1949年国民党败退台湾，政治和外交上陷于孤立境地，曾有意笼络知识分子与其“同舟共济”。其办法之一，当局在极其短缺的财用中，仍设法提供启动经费，帮助一些知识分子创办言论刊物，展开对大陆新政权的“思想战”和“文化战”。其中最著名的是1949年6月创刊于香港的《民主评论》和11月创刊于台北的《自由中国》。《民主评论》为徐复观所办，言论的方向，越来越聚焦于对中国传统文化的维护，与专注于自由民主问题而对传统文化采取批判立场的《自由中国》常起论战。

由于文化上的认同接近，钱穆对徐复观的办刊事业相当投入，刊物一度因当局疑虑和经费困难准备停办，徐复观准备移居日本，钱穆致函鼓动其勉力维持，并为之出谋划策，写稿更堪称主力，创刊后的七八年中，每年都为其撰写多篇文章，发稿密度略逊于徐复观本人，而与唐君毅、牟宗三难分轩轾。按照徐复观的说法，《民主评论》最核心的、最能代表刊物性质的文章，除他自己的“在学术与政治之间”的文字外，是唐君毅、牟宗三、钱穆、胡秋原诸人所做的阐述文化的文章，“唐君毅先生以深纯之笔，开始了中国人文精神的发掘。牟宗三先生则质朴坚实地发挥道德的理想主义……钱宾四先生的文章，走的是比较清灵的一路，因他的大名，吸引了不少读者。胡秋原先生用‘尤治平’的笔名，发表了很有分量的《中国的悲剧》。这都是在文化反省方面，所演出的重行头戏。”

徐复观仰仗钱穆办刊，但对于钱穆的学术见解并非照单全收，他们之间也发生多次学术“商榷”和冲突。

1952年11月钱穆在香港出版《中国历代政治得失》一书，认定明代内阁大学士张居正为“违反国法”而“以相体自居”的权臣、奸臣。徐复观一则出于为乡贤辩诬，一则因钱穆“以制度为立论的根据”，实“含有在专制政治下的大悲剧问题”，遂作文进行商榷。这篇题为《明代内阁制度与张江陵（居正）的权、奸问题》的文章提出，“法”依政治主权而存废和变动，民主政治主权在民立法改法必须依民意机关，法相对稳定；专制政治主权在君，法随君主意志而变动，不易有稳定性。就宰相之制来说，在大一统专制政治下，宰相为君主“在事实上既不可少，但在事实上又必须提放”的职位，为了两全，历史上常采用多设相位和名实分离的办法，所以无名有实的宰相史不鲜见，此系专制政治的本质使然。张居正“以相体自居”不仅事出有因（受命托孤）不得不然，而且于史有承，于法有据。这个法并非成文法而是习惯法，当时的政学两界，包括张居正政敌，均“并未否认他宰相的地位”；而张居正虽不得不“以宰相代理皇帝”，却皆在“敕制诏令”下进行，并无越界之事，“权臣、奸臣之论，恐怕太昧于史实了”。徐复观暗指钱穆混淆了民主政治之法与专制政治之“法”的本质区别，美化了传统政治的“政权开放”，把贵族入仕向平民入仕的“政权开放”当成了“主权开放”。这篇商榷文章已现两人之间的严重分歧，但他们一起共同拥护传统文化更重要，故该文写好后只寄给钱穆，并没有发表，钱作跋语于后，强调“历史应就历史的客观讲”，不能做更多针切时代的引申。这次争议未公开化，他们的合作仍密切开展，1954年《民主评论》为钱穆60寿辰出版专号，徐复观作有《忧患之文化——寿钱宾四先生》以“慰万千在深忧巨患中之同胞与学人”。

1953年6月，钱穆在台北出版《四书释义》，其中“论语要略”篇第五章《孔子的学说》中，以“好恶”对《论语》的“仁”作解释，说“仁者直心由中，以真情示人，故能自有好恶。不仁者以有自私自利之心，故求悦人，则同流俗，合污世，而不能自有好恶”，“无好恶则其心麻痹而不仁矣”。仁者的好恶之情高于人我之见且贯穿于人我之间，能够“以我之好恶推知他人之亦同我有好恶”；不仁者则反之。这一见解与徐复观对儒家的理解不合。1955年作《儒家在修己与治人上的区别及其意义》时，讨论到儒家仁的含义，就以一小节对钱穆的“好恶”论提出检讨，指出好恶是基于自然欲望的性情，并非人类所独有，也不能决定行为的好坏，行为的好坏取决于好恶的内容和动机。徐复观强调，儒家在道德上立下的标准存在修己与治人的区别，在修己方面“总是将自然生命不断地向德性上提，决不在自然生命上立足，决不在自然生命的要求上安设人生的价值”，而在治人方面则“首先是安设在人民的自然生命的要求至上”。按照这个认识，钱穆显然将孔子的“仁”的意义局限到了自然生命要求的范围，“把儒家治人的标准，当做修己的标准来看了”。这篇“向钱先生恳切请教”的文稿发表前也寄给了钱穆，钱穆答以《心与性情与好恶》，坚持认为以好恶解释仁，符合孔孟本义，可使仁与智、勇三达德各有偏重，避免陷入“理窟”。两人的文章同时发表在《民主评论》上。

如果说仁的解释问题只属于儒学内部的争议，到了1955年8月钱穆在《民主评论》6卷16期刊载《中庸新义》一文后，争议便扩大到重要儒家文献的属性。钱穆文中有个重要观点，称《中庸》、《易传》系“汇通老、庄、孔、孟”，而论述中特别强调《庄子》是《中庸》的源头，孔孟反而与之无涉。这种将儒家经典道家化的看法引起以儒为宗的徐复观严重不满，感觉此“关系于我国思想史者甚大”，在“至三至四”的函札往复之后，1956年1-2月间徐复观作《<中庸>的地位问题——谨就正于钱宾四先生》，论述《中庸》属于儒家经典，思想源于《论语》，而下启《孟子》。他尤其指出，钱穆用《庄子》解读《中庸》，实质是“将人附属于自然上去说”，只承认“感情冲动的自然调节”，不承认人有理性、道德、善恶、人格高下等，主张“不远禽兽以为道”。这种主张作为钱穆个人的思想无可厚非，“但以此来加在古人身上，作思想史的说明，则几无一而不引起混乱。”这一批评钱穆同样做出了回应。但这次回应明显有无可奈何的情绪，直言“我之能申辩者，既已罄竭无余，而徐君终不以为是，我又急切无法改变我意见，故我实感有无话可说之苦”。

与此相联系，学术冲突还延续到道家老庄先后问题。《民主评论》8卷9期发表钱穆《老子书晚出补证》，该文旋收入钱氏著《庄老通辨》一书，在本书《自序》中复坚称“老子书犹当出庄子、惠施、公孙龙之后”，并述及思想史的原则和方法，引起徐复观进一步的“就正”，他写了一篇长文《有关思想史的若干问题——读钱宾四先生<老子书晚出补证>及<庄老通辨自序>书后》，1957年11-12月连载于他们共同的另一园地《人生》杂志。徐复观一方面用“以考据对考据”的方法，对庄前老后说和《易传》、《大学》、《中庸》出于庄老的意见加以“不甚客气”的批评，以维护儒家作为中国文化精神中心的地位；另一方面针对钱穆提出的思想史研究方法，慎重提出异议。徐复观强调考据之学不可取代义理之学，义理之学是考据之学之后思想史工作的重心。他批评钱穆基于“新字”、“新语”的新考据法而形成的诸如儒道思想的一些结论，是因为缺少“深求其意以解其文”的功夫，这些结论的效果，“千百年后所不敢知，当前则是很难取信的”。

这篇“以考据对考据”和“以方法对方法”的文章发表后，钱穆没有再作回应，加以其他一些原因，钱穆与徐复观的关系急速降温，甚至发展到“咬牙切齿”的程度。1961年6月《中国一周》刊出张其昀与钱穆在就《民主评论》与新亚书院之间的经费事务的通信，隐然指责《民主评论》侵吞台湾教育当局对新亚书院的支持经费，徐复观愤而“公开一部分的真相”。他在《自立晚报》连载一篇长篇回忆文章，不仅断然表示以当时情形根本不可能有《民主评论》有代转教育部经费之事，而且借机公开表达了对钱穆的不满。

徐复观谈到自己曾因开罪张其昀，被张其昀以“教育部长”身份施压东海大学要求解聘，“在这种情形之下，钱先生面都不愿意和我见；写到台北欢迎他的信，也忙得无法回；《民主评论》求钱先生一篇文章而不可得；请他当编委会的召集人，连理都不理”。徐复观分析，“钱先生对我的咬牙切齿，是因为我批评了他对中国文化的几种基本看法”，讥钱穆是一个口说维护中国文化，实际上是歪曲中国文化的“大亨”，而自己之所以竟敢批评这位学术权威，纯粹是因为相信“政治与学术，乃天下公器；只要根据事实，任何人都可以批评”。他对于学术批评，立下三条戒律：“学术上无足轻重的问题，我不会批评”；“出于无心的错误，我可以私人商量讨论，也不会写文章去批评”；“本来可以作若干不同解释或说法的，乃至为一般人所能了解的错误，我也不批评”。他对钱穆公开提出批评的，在他看来都是对于中国文化至关重要而带有原则性、误导性的问题。

尽管钱穆不再回应，两人实际上也不再往来，但徐复观出于对“天下公器”之责任，并没有停止发表对钱穆的批评。徐复观此后的批评涉及一个更重要的层面：对于中国政治之路的选择。1966年江陵在台人士主办乡谊活动，徐复观为表示支持之意，将旧作《明代内阁制度与张江陵（居正）的权、奸问题》一文加以整理，连同钱穆的跋语同时发表于《民主评论》17卷8期。此文已经触及的是钱穆的政治见解，而最严重的一次批评，是1978年发表《良知的迷惘——钱穆先生的史学》，直接对钱穆的政治意识展开严厉抨击。

钱穆关于中国传统政治属于“平民政治”、“士人政治”、“民主政治”的说法由来已久，徐复观原本认为，此类看法虽然错误，但一般人能够了解，就用不着他来批评。不过，1978年11月钱穆从台湾到香港讲学，徐复观从《明报月刊》刊出的《钱穆伉俪访问记》，了解他又发表了关于秦以后的中国政治不属于专制政治的见解，觉得他“依然发表假史学之名，以期达到维护专制之实的言论”，对于大陆刚刚兴起的抗议“四人帮”的民主运动而言，犹如“泼上一盆冷水”。于是以“良知的迷惘——钱穆先生的史学”为题，言辞激烈地抨击了钱穆的政治观点。

徐复观首先表明，“钱先生的史学著作，是不宜做一般读者之用的”，“他对史料，很少由分析性的关键性的把握，以追求历史中的因果关系，解释历史现象的所以然；而常作直感地、片段的、望文生义的判定，更附益以略不相干的新名词，济之以流畅清新的文笔，这是很容易给后学以误导的”。接着对钱穆政治意识的几个主要观点进行反驳。关于平民政府的说法，徐复观说，“他认为由平民出身取得政权的便是平民政府，等于说本是由摆地摊而后来发大财的人，只能算是地摊之家，而不可称为富豪之家，是同样的可笑。”而所谓帝王的“爱民观念”，徐复观认为，史家更应该考察的是“通过何种政治机构去实行”，而不是“爱民”的词句，不然何以何来“以为天下利害之权皆出于我”、“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐，视为当然”的专制之君？以词句代实际制度，则一个“一切为人民”的口号，就足以掩盖现代独裁者的罪恶。他说，钱穆所说的“士人政府”也是不可靠的“浓雾”，既不能解释何以地位越高、与皇帝愈近，命运愈困扰、艰难，也不能解释何以屡屡发生宦官外戚专权。

徐复观说，钱穆史学最反对的是把秦始皇以后的政治称为专制政治，其实中国历史上没有将“专制”一词用于帝王，不等于说中国没有帝王专制之实际。“钱先生把历史中成千上万的残酷的帝王专制的实例置之不顾，特举出不三不四的事例来，以证明汉代不是专制，这不是做学问的态度”。汉代政治和思想，是徐复观和钱穆都用过功的领域，徐复观用具体的事实，来反驳钱穆的举证，揭示出这些“不三不四的事例”根本似是而非。文章最后说：

“我和钱先生有相同之处，都是要把历史中好的一面发掘出来。但钱先生所发掘的是二千年的专制不是专制，因而我们应当安住于历史传统政制之中，不必妄想什么民主。而我所发掘的却是以各种方式反抗专制，缓和专制，在专制中注入若干开明因素，在专制下如何多保持一线民族生机的圣贤之心，隐逸之节，伟大史学家文学家面对人民的呜咽呻吟，及志士仁人忠臣义士，在专制中所流的血与泪。因而认为在专制下的血河泪海，不激荡出民主自由来，便永不会停止。”

综上，作为新儒家代表人物的徐复观，既“不甘心于仅仅做一个自由主义者”，也不甘心于仅仅做一个传统主义者；其服膺的传统，一方面是儒家学统的价值；另一方面是儒家学统价值与现代价值的结合。