组成，相关成果已于2017年在《Nature》发表。国外研究人员通过建立由采样到数据分析的各个流程的统一标准，建立了包含27751个高质量细菌和古菌群落数据，并利用这些样本，鉴定出大约30万条独特的微生物16S rRNA序列，其中绝大多数无法在原有数据库中找到。
“这项工作体现了全球生物界的通力合作，为深入研究未知环境的微生物组构成提供了数据基础和参考依据。”徐建明介绍说。
近年来，基因测序领域取得了一系列新进展。但由于缺乏标准化的分析方法，常用分析框架又存在诸多缺陷，使微生物组的研究受到了一定限制，进而制约了人们对环境微生物基本结构的认知与发展。
徐建明告诉记者，地球微生物组计划是要建立一个不断更新的开源数据库，因此其第一阶段工作并未结束。与此同时，随着当前宏基因组技术的飞速发展，地球微生物组计划第二阶段也已开始，即建立环境宏基因组分析的统一标准流程，构建地球宏基因组参考数据。
据介绍，宏基因组即生物环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。如何更好认识微生物的特性？以往科研人员常在微观尺度挖掘其具体特性，但有时如同盲人摸象，只能看到局部。
“微生物之间的复杂关系对微生物群落功能有重要影响，然而环境中绝大部分微生物类群都未被成功培养，我们对这些未培养的微生物暗物质的具体功能特征尚不清楚。”徐建明表示，高通量测序技术为团队探索微生物暗物质提供了有效的方法，而微生物生态网络分析则为了解微生物之间的“社会关系”网络提供了可行手段。
筛选出微生物之间的交互作用
大鱼吃小鱼、小鱼吃虾米、虾米吃浮游……食物网根据捕食和被捕食关系呈现了生物之间的相互作用，类似地，在微生物群落中，不同微生物间也存在着共生、寄生、捕食和竞争等相互作用形式。
徐建明说，厘清不同生态系统中微生物的复杂交互作用关系，具有两大挑战。一是超过95%的微生物无法人工培养，进而无法通过实验法一一甄别；二是上万种微生物之间存在几亿对相互关系，面对这样的海量数据根本无法通过传统的实验开展研究。
“地球微生物组计划对采用统一采样、测序、分析的全球最大标准化环境微生物组数据库的建立，为中外科学家研究确定了丰富的数据资源。”徐建明表示，团队科研人员通过构建微生物生态网络算法建立了一个“筛子”，筛选出微生物之间的交互作用后，又用大数据找到微生物之间的规律，并通过这种规律构建起一套统计模型进而筛出相互规律。
由此，徐建明团队通过综合分析全球多种生存环境（土壤、植物、动物、水体等）中的微生物组数据，共分为八大模块，构建了全球微生物共存网络。乍看之下，整个共存网络图就像分子结构模型，不同的是，网络内部各模块之间纵横交织、连接更为复杂。
“由于环境中绝大部分微生物类群都是未培养类群，因此我们的研究是从复杂系统的角度整体分析共存网络本身的拓扑特征，而不是对具体微生物类群进行分析。”徐建明说，通过网络，我们对微生物的关系能够更看清，为进一步理解运行机制提供了前提。
此外，随着同一个生态系统内微生物关系的明确，科研人员进一步研究跨界的互联表征。他们发现两种环境中相同的微生物关系越多，二者在关系网络中的连接线越粗。这反应出不同生态系统之间，微生物的关系与交往情况。
微生物串联起“社会”的信息孤岛
“这项研究促使我们从系统角度认识事物，加深了对地球微生物重要性和多样性的认识。”徐建明介绍道，整体社会关系网络的相似性，反应潜在的交流的强度。土壤和淡水的关系，比土壤和咸水的关系要大。这很大程度上在于水的循环作用和影响程度。
“通过本次研究，我们还发现，人类作为活动范围最大的动物，人类皮肤微生物组可能对地球微生物迁移具有非常重要的作用。”徐建明说，地球微生物组中不同生境中的微生物组都有紧密联系，并可依据关联特征可划分为不同的子网络。根据子网络间的相似性，可进一步将子网络分成两组。值得注意的是，土壤微生物组与动物表面、动物肠道和淡水微生物组有密切关系，而植物、动物体表的微生物是连接两组子网络的桥梁。
论文第一作者、浙江大学环境与资源学院马斌研究员说，所有的微生物是相互关联的，不能割裂开来去理解。例如肠道微生物组，不能因为它们在人体内活动，就忽略了体外环境对其的影响。“如果只是从微生物群落组成的角度进行研究，有时候常常不能真正认识微生物组运行的内在机制。”
由于微生物群落是典型的复杂系统，由于复杂系统的非线性特征，很难对其进行准确的控制。科研人员要实现微生物群落功能的定向调控，需要通过找出关键控制因子，使微生物群落发挥出符合人为预期的功能。
“下一步将，我们将利用地球微生物组计划第二阶段的地球宏基因组数据集，开展地球微生物群落功能基因网络分析，进一步解析地球微生物组的功能特征及其潜在调控机制，为实现微生物群落功能的定向调控提供参考依据。”徐建明表示，运用网络分析找出关键控制节点后，通过大数据建立关键控制节点和预期功能目标之间的关系模型，从而调节关键控制节点参数值实现对预期功能目标的定向调控。
地球微生物组共存网络（a）及不同环境中的亚网络（b）受访者供图
地球微生物组的互联特征。受访者供图
2020-06-28 15:54:04 来源: 科技日报 作者: 江耘
地球上大约有一千亿到一万亿种微生物。这一包含细菌、病毒、真菌以及小型原生动物等在内的生物群体，在亚马逊丛林、火山喷发口，或是大西洋海底甚至人类肠道均有分布，要全面鉴定这些微生物极具挑战性。
“通过分解有机质使土壤更加肥沃，抑制并排斥过路菌群的入侵和群集，调节人体与微生物之间的平衡……微生物的功能不止于此，还影响着温室气体、绿色生产等方面，其群落组成和功能具有极高的复杂性。”不久前，浙江大学徐建明教授团队利用地球微生物组计划开源大数据，构建了全球微生物共存网络，通过对其“社会关系”的分析，首次揭示了地球多种环境中微生物组间的互联模式。该研究成果已发表在《微生物组》。
拓展“地球微生物组”的视角
2010年，美国阿贡实验室Jack Gilbert教授启动了地球微生物组计划，即收集全球微生物组的开源大数据项目，其最终目标是鉴定世界各地的20万个微生物样本，以生成一份详细的目录。
记者了解到，地球微生物组计划的第一阶段是基于扩增子测序分析微生物群落组成，相关成果已于2017年在《Nature》发表。国外研究人员通过建立由采样到数据分析的各个流程的统一标准，建立了包含27751个高质量细菌和古菌群落数据，并利用这些样本，鉴定出大约30万条独特的微生物16S rRNA序列，其中绝大多数无法在原有数据库中找到。
“这项工作体现了全球生物界的通力合作，为深入研究未知环境的微生物组构成提供了数据基础和参考依据。”徐建明介绍说。
近年来，基因测序领域取得了一系列新进展。但由于缺乏标准化的分析方法，常用分析框架又存在诸多缺陷，使微生物组的研究受到了一定限制，进而制约了人们对环境微生物基本结构的认知与发展。
徐建明告诉记者，地球微生物组计划是要建立一个不断更新的开源数据库，因此其第一阶段工作并未结束。与此同时，随着当前宏基因组技术的飞速发展，地球微生物组计划第二阶段也已开始，即建立环境宏基因组分析的统一标准流程，构建地球宏基因组参考数据。
据介绍，宏基因组即生物环境中全部微小生物遗传物质的总和，包含可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。如何更好认识微生物的特性？以往科研人员常在微观尺度挖掘其具体特性，但有时如同盲人摸象，只能看到局部。
“微生物之间的复杂关系对微生物群落功能有重要影响，然而环境中绝大部分微生物类群都未被成功培养，我们对这些未培养的微生物暗物质的具体功能特征尚不清楚。”徐建明表示，高通量测序技术为团队探索微生物暗物质提供了有效的方法，而微生物生态网络分析则为了解微生物之间的“社会关系”网络提供了可行手段。
筛选出微生物之间的交互作用
大鱼吃小鱼、小鱼吃虾米、虾米吃浮游……食物网根据捕食和被捕食关系呈现了生物之间的相互作用，类似地，在微生物群落中，不同微生物间也存在着共生、寄生、捕食和竞争等相互作用形式。
徐建明说，厘清不同生态系统中微生物的复杂交互作用关系，具有两大挑战。一是超过95%的微生物无法人工培养，进而无法通过实验法一一甄别；二是上万种微生物之间存在几亿对相互关系，面对这样的海量数据根本无法通过传统的实验开展研究。
“地球微生物组计划对采用统一采样、测序、分析的全球最大标准化环境微生物组数据库的建立，为中外科学家研究确定了丰富的数据资源。”徐建明表示，团队科研人员通过构建微生物生态网络算法建立了一个“筛子”，筛选出微生物之间的交互作用后，又用大数据找到微生物之间的规律，并通过这种规律构建起一套统计模型进而筛出相互规律。
由此，徐建明团队通过综合分析全球多种生存环境（土壤、植物、动物、水体等）中的微生物组数据，共分为八大模块，构建了全球微生物共存网络。乍看之下，整个共存网络图就像分子结构模型，不同的是，网络内部各模块之间纵横交织、连接更为复杂。
“由于环境中绝大部分微生物类群都是未培养类群，因此我们的研究是从复杂系统的角度整体分析共存网络本身的拓扑特征，而不是对具体微生物类群进行分析。”徐建明说，通过网络，我们对微生物的关系能够更看清，为进一步理解运行机制提供了前提。
此外，随着同一个生态系统内微生物关系的明确，科研人员进一步研究跨界的互联表征。他们发现两种环境中相同的微生物关系越多，二者在关系网络中的连接线越粗。这反应出不同生态系统之间，微生物的关系与交往情况。
微生物串联起“社会”的信息孤岛
“这项研究促使我们从系统角度认识事物，加深了对地球微生物重要性和多样性的认识。”徐建明介绍道，整体社会关系网络的相似性，反应潜在的交流的强度。土壤和淡水的关系，比土壤和咸水的关系要大。这很大程度上在于水的循环作用和影响程度。
“通过本次研究，我们还发现，人类作为活动范围最大的动物，人类皮肤微生物组可能对地球微生物迁移具有非常重要的作用。”徐建明说，地球微生物组中不同生境中的微生物组都有紧密联系，并可依据关联特征可划分为不同的子网络。根据子网络间的相似性，可进一步将子网络分成两组。值得注意的是，土壤微生物组与动物表面、动物肠道和淡水微生物组有密切关系，而植物、动物体表的微生物是连接两组子网络的桥梁。
论文第一作者、浙江大学环境与资源学院马斌研究员说，所有的微生物是相互关联的，不能割裂开来去理解。例如肠道微生物组，不能因为它们在人体内活动，就忽略了体外环境对其的影响。“如果只是从微生物群落组成的角度进行研究，有时候常常不能真正认识微生物组运行的内在机制。”
由于微生物群落是典型的复杂系统，由于复杂系统的非线性特征，很难对其进行准确的控制。科研人员要实现微生物群落功能的定向调控，需要通过找出关键控制因子，使微生物群落发挥出符合人为预期的功能。
“下一步将，我们将利用地球微生物组计划第二阶段的地球宏基因组数据集，开展地球微生物群落功能基因网络分析，进一步解析地球微生物组的功能特征及其潜在调控机制，为实现微生物群落功能的定向调控提供参考依据。”徐建明表示，运用网络分析找出关键控制节点后，通过大数据建立关键控制节点和预期功能目标之间的关系模型，从而调节关键控制节点参数值实现对预期功能目标的定向调控。
地球微生物组共存网络（a）及不同环境中的亚网络（b）受访者供图
地球微生物组的互联特征。受访者供图
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