明代 古林寺石狮子 南京博物馆收藏。
南山律宗创始者为唐代道宣律师，依据五部律中的《四分律》建宗，曾一度大盛于世。但在北宋末年，由于禅宗的盛行，使得律学无人问津，所有唐宋诸家的律学撰述数千卷悉皆散佚。元、明之际，私度泛滥，戒律几于埋没，法系失传。直至明万历年间，古心如馨律祖崛起于南京古林寺，大宏律宗，戒律为之一振，南山宗遂得以重光。
据《古林寺志》记载：“古林庵岗峦环抱，树木蓊蔚，明末黄山孙鼎隐居于此。庵自梁代高僧宝志公搭棚其间。”时称观音庵。故古林寺的最早开创者便是萧梁时期的著名高僧宝志禅师，其历史渊源可想而知。其后，“宋淳熙中（1175—1189年）改古林庵”，至万历十二年（1584年），由古心律祖化庵为寺，三年告成，万历四十一年（1613年）赐额“振古香林禅寺”，并赐紫衣、锡杖。古心在寺内大宏戒法，登坛传戒之时，“感坛殿放光，五色霞彩直冲霄汉，众山群楼，三日不散，夜明如昼，莫不骇异赞钦”。古心又受到邀请，于诸大寺院开坛授戒，戒弟子逾万人，因而远近驰名。特别是万历四十二年（1614年），神宗帝延请古心赴五台山永明寺开建皇坛，传授“千佛大戒”，钦赐“慧云律师”号，并颁赉“金顶毘卢帽”。自嘉靖四十五年（1566年），明世宗皇帝下诏禁止僧尼开坛传戒以来，这是明政府首次正式同意佛教寺院开坛传戒，也是明末律学重兴的重要契机，同时表示朝廷肯定了古心宏扬戒律之贡献，使他的宏律事业达到颠峰，久已湮没的中国佛教律宗得到恢复和发展。南京古林寺也因此名声大噪，是公认的“中兴戒律第一祖庭”，寺内的戒坛被世人誉为“天下第一戒坛”。古心律祖圆寂前，召寺众于座下，“嘱累上首，以延律制”，并将其所创述的传戒正范、仪规、坛仪等著作，授于座下十二位法嗣，命其外出宏扬律宗。古心的十二位大弟子皆是“法门龙象”，如愍忠寺大会海祖、宝华山三昧光祖、五台山澄芳清祖、报国寺茂林祗祖、古林寺印含璞祖等，皆为古林寺之一脉。他们受命分住各地，“南到鼓山，北至燕京”，古林律学之所以遍行于天下，影响及于全国。
古林第十七世辅仁友祖云：“古心馨祖，行道金陵，香公请为庵主，宣扬戒法，是为明季中兴律学之祖庭也……维时诸护法缙绅，与名蓝尊宿，遂请开戒，振律古林，登坛说戒……故古林为中兴戒律之祖庭也……嗣法诸祖接席分灯，相继宏扬律学，遍行于天下，无不本古林之一脉……我二世隐微理祖，以及八世普悟澄祖，师终徒及，兄逊弟承，圣圣相传，贤贤继主者……”
古林第十九世学愚慧祖云：“后世咸知吾国律门之第一祖庭，古公道场常耀于金陵城西之凤凰山上，而永垂不朽矣……每岁春冬，四路清众以及来求戒者，争先恐后。”
《古林寺志》载：“……后逮明季僧之古祖，步叩五台，传授戒法，创造古林庵，每年春冬传戒，实为东南丛林传戒之祖……僧之古祖，本优婆离尊者重来……创建古林，为一大梵刹……乃天下戒根所系。”
黄智海《中兴古林律寺重开戒坛记》云：“南山宗十三传至古心馨公，以优婆离尊者之化身……行道金陵，驻锡兹寺，开坛说法，大振宗风……是为古林振兴律学第一代祖。”
胡祥翰《金陵胜迹志》载：“古林律寺，在定淮门内……自明万历间，僧古心改庵为寺……而宣扬戒法，依律传戒，又为明季中兴律学之祖庭……”
汪真如《律门祖庭汇志．序》：“慧云律师，倡明戒律，阐扬释旨，栖霞发轫，古林振锡……实为祖庭之首屈一指者矣。”
潘宗鼎云：“古心律师，崛起古林，承接南山之绪，所著传戒正范、仪轨等书，传于十二弟子……使无古心律师奋迹于绝续之交，天下将不知戒律为何事宜乎。”
释虚云《法系考正》：“古林庵慧云古心如馨律师，律宗古林第一世……专持梵律，皎若冰霜，建古林庵，中兴戒法。”
释震华《中国佛教人名大词典》载：“如馨，明僧，字古心……馨以佛法住世，功在毗尼，因步礼五台，得悟戒旨，南返金陵，创古林律寺。”
宝华山隆昌寺的开创者亦是宝志禅师，初建时名莲花庵，万历三十三年（1605年）由妙峰、南宗、天空三师化庵为寺，十年告成，后明神宗赐额“护国圣化隆昌寺”。古林寺化庵为寺是在1584年至1587年间完成的，宝华山隆昌寺则是1605年至1615年间完成的，故在建筑上，古林早于宝华二十八年。
古心于万历十二年（1584年）驻锡古林庵，化庵为寺，宏扬戒律，此为古林律学之初嚆。三昧寂光得古林古祖真传，于崇祯十二年（1639年）登宝华山，开创律宗道场，为宝华第一代律祖，因此古林寺律宗道场的开创比宝华山早五十五年。
释守一《诸家宗派》云：“南山律派，自终南山道宣律师，为律门第一世，十三世传至金陵古林庵慧云如馨律师，馨传三昧寂光律师，为宝华山第一代。”
《南京古林寺与第一戒坛》云：“慧云法师有名弟子十二人，分住各地名刹，以推广其师所复兴之戒律……三昧寂光律师由扬州石塔寺移住龙潭宝华山之隆昌寺……宝华山近世日趋繁荣者……其实律门之祖庭仍为古林，虽山河有沧桑之变，而此传统的隆重典礼，仍不失其为发祥的地位。”
释印顺《华雨集》：“宋元以来，律制久衰，得明末古林馨公而振之，后乃有宝华山之崇律。”
释真华《参学琐谈》云：“古林寺是南方的律宗道场之一，寺址坐落在南京城内西北隅一座不知名的小山（好像是叫凤山）中，建筑堂皇，环境幽美，是一座不可多得的都市丛林。如果以历史来说，它还是宝华山的老前辈哩！因此，佛教界人士，大多知道‘先有古林，后有宝华’的两句话。又因为寺内有一个曾经放过三天三夜光明的戒坛……”
从法系传承上讲，古心是中兴南山律宗的初祖，古林寺是古心的根本道场。而三昧寂光则是古心的法嗣，得古林寺法脉后，开创宝华山。所以，追根溯源宝华山是古林寺的分灯，进一步讲，今日所有律宗法系应皆源出于古林。而宝华的开山第一代三昧律师得古林寺戒律之真传，所以宝华山的传戒正范、律腔板眼、日常规约，皆效仿古林寺。
从戒坛的建立上讲，万历二十八年（1600年），古心助雪浪洪恩修金陵大报恩寺琉璃宝塔顶，并得《宝志说戒图》，古心仿图中模式，于古林开坛传戒，大宏律宗，由此法会云兴，各地延请，以至天下无不知有戒律。这件事情在《宝华山志》中也有记载，“往三怀大师修大报恩寺，患顶不能升，值古心律师……三拜而举，遂有优婆离尊者之目……时塔藏中获铁函，函《宝志说戒图》”。因此，古心在古林寺建立戒坛，不会晚于万历二十八年（1600年）。万历四十一年（1613年），明神宗赐“万寿戒坛”额，并“敕绘坛仪”。此后，雍正九年（1731年），有富人闵君，来古林寺造访方丈鲁玉（1736—1813年），“仰其清望，咨访要妙，既聆法语，便尔心折，因请易青石戒坛，筑矾成之”。从这段文献可以明显看出，古林寺原来的戒坛是用青石筑建的，于1731年时，将青石戒坛改用矾石建造，“雕刻精工，时世罕匹”。[good]#文物代言人##约会博物馆##历史那些事##佛教#
南山律宗创始者为唐代道宣律师，依据五部律中的《四分律》建宗，曾一度大盛于世。但在北宋末年，由于禅宗的盛行，使得律学无人问津，所有唐宋诸家的律学撰述数千卷悉皆散佚。元、明之际，私度泛滥，戒律几于埋没，法系失传。直至明万历年间，古心如馨律祖崛起于南京古林寺，大宏律宗，戒律为之一振，南山宗遂得以重光。
据《古林寺志》记载：“古林庵岗峦环抱，树木蓊蔚，明末黄山孙鼎隐居于此。庵自梁代高僧宝志公搭棚其间。”时称观音庵。故古林寺的最早开创者便是萧梁时期的著名高僧宝志禅师，其历史渊源可想而知。其后，“宋淳熙中（1175—1189年）改古林庵”，至万历十二年（1584年），由古心律祖化庵为寺，三年告成，万历四十一年（1613年）赐额“振古香林禅寺”，并赐紫衣、锡杖。古心在寺内大宏戒法，登坛传戒之时，“感坛殿放光，五色霞彩直冲霄汉，众山群楼，三日不散，夜明如昼，莫不骇异赞钦”。古心又受到邀请，于诸大寺院开坛授戒，戒弟子逾万人，因而远近驰名。特别是万历四十二年（1614年），神宗帝延请古心赴五台山永明寺开建皇坛，传授“千佛大戒”，钦赐“慧云律师”号，并颁赉“金顶毘卢帽”。自嘉靖四十五年（1566年），明世宗皇帝下诏禁止僧尼开坛传戒以来，这是明政府首次正式同意佛教寺院开坛传戒，也是明末律学重兴的重要契机，同时表示朝廷肯定了古心宏扬戒律之贡献，使他的宏律事业达到颠峰，久已湮没的中国佛教律宗得到恢复和发展。南京古林寺也因此名声大噪，是公认的“中兴戒律第一祖庭”，寺内的戒坛被世人誉为“天下第一戒坛”。古心律祖圆寂前，召寺众于座下，“嘱累上首，以延律制”，并将其所创述的传戒正范、仪规、坛仪等著作，授于座下十二位法嗣，命其外出宏扬律宗。古心的十二位大弟子皆是“法门龙象”，如愍忠寺大会海祖、宝华山三昧光祖、五台山澄芳清祖、报国寺茂林祗祖、古林寺印含璞祖等，皆为古林寺之一脉。他们受命分住各地，“南到鼓山，北至燕京”，古林律学之所以遍行于天下，影响及于全国。
古林第十七世辅仁友祖云：“古心馨祖，行道金陵，香公请为庵主，宣扬戒法，是为明季中兴律学之祖庭也……维时诸护法缙绅，与名蓝尊宿，遂请开戒，振律古林，登坛说戒……故古林为中兴戒律之祖庭也……嗣法诸祖接席分灯，相继宏扬律学，遍行于天下，无不本古林之一脉……我二世隐微理祖，以及八世普悟澄祖，师终徒及，兄逊弟承，圣圣相传，贤贤继主者……”
古林第十九世学愚慧祖云：“后世咸知吾国律门之第一祖庭，古公道场常耀于金陵城西之凤凰山上，而永垂不朽矣……每岁春冬，四路清众以及来求戒者，争先恐后。”
《古林寺志》载：“……后逮明季僧之古祖，步叩五台，传授戒法，创造古林庵，每年春冬传戒，实为东南丛林传戒之祖……僧之古祖，本优婆离尊者重来……创建古林，为一大梵刹……乃天下戒根所系。”
黄智海《中兴古林律寺重开戒坛记》云：“南山宗十三传至古心馨公，以优婆离尊者之化身……行道金陵，驻锡兹寺，开坛说法，大振宗风……是为古林振兴律学第一代祖。”
胡祥翰《金陵胜迹志》载：“古林律寺，在定淮门内……自明万历间，僧古心改庵为寺……而宣扬戒法，依律传戒，又为明季中兴律学之祖庭……”
汪真如《律门祖庭汇志．序》：“慧云律师，倡明戒律，阐扬释旨，栖霞发轫，古林振锡……实为祖庭之首屈一指者矣。”
潘宗鼎云：“古心律师，崛起古林，承接南山之绪，所著传戒正范、仪轨等书，传于十二弟子……使无古心律师奋迹于绝续之交，天下将不知戒律为何事宜乎。”
释虚云《法系考正》：“古林庵慧云古心如馨律师，律宗古林第一世……专持梵律，皎若冰霜，建古林庵，中兴戒法。”
释震华《中国佛教人名大词典》载：“如馨，明僧，字古心……馨以佛法住世，功在毗尼，因步礼五台，得悟戒旨，南返金陵，创古林律寺。”
宝华山隆昌寺的开创者亦是宝志禅师，初建时名莲花庵，万历三十三年（1605年）由妙峰、南宗、天空三师化庵为寺，十年告成，后明神宗赐额“护国圣化隆昌寺”。古林寺化庵为寺是在1584年至1587年间完成的，宝华山隆昌寺则是1605年至1615年间完成的，故在建筑上，古林早于宝华二十八年。
古心于万历十二年（1584年）驻锡古林庵，化庵为寺，宏扬戒律，此为古林律学之初嚆。三昧寂光得古林古祖真传，于崇祯十二年（1639年）登宝华山，开创律宗道场，为宝华第一代律祖，因此古林寺律宗道场的开创比宝华山早五十五年。
释守一《诸家宗派》云：“南山律派，自终南山道宣律师，为律门第一世，十三世传至金陵古林庵慧云如馨律师，馨传三昧寂光律师，为宝华山第一代。”
《南京古林寺与第一戒坛》云：“慧云法师有名弟子十二人，分住各地名刹，以推广其师所复兴之戒律……三昧寂光律师由扬州石塔寺移住龙潭宝华山之隆昌寺……宝华山近世日趋繁荣者……其实律门之祖庭仍为古林，虽山河有沧桑之变，而此传统的隆重典礼，仍不失其为发祥的地位。”
释印顺《华雨集》：“宋元以来，律制久衰，得明末古林馨公而振之，后乃有宝华山之崇律。”
释真华《参学琐谈》云：“古林寺是南方的律宗道场之一，寺址坐落在南京城内西北隅一座不知名的小山（好像是叫凤山）中，建筑堂皇，环境幽美，是一座不可多得的都市丛林。如果以历史来说，它还是宝华山的老前辈哩！因此，佛教界人士，大多知道‘先有古林，后有宝华’的两句话。又因为寺内有一个曾经放过三天三夜光明的戒坛……”
从法系传承上讲，古心是中兴南山律宗的初祖，古林寺是古心的根本道场。而三昧寂光则是古心的法嗣，得古林寺法脉后，开创宝华山。所以，追根溯源宝华山是古林寺的分灯，进一步讲，今日所有律宗法系应皆源出于古林。而宝华的开山第一代三昧律师得古林寺戒律之真传，所以宝华山的传戒正范、律腔板眼、日常规约，皆效仿古林寺。
从戒坛的建立上讲，万历二十八年（1600年），古心助雪浪洪恩修金陵大报恩寺琉璃宝塔顶，并得《宝志说戒图》，古心仿图中模式，于古林开坛传戒，大宏律宗，由此法会云兴，各地延请，以至天下无不知有戒律。这件事情在《宝华山志》中也有记载，“往三怀大师修大报恩寺，患顶不能升，值古心律师……三拜而举，遂有优婆离尊者之目……时塔藏中获铁函，函《宝志说戒图》”。因此，古心在古林寺建立戒坛，不会晚于万历二十八年（1600年）。万历四十一年（1613年），明神宗赐“万寿戒坛”额，并“敕绘坛仪”。此后，雍正九年（1731年），有富人闵君，来古林寺造访方丈鲁玉（1736—1813年），“仰其清望，咨访要妙，既聆法语，便尔心折，因请易青石戒坛，筑矾成之”。从这段文献可以明显看出，古林寺原来的戒坛是用青石筑建的，于1731年时，将青石戒坛改用矾石建造，“雕刻精工，时世罕匹”。[good]#文物代言人##约会博物馆##历史那些事##佛教#
《金匮要略》比《伤寒论》差在哪里？
《为什么我们总是感觉《伤寒论》很好，《金匮要略》好像没有《伤寒论》那么好。
难道《金匮要略》不是医圣张仲景的书吗？
其实，《伤寒论》和《金匮要略》本来是一本书，即《伤寒杂病论》，都是医圣张仲景的书。
《伤寒杂病论》的书名就很是准确，即讨论的内容是伤寒和杂病，原书共十六卷，前十卷论伤寒，后六卷论杂病。
因为原书已佚，前面的伤寒部分被晋代的太医令王叔和收集整理成册，书名叫《伤寒论》。
王叔和收集到了《伤寒杂病论》的伤寒部分，而未见到杂病部分；直到北宋仁宗时翰林学士王洙在馆阁残书中发现了一部《伤寒杂病论》的节略本《金匮玉函要略方》，共三卷：上卷论伤寒，中卷论杂病，下卷载方及妇科病的治疗。
至神宗熙宁（1068年）时，林亿等对此进行了校订，去掉上卷，保留中、下卷。为了临床方便，又把下卷的方剂分别列在各种证候之下，仍编为三卷。
此外还采集各家方书中转载仲景治疗杂病的医方及后世的一些医家的良方，分别附在每篇之末，“并依旧名曰《金匮方论》”，即后世的《金匮要略方论》，简称《金匮要略》或《金匮》。
前面的伤寒部分叫《伤寒论》，如果将后面的杂病部分仿照前例叫《杂病论》，问题就会变得比较清晰。
质言之，二者的差异就是在确定性上。即《伤寒论》的确定性好，《金匮要略》的确定性没有那么好。
而这个差异正是由于二者研究对象的差异造成的，即伤寒和杂病的差异，亦即外感病和内伤病的差异，亦即急性病和慢性病的差异。
1
太阳中风，阳浮而阴弱。阳浮者热自发；阴弱者汗自出。啬啬恶寒，淅淅恶风，翕翕发热，鼻鸣干呕者，桂枝汤主之。（12）
太阳病，头痛发热，身疼腰痛，骨节疼痛，恶风无汗而喘者，麻黄汤主之。(35)
上面这两条是《伤寒论》中的条文，按照条文去用，都会有肯定的疗效。凡是《伤寒论》中主之的条文，绝大多数都是疗效肯定的。也就是说，《伤寒论》的确定性很好，有确定性才能有肯定的疗效。
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之。（血痹虚劳病篇第17）
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之。（消渴小便不利淋病篇第11）
上面这两条是《金匮要略》中的条文，按照条文去用，就不一定有效。
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之，就不一定有效。为什么？
因为虚劳虚烦不得眠，不仅仅有酸枣仁汤证，也就是说，酸枣仁汤治疗的只是众多虚劳虚烦不得眠中的一种，并不能治好所有的虚劳虚烦不得眠。
同时呢，酸枣仁汤能治好的虚劳虚烦不得眠，仲景在条文并没有交代清楚。
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之，这条条文直接用于小便不利，大多数的时候无效。
因为导致小便不利的原因很多，仅仅有小便不利还不能确定治疗方案，所以，用这几个方大多数的时候无效。
2
胸痹心中痞，留气结在胸，胸满，胁下逆抢心，枳实薤白桂枝汤主之，人参汤亦主之。（胸痹心痛短气病篇第5）
在《金匮要略》中，这种格式的条文也常见，如“病溢饮者，当发其汗，大青龙汤主之，小青龙汤亦主之”等等。
显然，枳实薤白桂枝汤和人参汤是不一样的。
虽然两个方子都可以用于治疗胸痹，那也绝对不可能是等同的；如果是同一种性质的胸痹，按照条文用这两个方，疗效也不会是等同的。
这是一种不确定的表现，试想，如果张仲景对于某一证，能够肯定一个方的疗效是最好的，当然就不需要用另一个方来“亦主之”了。
《金匮要略》中还有很多类似的条文。
3
通过上述比较，差异就很清楚了。
《伤寒论》中主之的方证绝大多数是疗效肯定的；《金匮要略》中主之的方证相当多的疗效不肯定。
为什么会如此？
就是因为《伤寒论》研究的对象是伤寒，即外感病；《金匮要略》研究的对象是杂病，即内伤杂病。
外感病病程短，一般正气不虚，而以邪实为主，病情单纯，识证容易，只要祛除了邪气，病也就好了，治疗当然就容易，效果肯定就好。
内伤杂病病程长，不仅有邪实，而且往往有正虚，病情复杂，头绪多，识证就不容易，治疗也不能简单化，必须照顾到方方面面，即使是证辨准了，治疗也正确，疗效也不会很快，因为正气的恢复需要过程，扶正和祛邪还会互相影响。
简单的道理，外感病的病程一般是一天或几天，内伤杂病的病程几个月、几年、十几年，甚至几十年，治疗的难易程度当然是不一样的，所以吴鞠通说“治外感如将，治内伤如相”。
比如，外感寒邪初期的太阳伤寒，用麻黄汤主之，疗效就是肯定的，多数的时候可以一服汗出病差；急性肠炎如果表现为葛根芩连汤证，用葛根芩连汤主之，一般可以三剂之内治愈，与西医用抗菌素治疗相比毫不逊色。
可是，如果是慢性肾炎，有的病人无论你治疗多久，他也好不了，其中有能治好的，疗程也都要以年计算，中医、西医都如此，没有谁能快得了。
4
所以，《伤寒论》和《金匮要略》的差别是研究对象的差异造成的，并不是张仲景的水平不行。
虽然我们感觉《金匮要略》没有《伤寒论》那么好，但是到现在为止，《金匮要略》也是治疗杂病最好的书。
有很多人认为，《伤寒论》的方是可以治疗百病的，包括杂病，这当然是不错的，只是一定要明确的是，伤寒方治伤寒是“主职”，治杂病是“副职”，即用《伤寒论》的方来治疗杂病，肯定没有用它们来治疗伤寒的效果好。
5
附 录
《金匮要略》中确定性不太好的条文举例，如下：
血痹虚劳病脉证并治第六：
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之。（17）
胸痹心痛短气病脉证并治第九：
胸痹心中痞，留气结在胸，胸满，胁下逆抢心，枳实薤白桂枝汤主之，人参汤亦主之。（5）
胸痹胸中气塞，短气，茯苓杏仁甘草汤主之，橘枳姜汤亦主之。（6）
痰饮咳嗽病脉证并治第十二：
夫短气有微饮，当从小便去之，苓桂术甘汤主之，肾气丸亦主之。（17）
病溢饮者，当发其汗，大青龙汤主之，小青龙汤亦主之。（23）
消渴小便不利淋病脉证并治第十三：
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之。（11）
水气病脉证并治第十四：
里水，越婢加术汤主之；甘草麻黄汤亦主之。（25）
黄疸病脉证并治第十五：
诸黄，猪膏发煎主之。（17）
黄疸病，茵陈五苓散主之。（18）
惊悸吐衄下血胸满瘀血病脉证治第十六：
火邪者，桂去芍药加龙骨牡蛎蜀漆救逆汤主之。（12）
心下悸者，半夏麻黄丸主之。（13）
吐血不止者，柏叶汤主之。（14）
心气不足，吐血、衄血，泻心汤主之。（17）
呕吐哕下利病脉证治第十七：
诸呕吐，谷不得下者，小半夏汤主之。（12）
妇人妊娠病脉证并治第二十：
师曰：妇人得平脉，阴脉小弱，其人渴，不能食，无寒热，名妊娠，桂枝汤主之。于法六十日当有此证，设有医治逆者，却一月，加吐下者，则绝之。（1）
妊娠呕吐不止，干姜人参半夏丸主之。（6）
（肖相如）
《为什么我们总是感觉《伤寒论》很好，《金匮要略》好像没有《伤寒论》那么好。
难道《金匮要略》不是医圣张仲景的书吗？
其实，《伤寒论》和《金匮要略》本来是一本书，即《伤寒杂病论》，都是医圣张仲景的书。
《伤寒杂病论》的书名就很是准确，即讨论的内容是伤寒和杂病，原书共十六卷，前十卷论伤寒，后六卷论杂病。
因为原书已佚，前面的伤寒部分被晋代的太医令王叔和收集整理成册，书名叫《伤寒论》。
王叔和收集到了《伤寒杂病论》的伤寒部分，而未见到杂病部分；直到北宋仁宗时翰林学士王洙在馆阁残书中发现了一部《伤寒杂病论》的节略本《金匮玉函要略方》，共三卷：上卷论伤寒，中卷论杂病，下卷载方及妇科病的治疗。
至神宗熙宁（1068年）时，林亿等对此进行了校订，去掉上卷，保留中、下卷。为了临床方便，又把下卷的方剂分别列在各种证候之下，仍编为三卷。
此外还采集各家方书中转载仲景治疗杂病的医方及后世的一些医家的良方，分别附在每篇之末，“并依旧名曰《金匮方论》”，即后世的《金匮要略方论》，简称《金匮要略》或《金匮》。
前面的伤寒部分叫《伤寒论》，如果将后面的杂病部分仿照前例叫《杂病论》，问题就会变得比较清晰。
质言之，二者的差异就是在确定性上。即《伤寒论》的确定性好，《金匮要略》的确定性没有那么好。
而这个差异正是由于二者研究对象的差异造成的，即伤寒和杂病的差异，亦即外感病和内伤病的差异，亦即急性病和慢性病的差异。
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太阳中风，阳浮而阴弱。阳浮者热自发；阴弱者汗自出。啬啬恶寒，淅淅恶风，翕翕发热，鼻鸣干呕者，桂枝汤主之。（12）
太阳病，头痛发热，身疼腰痛，骨节疼痛，恶风无汗而喘者，麻黄汤主之。(35)
上面这两条是《伤寒论》中的条文，按照条文去用，都会有肯定的疗效。凡是《伤寒论》中主之的条文，绝大多数都是疗效肯定的。也就是说，《伤寒论》的确定性很好，有确定性才能有肯定的疗效。
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之。（血痹虚劳病篇第17）
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之。（消渴小便不利淋病篇第11）
上面这两条是《金匮要略》中的条文，按照条文去用，就不一定有效。
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之，就不一定有效。为什么？
因为虚劳虚烦不得眠，不仅仅有酸枣仁汤证，也就是说，酸枣仁汤治疗的只是众多虚劳虚烦不得眠中的一种，并不能治好所有的虚劳虚烦不得眠。
同时呢，酸枣仁汤能治好的虚劳虚烦不得眠，仲景在条文并没有交代清楚。
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之，这条条文直接用于小便不利，大多数的时候无效。
因为导致小便不利的原因很多，仅仅有小便不利还不能确定治疗方案，所以，用这几个方大多数的时候无效。
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胸痹心中痞，留气结在胸，胸满，胁下逆抢心，枳实薤白桂枝汤主之，人参汤亦主之。（胸痹心痛短气病篇第5）
在《金匮要略》中，这种格式的条文也常见，如“病溢饮者，当发其汗，大青龙汤主之，小青龙汤亦主之”等等。
显然，枳实薤白桂枝汤和人参汤是不一样的。
虽然两个方子都可以用于治疗胸痹，那也绝对不可能是等同的；如果是同一种性质的胸痹，按照条文用这两个方，疗效也不会是等同的。
这是一种不确定的表现，试想，如果张仲景对于某一证，能够肯定一个方的疗效是最好的，当然就不需要用另一个方来“亦主之”了。
《金匮要略》中还有很多类似的条文。
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通过上述比较，差异就很清楚了。
《伤寒论》中主之的方证绝大多数是疗效肯定的；《金匮要略》中主之的方证相当多的疗效不肯定。
为什么会如此？
就是因为《伤寒论》研究的对象是伤寒，即外感病；《金匮要略》研究的对象是杂病，即内伤杂病。
外感病病程短，一般正气不虚，而以邪实为主，病情单纯，识证容易，只要祛除了邪气，病也就好了，治疗当然就容易，效果肯定就好。
内伤杂病病程长，不仅有邪实，而且往往有正虚，病情复杂，头绪多，识证就不容易，治疗也不能简单化，必须照顾到方方面面，即使是证辨准了，治疗也正确，疗效也不会很快，因为正气的恢复需要过程，扶正和祛邪还会互相影响。
简单的道理，外感病的病程一般是一天或几天，内伤杂病的病程几个月、几年、十几年，甚至几十年，治疗的难易程度当然是不一样的，所以吴鞠通说“治外感如将，治内伤如相”。
比如，外感寒邪初期的太阳伤寒，用麻黄汤主之，疗效就是肯定的，多数的时候可以一服汗出病差；急性肠炎如果表现为葛根芩连汤证，用葛根芩连汤主之，一般可以三剂之内治愈，与西医用抗菌素治疗相比毫不逊色。
可是，如果是慢性肾炎，有的病人无论你治疗多久，他也好不了，其中有能治好的，疗程也都要以年计算，中医、西医都如此，没有谁能快得了。
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所以，《伤寒论》和《金匮要略》的差别是研究对象的差异造成的，并不是张仲景的水平不行。
虽然我们感觉《金匮要略》没有《伤寒论》那么好，但是到现在为止，《金匮要略》也是治疗杂病最好的书。
有很多人认为，《伤寒论》的方是可以治疗百病的，包括杂病，这当然是不错的，只是一定要明确的是，伤寒方治伤寒是“主职”，治杂病是“副职”，即用《伤寒论》的方来治疗杂病，肯定没有用它们来治疗伤寒的效果好。
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附 录
《金匮要略》中确定性不太好的条文举例，如下：
血痹虚劳病脉证并治第六：
虚劳虚烦不得眠，酸枣仁汤主之。（17）
胸痹心痛短气病脉证并治第九：
胸痹心中痞，留气结在胸，胸满，胁下逆抢心，枳实薤白桂枝汤主之，人参汤亦主之。（5）
胸痹胸中气塞，短气，茯苓杏仁甘草汤主之，橘枳姜汤亦主之。（6）
痰饮咳嗽病脉证并治第十二：
夫短气有微饮，当从小便去之，苓桂术甘汤主之，肾气丸亦主之。（17）
病溢饮者，当发其汗，大青龙汤主之，小青龙汤亦主之。（23）
消渴小便不利淋病脉证并治第十三：
小便不利，蒲灰散主之，滑石白鱼散、茯苓戎盐汤并主之。（11）
水气病脉证并治第十四：
里水，越婢加术汤主之；甘草麻黄汤亦主之。（25）
黄疸病脉证并治第十五：
诸黄，猪膏发煎主之。（17）
黄疸病，茵陈五苓散主之。（18）
惊悸吐衄下血胸满瘀血病脉证治第十六：
火邪者，桂去芍药加龙骨牡蛎蜀漆救逆汤主之。（12）
心下悸者，半夏麻黄丸主之。（13）
吐血不止者，柏叶汤主之。（14）
心气不足，吐血、衄血，泻心汤主之。（17）
呕吐哕下利病脉证治第十七：
诸呕吐，谷不得下者，小半夏汤主之。（12）
妇人妊娠病脉证并治第二十：
师曰：妇人得平脉，阴脉小弱，其人渴，不能食，无寒热，名妊娠，桂枝汤主之。于法六十日当有此证，设有医治逆者，却一月，加吐下者，则绝之。（1）
妊娠呕吐不止，干姜人参半夏丸主之。（6）
（肖相如）
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