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由于近亲繁殖不可避免，使得大熊猫致隐性基因的纯合，后代生命力降低，甚至畸型或致死。这种现象在动物园内人工饲养的大熊猫中也是一个严峻的问题，绝大多数个体是来自于同一野生地区，使很多在动物园中繁殖的幼仔在出生后出现畸型或者发育不良，大部分早期夭亡，种群难以得到维持和发展。
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大熊猫的分布区已经相当狭小，实际上它的分布地点仅限于中国陕西秦岭南坡，甘肃、四川交界的岷山，四川的邛崃山、大相岭、小相岭和大小凉山等彼此分割的6个分布区域，栖息于海拔为1400-3600米之间的落叶阔叶林、针阔叶混交林和亚高山针叶林带的山地竹林中，总面积为29500平方公里。
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在野外，如果出生的是双胞胎（圈养下，大熊猫产双胞胎比例近50%），大熊猫妈妈通常会忽视或拒绝较弱的一个，这能保证至少一只成活。在圈养情况下，会进行人工饲养，并采用换崽技术，尽量使所有的大熊猫幼仔都能成活。
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