本次操作手册修订内容共涉及41个指标：
一是在指标18-19原有内容之上，增设对于基本药物处方使用品种数量占比的考核内容；在指标21原有内容之上，增设国家组织药品集中采购中选药品完成比例的考核内容；在指标45原有内容之上，增设感染性疾病科医师占比的考核内容。
二是在指标37延伸指标基础上，剔除有关项后的医疗收入增幅。用于反映剔除散装中药饮片、小包装中药饮片、中药配方颗粒剂、医疗机构中药制剂、罕见病用药收入，长期处方产生的药品收入，以及纳入国家医保目录中谈判类药物收入后的医疗收入增幅情况，并将剔除项应用于指标38-41。
将最新规范性文件作为指标意义的依据，如加入《关于印发公立医院高质量发展促进行动（2021-2025年）的通知》（国卫医发〔2021〕27号）、《国务院办公厅关于推动公立医院高质量发展的意见》（国办发〔2021〕18号）、《深入推广福建省三明市经验深化医药卫生体制改革的实施意见》（国医改发〔2021〕2号）、《国家卫生健康委关于印发三级医院评审标准（2020年版）的通知》（国卫医发〔2020〕26号）、《2021国家卫生健康统计调查制度》等文件。涉及指标1-3、8、10-13、17、20、22-24、28、31、33、37、42-43、46、48-49、53、55共24个指标。
根据医院在填报中提出的相关问题，一是细化指标42的佐证材料清单；二是指标增1中分母由“同期耗材总收入”修订为“同期卫生材料收入”，并与《医院执行<政府会计制度——行政事业单位会计科目和报表>的补充规定》保持一致。三是根据工作情况，进一步细化指标说明，涉及指标10、12、17-21、28、30-31、33、36-42、45-46、49-50、增1共23个；更新或增加指标脚注，涉及指标1、8、10-12、21、25-26、28、33-35、37、49共14个；更新指标解释，涉及指标21、50、52共3个；更新指标来源，涉及指标21、28、30、37-41共8个。