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Genes & Diseases ：王珊团队揭示神经母细胞瘤的分化轨迹和新生物标志物
来源:儿童肿瘤前沿 ，作者专业点燃希望
神经母细胞瘤（NB）是儿童最常见的颅外恶性实体肿瘤，是致死人数最多的儿童实体瘤。作为儿童胚胎源性肿瘤的代表，神经母细胞瘤有特殊的临床特征：一方面极少数的神经母细胞瘤可以出现自行消退，另一方面高度恶性的神经母细胞瘤在疾病初期即可侵袭周围血管、脏器，并向远处骨、骨髓以及淋巴结转移。独特的临床特征预示着细胞分化可能是治疗神经母细胞瘤的一个潜在方向。然而神经母细胞瘤分化的潜在机制仍有许多未知，需要更多可靠的预后生物标志物来预测神经母细胞瘤的分化轨迹。
单细胞测序可根据检测到的每个细胞的基因表达情况对细胞进行分类，能够揭示组织中细胞的异质性，并发现新的细胞亚群以及构建出完整的细胞谱系，同时基于每个细胞的基因表达情况还可以进行分子层面上的机制研究。
2022年2月4日，重庆医科大学附属儿童医院肿瘤外科王珊 教授团队在 Genes & Diseases 在线发表了题为 Single-cell landscape analysis reveals distinct regression trajectories and novel prognostic biomarkers in primary neuroblastoma 的研究论文。该研究通过临床样本单细胞测序，揭示了NB自发退化的一种新机制，并发现了神经母细胞瘤3个新的预后相关的分子标志物，STMN2、TUBA1A和ITGB1，并通过临床样本验证其在神经母细胞瘤组织中的蛋白表达水平。
Genes & Diseases ：王珊团队揭示神经母细胞瘤的分化轨迹和新生物标志物
来源:儿童肿瘤前沿 ，作者专业点燃希望
神经母细胞瘤（NB）是儿童最常见的颅外恶性实体肿瘤，是致死人数最多的儿童实体瘤。作为儿童胚胎源性肿瘤的代表，神经母细胞瘤有特殊的临床特征：一方面极少数的神经母细胞瘤可以出现自行消退，另一方面高度恶性的神经母细胞瘤在疾病初期即可侵袭周围血管、脏器，并向远处骨、骨髓以及淋巴结转移。独特的临床特征预示着细胞分化可能是治疗神经母细胞瘤的一个潜在方向。然而神经母细胞瘤分化的潜在机制仍有许多未知，需要更多可靠的预后生物标志物来预测神经母细胞瘤的分化轨迹。
单细胞测序可根据检测到的每个细胞的基因表达情况对细胞进行分类，能够揭示组织中细胞的异质性，并发现新的细胞亚群以及构建出完整的细胞谱系，同时基于每个细胞的基因表达情况还可以进行分子层面上的机制研究。
2022年2月4日，重庆医科大学附属儿童医院肿瘤外科王珊 教授团队在 Genes & Diseases 在线发表了题为 Single-cell landscape analysis reveals distinct regression trajectories and novel prognostic biomarkers in primary neuroblastoma 的研究论文。该研究通过临床样本单细胞测序，揭示了NB自发退化的一种新机制，并发现了神经母细胞瘤3个新的预后相关的分子标志物，STMN2、TUBA1A和ITGB1，并通过临床样本验证其在神经母细胞瘤组织中的蛋白表达水平。
#Main Title-Ramin Djawadi[音乐]# everything and everyone of my family can be executed as traitors madly, except our everlasting genes and thriving wills. In the winter, we must protect overselves, looking after one another. The lone wolf dies, but the pack survives. I’m not taking what doesn’t deserve me, I’m taking back what belongs to my family FROM the Beginning .
今天文献《Identification of hub genes in colorectal cancer based on weighted gene co-expression network analysis and clinical data from The Cancer Genome Atlas》，来自Biosci Rep 2022年1月11日的文章，影响因子：3.840。
介绍
结直肠癌（CRC）包括结肠癌和直肠癌，是消化系统最常见的癌症之一。它是全球癌症相关死亡的第二大原因和癌症相关发病率的第三大原因。它发生在三种组织病理学类型中，包括腺癌、鳞状细胞癌和粘液癌；腺癌是最常见的类型，约占所有 CRC 病例的 95%。
高通量测序技术为癌症的基因组、转录组和表观基因组特征提供了新的视角。系统生物学，尤其是网络方法，可以有效地整合复杂人类疾病，尤其是癌症的多个大规模数据集。例如，加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 是一种高效、准确的广泛多基因分析方法。
结果
数据预处理
表达数据来自51个正常样本和383个肿瘤样本。基于主成分分析过滤，从数据集中排除11个肿瘤和3个正常样本。前两个主要成分很好地将肿瘤与正常样本区分开来，占差异的13.5%（第一成分）和6.7%（第二成分）。这420个样本的基因表达谱用于后续分析。
CRC样品中DEG的鉴定和GO富集分析
在48个正常和372个CRC样本之间共鉴定出4832个 DEG，包括1562个上调基因和3270个下调基因。为了探索DEG在CRC中的潜在生物学功能，我们进行了GO富集分析。上调的DEG主要参与核分裂、细胞周期调控、染色体分离和DNA复制。
WGCNA 和关键模块的识别
WGCNA用于构建基于4832个DEG的表达矩阵和来自420个CRC样本的临床数据的网络。我们进行了聚类分析以检查420个样本的数据质量，所有样本都在聚类中并且在截止阈值内（height < 200），因此，没有发现异常值需要移除。WGCNA中应用了六个临床变量：疾病状态（Tumor_Normal）、癌症类型、性别、组织学亚型、体重和存活时间（OS.time）。420个样本分为两个集群，肿瘤和正常。
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介绍
结直肠癌（CRC）包括结肠癌和直肠癌，是消化系统最常见的癌症之一。它是全球癌症相关死亡的第二大原因和癌症相关发病率的第三大原因。它发生在三种组织病理学类型中，包括腺癌、鳞状细胞癌和粘液癌；腺癌是最常见的类型，约占所有 CRC 病例的 95%。
高通量测序技术为癌症的基因组、转录组和表观基因组特征提供了新的视角。系统生物学，尤其是网络方法，可以有效地整合复杂人类疾病，尤其是癌症的多个大规模数据集。例如，加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 是一种高效、准确的广泛多基因分析方法。
结果
数据预处理
表达数据来自51个正常样本和383个肿瘤样本。基于主成分分析过滤，从数据集中排除11个肿瘤和3个正常样本。前两个主要成分很好地将肿瘤与正常样本区分开来，占差异的13.5%（第一成分）和6.7%（第二成分）。这420个样本的基因表达谱用于后续分析。
CRC样品中DEG的鉴定和GO富集分析
在48个正常和372个CRC样本之间共鉴定出4832个 DEG，包括1562个上调基因和3270个下调基因。为了探索DEG在CRC中的潜在生物学功能，我们进行了GO富集分析。上调的DEG主要参与核分裂、细胞周期调控、染色体分离和DNA复制。
WGCNA 和关键模块的识别
WGCNA用于构建基于4832个DEG的表达矩阵和来自420个CRC样本的临床数据的网络。我们进行了聚类分析以检查420个样本的数据质量，所有样本都在聚类中并且在截止阈值内（height < 200），因此，没有发现异常值需要移除。WGCNA中应用了六个临床变量：疾病状态（Tumor_Normal）、癌症类型、性别、组织学亚型、体重和存活时间（OS.time）。420个样本分为两个集群，肿瘤和正常。
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