#Shionari的生化研讨室#
第11期:蛋白特定Lys位点的酰基化修饰【渣浪今天放我一马】
上个月的Nature Chemistry上登载了一篇介绍如何对蛋白特定位点(绝大部分是赖氨酸Lys)进行酰基化修饰的研究。
蛋白质酰基化在生化层面上起到不少关键作用,其中包括了泛素化(26S蛋白酶体降解,作用位点识别,复合体组装等)和SUMO化(定位,DNA修复等)。然而,目前还没有很好的办法来操控这些过程,让他们只在特定位点发生反应,而一个蛋白若有多个这种位点,就很难将他们分开独立进行研究。
他们组利用人体内天然存在的E2-SUMO偶联酶Ubc9,加上他们设计的probe,构建出了用一步法在蛋白特定Lys位点添加酰化基团的系统,取名为LACE。选择Ubc9的原因,是因为它能够不依赖E3就对SUMO motif进行识别和反应。至于这个probe怎么设计的,是参照ATP活化后的E1-Ubl而模仿的硫酯类中间体,其中的肽段试了多种SUMO亚型但效果都不太好,而用泛素末端的肽段(LRLRGG)效果反而出乎意料的好。最后的probe就变成了图2左边那个样子。
识别修饰位点(被酰化的位置,称为LACE tag)最少有4个连续的氨基酸:ΨKXD/E,其中Ψ表示疏水aa,D/E表示酸性aa,X表示任意。LACE tag可以在N端,C端,或者中间位置。如果存在多个符合条件的位点则都可以被修饰。
到这里为止都只是尝试在特定位点加上泛素末端的各种小肽段,并用荧光团检验反应特性。成功之后,他们下面就开始尝试能不能用这个方法对目的蛋白添加整个泛素。首先要准备2-巯基乙烷磺酸泛素作为酰基供体,并在目的蛋白的特定Lys周围通过点突变方法构建表达含LACE tag的重组蛋白。对α突触核蛋白(帕金森病中的致病蛋白,存在多个单泛素化位点)的实验可以看到,反应只在构建好LACE tag的Lys96或Lys102上发生,证明了这一系统的有效性(图3),同时也为某些蛋白的泛素修饰研究提供的格外简便的研究方法。
【写给自己:如果以后要研究泛素相关功能记得回来精读这篇文章】
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上个月的Nature Chemistry上登载了一篇介绍如何对蛋白特定位点(绝大部分是赖氨酸Lys)进行酰基化修饰的研究。
蛋白质酰基化在生化层面上起到不少关键作用,其中包括了泛素化(26S蛋白酶体降解,作用位点识别,复合体组装等)和SUMO化(定位,DNA修复等)。然而,目前还没有很好的办法来操控这些过程,让他们只在特定位点发生反应,而一个蛋白若有多个这种位点,就很难将他们分开独立进行研究。
他们组利用人体内天然存在的E2-SUMO偶联酶Ubc9,加上他们设计的probe,构建出了用一步法在蛋白特定Lys位点添加酰化基团的系统,取名为LACE。选择Ubc9的原因,是因为它能够不依赖E3就对SUMO motif进行识别和反应。至于这个probe怎么设计的,是参照ATP活化后的E1-Ubl而模仿的硫酯类中间体,其中的肽段试了多种SUMO亚型但效果都不太好,而用泛素末端的肽段(LRLRGG)效果反而出乎意料的好。最后的probe就变成了图2左边那个样子。
识别修饰位点(被酰化的位置,称为LACE tag)最少有4个连续的氨基酸:ΨKXD/E,其中Ψ表示疏水aa,D/E表示酸性aa,X表示任意。LACE tag可以在N端,C端,或者中间位置。如果存在多个符合条件的位点则都可以被修饰。
到这里为止都只是尝试在特定位点加上泛素末端的各种小肽段,并用荧光团检验反应特性。成功之后,他们下面就开始尝试能不能用这个方法对目的蛋白添加整个泛素。首先要准备2-巯基乙烷磺酸泛素作为酰基供体,并在目的蛋白的特定Lys周围通过点突变方法构建表达含LACE tag的重组蛋白。对α突触核蛋白(帕金森病中的致病蛋白,存在多个单泛素化位点)的实验可以看到,反应只在构建好LACE tag的Lys96或Lys102上发生,证明了这一系统的有效性(图3),同时也为某些蛋白的泛素修饰研究提供的格外简便的研究方法。
【写给自己:如果以后要研究泛素相关功能记得回来精读这篇文章】
那位喜欢周杰伦的女生,刚才我把她的朋友圈翻到了底。从14年开始,几乎每个月都会发一到两条关于周杰伦的动态,演唱会的视频repo,周杰伦写给自己或他人的歌,甚至转发早几百年前的绯闻,其中也有很多公众号的文章(几乎都是乱写的,大概是因为周杰伦所以她才这么轻易相信,有点好笑又有点可爱),但差不多18年开始频率就变低了,好几个月才找到一条和周杰伦有关的消息。而上一条则是六月份新歌发行时,她po了一首《超人不会飞》,配字依旧在维护他,这就是最后的怜爱了。我不知道她以后还会不会为了他的新动态欣喜,他不再活跃,人们也不再执着,花期似乎结束了,曾经那些温柔的生机的世俗的,我在他那里获得的无比安全的浪漫,现在却让我产生了敌意。我爱的东西把我打捞起,却又把我沉入万丈海底。
写给自己的一封信,我不知道等再过一段时间我看到这段文字会怎么想,先不管了,先让我发泄一下吧!
最近压力好大,工作生活一塌糊涂,谁都没顾上,手里也没有多余的钱,我是一个没有安全感的人,手里没多余的钱放在这里心里好不踏实。这是自参加工作以来从未有过的感觉。
我没想到自己有这么一天,一直总在想只要我好好工作就可以赚到钱就可以养好家,可现在,我竟然信用卡要分期了,每到月底或月初支付宝的花呗,信用卡的提醒,房贷的提醒,还帮别人垫了一笔货款,弄得我焦头烂额,心思安定不下来,可我已经很拼了,我感觉再这样奋进下去我会崩溃,我会彻底自我放弃,我有时候感到胸口闷得慌,现在的我已经很激进了,已经很努力了,我快要爆炸了,可没人理解我,任何一件事不管大小做不好都会影响到我的心情,成天提心吊胆的,让我念念不忘,就算是周末我也忘不掉工作上没处理好的事,我也一直在思考是我做的不够好还是因为我能力不足。
工作12年,我从未像别人一样想休息休息,更没有想离开就离开,更没有任性过想辞职就辞职,就算是生孩子。因为家里缺钱,家里不能少了我这份收入,也就是说我应该没有因为自己活过,这段时间我也一直在试着调节自己,可这次我真的好像坚持不住了,不能再像以前可以走出来。
我想离开,想逃脱,想放下这种紧张的生活和工作,可家里没有让我放弃的勇气和底气。
我曾经试探着说想要休息休息,家里回了句,如果现在……挺好,我明白………。其实我有时候非常恨,恨自己出生在这样一个家庭,让我要负担这么多,让我承受这么大的压力,我凭什么就不能正常一点,想哭就哭想笑就笑,想离开就离开,想怎样就怎样,想任性并不是攀比,是我太累了,我只不过是想放松一下,可是我不能,工作不能生活不能!
最近压力好大,工作生活一塌糊涂,谁都没顾上,手里也没有多余的钱,我是一个没有安全感的人,手里没多余的钱放在这里心里好不踏实。这是自参加工作以来从未有过的感觉。
我没想到自己有这么一天,一直总在想只要我好好工作就可以赚到钱就可以养好家,可现在,我竟然信用卡要分期了,每到月底或月初支付宝的花呗,信用卡的提醒,房贷的提醒,还帮别人垫了一笔货款,弄得我焦头烂额,心思安定不下来,可我已经很拼了,我感觉再这样奋进下去我会崩溃,我会彻底自我放弃,我有时候感到胸口闷得慌,现在的我已经很激进了,已经很努力了,我快要爆炸了,可没人理解我,任何一件事不管大小做不好都会影响到我的心情,成天提心吊胆的,让我念念不忘,就算是周末我也忘不掉工作上没处理好的事,我也一直在思考是我做的不够好还是因为我能力不足。
工作12年,我从未像别人一样想休息休息,更没有想离开就离开,更没有任性过想辞职就辞职,就算是生孩子。因为家里缺钱,家里不能少了我这份收入,也就是说我应该没有因为自己活过,这段时间我也一直在试着调节自己,可这次我真的好像坚持不住了,不能再像以前可以走出来。
我想离开,想逃脱,想放下这种紧张的生活和工作,可家里没有让我放弃的勇气和底气。
我曾经试探着说想要休息休息,家里回了句,如果现在……挺好,我明白………。其实我有时候非常恨,恨自己出生在这样一个家庭,让我要负担这么多,让我承受这么大的压力,我凭什么就不能正常一点,想哭就哭想笑就笑,想离开就离开,想怎样就怎样,想任性并不是攀比,是我太累了,我只不过是想放松一下,可是我不能,工作不能生活不能!
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