【人类基因组计划第一份草图发布20周年!中国科学家系统梳理古DNA中人类演化史】今年是人类全基因组草图发表20周年。1990年,人类基因组计划启动,2001年,长达30亿碱基对的人类基因组草图绘制完成。这不仅是人类历史上的一项壮举,也是分子生物学领域的一个巨大里程碑。

近日,《科学》杂志邀请国际上与其相关领域前沿团队撰写在人类基因组计划出现后的重要进展,其中,中科院古脊椎动物与古人类研究所研究员付巧妹受邀领衔关于古DNA领域的发展以及前沿研究综述。综述系统梳理了过去十余年来古人类基因组学研究的发展,于9月24日在《科学》特刊-人类基因组计划第一份草图发布20周年上发表。

上世纪80年代,通过获取的一些小的古DNA片段,分子古生物学家对古DNA有了一些初步的认识。21世纪初期,受益于人类全基因组的发表和高通量测序技术的发展,古DNA领域开始蓬勃发展。2010年,以人类全基因组为参考序列,分子古生物学家发表了三个古人类的基因组草图:一个尼安德特人、一个丹尼索瓦人,以及一个古爱斯基摩人。至此,古基因组研究新纪元正式开启。

古老型人类及早期现代人格局

2010年,对尼安德特人和丹尼索瓦人这两种古老型人类的全基因组的成功测序,从分子生物学角度揭示了这两个现代人“近亲”的遗传信息。

尤其是丹尼索瓦人,由于当时化石形态证据的缺乏,他是第一个,也是目前唯一一个,仅仅由古DNA证据揭示的新古老型人类。他们在约55万年前与现代人分离后,陆续又与除了非洲人群外(近来有研究提出非洲人群可能也存在与古老型人群的混合)的现代人群发生了多次混合。

混合的结果不仅导致多个现代人群基因组中不同程度地残留有古老型人类的DNA片段,还使得尼安德特人的线粒体基因组和Y染色体在约37万-22万年前被现代人取代。

古DNA研究还发现了数个现代人和古老型人类混合后不久产生的后代,以及一个丹尼索瓦人和尼安德特人“夫妻”的孩子。这些发现让我们明确,至少在人类漫漫五十万年的历史长河中,这些古老型人类和现代人其实比我们预想得更加亲近且交流更加频繁。

尽管遗传学证据支持现代人起源于非洲,但目前还没能构建出统一的模型。在摩洛哥发现的、距今约31.5万年的化石是目前最古老的具有部分现代人形态特征的人类化石。约25万至20万年前,五个非洲人群在短时间内分离,为非洲的狩猎采集者、农业游牧人群以及非洲外人群提供了祖源成分。大约在8万-6万年前,东非、西非和非洲外人群的祖源人群之间发生了一系列的分离事件。

在欧亚地区分布的早期现代人群存在多个支系。有些人群对现代的人群没有可检测到的遗传贡献,还有些人群和现代的人群有关。发现于西伯利亚中部等个体对当今人群没有可检测的遗传贡献;而在中国发现的田园洞人和AR33K个体、在比利时发现的Goyet Q116-1和俄罗斯发现的Kostenki 14个体、在俄罗斯发现的Mal’ta和Yana个体则分别代表了古东亚人,古欧洲人和古北西伯利亚人。

随着时间的推移,这些人群发生交流、迁徙,形成更精细的人群结构。

尽管科学家对欧亚早期现代人群的认知还较为有限,但古DNA研究不断充实着这些人群历史的细节。比如2017年一项研究发现来自中国4万年前的田园洞人和远在比利时3.5万年前的GoyetQ116-1个体存在遗传联系。这个发现有些出人意料,因为一般来说,距离相隔较远的人群直接发生基因交流可能性不大,所以可能性更大的情况是,他们之间存在第三个人群,将两者联系了起来。四年之后,一项新发表的研究发现了一个生活在保加利亚的古老现代人群和两个人群都存在遗传联系,验证了之前的猜想。

末次盛冰期及近万年演化史

末次盛冰期是距今最近的极寒冷时期,在这段时期的欧亚大陆发生了一系列的人口变化。在欧洲,以比利时约3.5万年前的Goyet Q116-1个体为代表的的遗传成分可能在大区域被取代,在末次盛冰期快结束时重新扩张。

在亚洲,田园洞人和AR33K的遗传成分曾广泛存在,然而末次盛冰期之后,早期东亚北方人的遗传成分开始出现(AR19K),这说明东亚北部有些人群可能在此期间发生了更替。

在北亚,也发生了晚期人群遗传成分的变化。除此之外,人类也在逐步适应这段严寒环境。例如,使东亚人产生区别于欧洲人特征的EDAR基因的变异最晚从末次盛冰期末开始出现并且频率升高,支持了该变异可能可以在低紫外线环境中增加母乳中的维生素 D以提高幼儿的存活率的假说。

近万年来,气候变得温暖而稳定。全球出现了更为活跃的人群活动,包括快速的扩散、迁徙、互动和更替等。这些世界范围的人群迁徙与互动,以及后续相关历史事件的影响,逐步形成了全球人群的大致格局。

论文全面梳理了全球各大版块的主要人群遗传历史事件,以下主要介绍东亚和东南亚地区内容。

在万年前,东亚和东南亚已存在多样化的人群,其中至少包括以新石器时代山东人群为代表的古北方成分人群、东南亚的古老现代人群——和平文化人群、以福建奇和洞人和广西隆林人为代表的两种不同的东亚古南方人群、日本的绳纹文化人群。而东亚南北方人群至少在1.9万年前出现遗传差异。

随着时间的推移,“古北方人群成分”和 “古南方人群成分”在南北方人群之间发生了流动和变化,说明南北方人群在不断发生交流与融合。现今南方人主要是大量古北方人成分和下降的古南方成分混合。1.4万年前的黑龙江人群可能是与美洲原住民最相关古北亚人群的东亚成分来源。

另外,早在东亚南方及东南亚出现农业之前,东亚南方人群就和东南亚人群存在交流。蒙古地区人群在新石器时期几乎只携带东亚人群的遗传成分,后来大约在5千年前受到草原人群影响,到3千多年前引入了草原人群和欧洲农业人群的遗传成分。

这些古基因组学证据不仅揭示了种种人群历史事件,还为一些考古和文化上的争议提供了新的证据。

目前,古基因组数据已达到6千余个,只能让我们初步了解人类演化史。

不久前发表的超过一百万年的古DNA数据,极大地增加了研究人员用古DNA探索更大时间尺度演化历史的信心。高效的DNA捕获技术甚至能在沉积物中捕获古代人类和动物的基因组片段,而古蛋白质组、古微生物组、古甲基化组技术以及针对古DNA设计优化的生物信息学工具也为我们提供了更为全面详实的古分子信息。

该研究由中国科学院、国家自然科学基金委、腾讯科学探索奖及美国霍华德·休斯医学研究所资助。https://t.cn/A6MbxXEa

#全国公益寻亲# 【团圆! 长沙一#妇联副主席帮她找到失散31年的父亲#】“这是我们今年最好吃的‘月饼’!”中秋佳节,阖家团圆,长沙市高新区麓谷街道麓景社区妇联副主席谭笑丹和河北邯郸女子陈芳(化名),过了一个特别不一样的中秋节。#今年最好吃的月饼#
9月17日,担任汉五生物工程(长沙)有限公司总经理的谭笑丹告诉今日女报/凤网记者,经过其所在公司做的DNA鉴定,陈芳成功找到了远在云南省西双版纳傣族自治州的亲生父亲!
在陈芳和父亲接通电话的那一刻,这对失散了31年的父女忍不住潸然泪下。
这一路以来的寻亲经历,陈芳经历了什么?她为什么会跟父亲分开?为什么会通过湖南女子谭笑丹来做亲子鉴定?

为寻亲,北方姑娘想尽办法
31岁的陈芳已经是两个孩子的母亲,二宝才出生六个月。在忙碌的带娃时间中,她向今日女报/凤网记者分享了自己的寻亲过程。
9月17日,住在河北的陈芳与远在云南的亲生父亲成功相认。虽然两人相隔千里,但再远的距离也隔绝不了血缘亲情。“和我打电话时,父亲哭得稀里哗啦的。”
陈芳20岁那年才知道自己不是父母亲生的,“我叔叔家的女儿在一次打工时告诉我的”。当时,陈芳半信半疑,但转念一想,她自己此前也发现过一些端倪。小时候,村里有人说她是从南方抱来的,她回家就问父母到底是不是这样。那时,养母告诉陈芳:“你有哥哥有姐姐,我们没理由再抱一个你回来养呀!”小时候的陈芳相信了这番说辞。
但她心里仍旧埋下了一颗怀疑的种子。“我跟家里人长得一点都不像。”
确认自己不是亲生的后,陈芳并没有和养父母说起这回事。她想过要找亲生父母,但不知道怎么找。另一方面,她担心自己“可能是被遗弃的”,害怕面对这个结果。
时光荏苒。陈芳结了婚,生了孩子,也成为了一名母亲,寻亲的念头变得更加强烈。“我觉得,没有哪个父母会狠心丢弃自己的孩子,他们肯定也在找我。”陈芳说,她经常做梦,梦见自己的亲生母亲,醒来后发现不过是一场空。她看影视剧时,只要是有关寻亲的情节,都看得特别认真。陈芳还在网上搜索了如何寻亲的一些办法,比如去哪采血、如何比对等等。
2019年,陈芳鼓足勇气,在公益寻亲网站“宝贝回家”登记了信息,采了血,但三个月过去,仍旧杳无音信。
“当时我就知道,肯定没比对成功。”陈芳十分失落,却没有放弃。她在“等着我”贴吧、“宝贝回家”贴吧等网络寻亲平台,看到疑似的、有联系方式的,都加微信,然后自己发照片比对。
“我也不知道自己在坚持什么,可能只是想要一个真相吧。”陈芳告诉记者,她想知道,自己到底是哪里人,亲生父母是谁,自己为什么来到河北,真实生日到底是哪一天。“我一直过的生日是农历八月十六,中秋节过后的第一天。阖家团圆的日子,我却离开了亲生父母的身边。”

现转机,养父母和盘托出
事情的转机发生在今年。有一次,陈芳去幼儿园接孩子,恰好碰见了自己的一名女同学。“她和我一样,也是被抱来的。”这名女同学说,她养母告诉她,她们都是从贵州抱来的。
“我是贵州人吗?”陈芳很激动,在抖音、快手等平台发布了寻亲视频,还去这名女同学家问她的养母,试图找到更多的细节。
陈芳记得,那天天气特别热,但她寻亲的愿望很强烈。谁知,到了同学家,同学的养母却对她的来历讳莫如深。“但她说,我养父曾经抱着我去她家玩,那时候我才五六个月大。我问她,我来的时候就是这么大吗,她说对。”
“如果不想养的话,生下来就会送人,为什么要等到养了五六个月,有感情了才送人呢?”陈芳认为,自己可能是被拐卖的。
她发了很多寻亲视频,但没有效果。后来,她主动去问了养父母。
养父母不同意陈芳寻亲,“气得都蹦起来了”。如果有可能,他们这辈子都不想让陈芳知道自己不是亲生的。
陈芳立马表了态,说自己已经成家了,就算找到了亲生父母,也不会离开。一场谈话下来,养母开了口。
“养母说,我来的时候六个月大,穿的是黄色小褂子、灰色毛线裤,还有一个绿色小花被子。”养父母至今还留着那个绿色小花被。
陈芳养母说,她是从一对夫妻那里抱来的,丈夫姓金,妻子姓何,姓金的是个人贩子,来自贵州,二三十年前就被抓了;姓何的来自湖南。“所以,我大概率是贵州人或者湖南人。”
知道了这个线索,陈芳更有信心了。“我有一种直觉,我的亲生父母也一定在找我。”

终团圆,志愿者和DNA鉴定给力
陈芳把自己的经历告诉了“天涯寻亲网”的志愿者“翔之梦”,“他是我的贵人,帮我排查了各种线索,慢慢让我知道哪些线索最重要”。
天涯寻亲网由电影《失孤》主人公原型#郭刚堂#创办,今年7月12日,他刚找到自己失散24年的儿子。
陈芳说,#天涯寻亲网#的志愿者们很热心。“我在一个寻亲女孩发的抖音视频下发现了志愿者小锐,小锐对那个寻亲女孩很尽心,我就联系了她,她给我推荐了志愿者‘翔之梦’。”
网名“翔之梦”的志愿者姓刘,是一名老师,去年成为天涯寻亲网的志愿者。“翔之梦”告诉记者,陈芳寻亲的难点,在于当初拐卖她的人贩子都死了,“进一步排查比较困难”。
陈芳的直觉没有错,她的家人也一直在寻找她。她的家人在2002年就报了警,陈芳生父2018年采血入库,比陈芳采血的时间还要早一年。
经过漫长的线索排查,陈芳的经历终于和一位籍贯是贵州遵义、工作在云南西双版纳的人对上了,年龄、出生地、衣帽和裹着的被子都一致。
这会是陈芳的亲人吗?为了获取更准确的答案,“翔之梦”帮忙联系了汉五生物工程(长沙)有限公司总经理谭笑丹。
“因为公益寻亲,我认识了郭刚堂。”谭笑丹告诉今日女报/凤网记者,汉五生物从2003年5月就开始做公益寻亲,已帮上千人寻亲,陈芳的事是天涯寻亲网委托她做公益寻亲DNA鉴定的第6例。
9月16日上午10时,谭笑丹收到了分别从河北邯郸和云南西双版纳寄来的公益寻亲比对样本。为了赶在中秋节前给寻亲人结果,让他们过一个团团圆圆的佳节,谭笑丹和同事们加班加点,在24小时内完成了实验。9月17日上午获得的DNA比对结果显示为匹配。
“那一刻,我们所有人都开心极了!”谭笑丹告诉今日女报/凤网记者,她很快通知了志愿者和双方寻亲人。
接到匹配成功的电话后,陈芳在开心之余,却又感到很遗憾。原来,在陈芳生父采血前,她的生母就去世了,分别31年,母女二人终究没能再见上一面。
“父亲告诉我,当时家里条件不好,他们被人贩子哄骗,说是打算送亲戚家寄养,过两年再认回来,没想到人贩子转头就把我卖到了河北。”陈芳生父觉得十分亏欠她,说以后会好好弥补。
这几天,陈芳的手机常常自动关机,“因为消息太多了,手机电量不够用”。她告诉今日女报/凤网记者,父亲、小姑、大姐,还有弟弟妹妹,大家一起拉了个微信群,一直在群里聊天,交流这些年来的情况。“他们都过得挺好,除了弟弟之外其他人都成家了,这么多年来也很惦记我。”
从小生活在河北的陈芳,没有去过贵州遵义,也没有去过云南西双版纳,但她已经下定决心,一定要回家看看。“等我过了哺乳期,打完新冠疫苗,我就去看看他们。”
对于陈芳来说,这个中秋节,她实现了真正意义上的“团圆”。(今日女报/凤网记者 罗雅洁 唐天喜 )

难陀王与那伽斯那共论缘
  昔难陀王。聪明博通。事无不练。以己所知谓无酬敌。因问群臣。颇有智能聪辩之人。咨询疑事。能对我不。时有一臣。家先供养一老比丘。履行清净。然不广学。即谈于王。王问之言。夫得道者。为在家得。为出家得乎。时老比丘。即答之曰。二俱得道。王复问言。若二俱得。何用出家。彼老比丘。即便默然。不知何对。时难陀王。转复憍慢。时诸臣等。即白王言。那伽斯那。聪慧绝伦。今在山中。王于尔时。欲试之故。即遣使人。赍一瓶酥。湛然盈满。王意以为我智满足。谁复有能加益于我。那伽斯那。获其酥已。即解其意。于弟子中。捡针五百。用刺酥中。酥亦不溢。寻遣归王。王既获已。即知其意。寻遣使请那伽斯那。即赴王命。那伽斯那身体长大。将诸徒众。在中特出。王心骄豪。诡因游猎。路次相逢。见其姝长。即自摇指异道而去。竟不共语。默欲非之。一切长者。都无所知。时那伽斯那。寻以己指。而自指胸言。而我独知。难陀王。将延入宫。即凿小屋。户极令卑下。望使斯那曲躬向伏。然此斯那知欲陷己。即自却入。不受其屈。时难陀王。即设饮食。与粗食数种食。食五三匙。便言己足。后与细美。方乃复食。王复问言。向云己足。何故今者犹故复食。斯那答言。我向足麤。未足于细。即语王言。今者王殿上可尽集人令满其上。寻即唤人充塞遍满。更无容处。王在后来。将欲上殿。诸人畏故。尽皆慑伏。其中转宽。乃容多人。斯那尔时即语王言。粗饭如民。细者如王。民见于王。谁不避路。王复问言。出家在家。何者得道。斯那答言。二俱得道。王复问言。若俱得道。何必出家。斯那答言。譬如去此三千余里。若遣少健。乘马赍粮。捉于器仗。得速达不。王答言得。斯那复言。若遣老人。乘于瘦马。复无粮食。为可达不。王言。纵令赍粮。由恐不达。况无粮也。斯那言。出家得道。喻如少壮。在家得道。如彼老人。王复问言。今我欲问身中之事。我为常无常。随我意答。斯那返问。如王宫中。有庵婆罗树上果。为甜为醋。王言。如我宫中。都无此树。云何问我果之甜醋。斯那言。我今亦尔。一切五阴。既自无我。云何问我常以无常。时王复问。一切地狱。刀剑解形。分散处处。其命犹存。实有此不。斯那答言。譬如女人。啖食饼肉瓜菜。饮食悉皆消化。至于怀妊。歌罗罗时。犹如微尘。云何转大。而不消化。王言此是业力。斯那答言。彼地狱中。亦是业力。命根得存。王复问言。日之在上。其体是一。何以夏时极热。冬时极寒。夏则日长。冬则日短。斯那答言。须弥山有上下道。日于夏时。行于上道。路远行迟。照于金山。是故长而暑热。日于冬时。行于下道。路近行速。照大海水。是故短而极寒。《杂宝藏经》


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