#原代细胞是如何培养的？选择组织块还是消化液培养法？
原代培养即直接从有机体取下细胞、组织或器官，让它们在体外维持与生长。原代培养的特点是细胞或组织刚离开机体，它们的生物性状尚未发生很大的改变，在一定程度上可反映它们在体内的状态，表现出来源组织或细胞的特性， 因此用于药物实验，尤其是药物对细胞活动、结构、代谢、有无毒性或杀伤作用等，是极好的工具。
那么，原代细胞是如何培养的呢？
常用的原代培养法有组织块培养法和消化培养法。
（一）组织块培养法
许多实验室喜欢用组织块培养法进行原代培养，因为方法简单，细胞也较容易生长。尤其是培养心肌，有时还可观察到心肌组织块搏动。细胞从组织块边缘向外长出并铺满培养皿或培养瓶后， 即可进行传代。
1. 设备材料
培养箱、冰箱、超净工作台／无菌间、无菌吸管、离心管、酒精灯、试管架、培养瓶、培养皿、消化液、基础培养液、胎牛血清、Hanks 溶液、双抗试液、剪刀、摄子、小烧杯。
2. 操作步骤
（1） 在无菌条件下，取待培养的组织适量，置入小烧杯中， 以适量Hanks 溶液清洗2~3 次，去掉组织块表面的血污。
（2）用眼科剪将组织块反复剪成0.5~ 1mm3的小块。
（3）再用Hanks 溶液反复漂洗， 直至液体不混浊为止。等组织块下沉，将烧杯倾斜，用小吸管尽量吸除Hanks 溶液。
（4）用含20%灭活血清及双抗溶液(200U/ml 青霉素、200μg/ml 链霉素）的培养液再清洗，用吸管吸干后加入5ml 含20％血清的培养液。
（5）用弯头吸管吸取组织小块，均匀地置于培养皿内表面，吸去多余的培养液，各组织小块之间相距0.5cm 为宜。盖好培养皿盖，做好标记， 置37°C 的CO2培养箱内。
（6） 2~4h 后，于超净工作台中，缓缓地向培养皿中加入上述含20％血清及双抗溶液( 100U/ml 青霉素及100μg/ml 链霉素）的培养液少量，以使组织块浸没在培养液中。
（7）轻轻地将培养皿及组织块移至CO2 培养箱， 如无特殊情况，不必观察。1~2 周后，可观察到细胞从组织块边缘长出，形成生长晕。
（9） 一般说来，若培养液无明显改变， 1 周换液1 次即可。待细胞长满整个培养皿内表面，即可进行传代培养。
3. 需要说明及注意的问题
（1） 如果是用培养瓶而不是培养皿，则接种组织块千培养瓶底壁后， 要轻轻地翻转培养瓶，令瓶底在上，盖好瓶盖后轻轻置入37°C 的CO2 培养箱， 2~4h 后，取出培养瓶，在超净工作台内打开瓶盖，仍令组织块在上方。在组织块对面瓶壁加入适量上述培养液。然后，轻轻翻转培养瓶，让组织块浸没于培养液中。盖好瓶盖后放回二氧化碳孵箱，继续培养。
（2） 从培养皿表面游离下来的组织块，弃去即可。
（3） 如果使用玻璃培养瓶，而不是新的塑料培养瓶，则最好在玻璃底表面包被大鼠鼠尾胶原，这样不但有利于组织块的黏附，而且可使细胞生长得更好。
（4）本方法适于各种组织的培养，操作者还可根据自己的实验需要和细胞种类加以修改。
（二）消化培养法
它与上述组织块培养法的主要区别有2 点。一要用酶制剂（最常用的是胰蛋白酶）处理组织块，除去细胞间质，使细胞相互分离，形成细胞悬液；二细胞生长方式多为单层( monolayer ) 。本方法的优点在于单层细胞更易摄取营养、排出代谢产物，因此生长较快，可较快地应用于实验研究；缺点是步骤颇为繁琐，操作不慎易污染。此外，消化处理要恰到好处，不然对细胞会有一定的损伤作用。
1. 操作程序
（1） 在无菌条件下， 取待培养的组织1cm3左右，置入平皿或烧杯中，以适量Hanks 溶液消洗3 次，去掉组织块表面的血污及结缔组织。
（2）以锋利的眼科剪将组织块反复剪碎，得到约0.5mm x 1mm 大小的小块。
（3）以Hanks 溶液冲洗数遍，稍候组织块下沉，吸除Hanks 溶液。
（4）用少量Hanks 溶液，将组织小块吸入预先置有无菌的磁力搅拌子的锥形烧杯中，再加入15~30ml 上述胰蛋白酶消化液。
（5）将锥形烧杯用橡皮塞盖紧，外封以锡箔。然后移至预先置入37°C 培养箱内的电磁搅拌器上。
（6）打开搅拌器的电源开关，使搅拌子旋转， 关好培养箱，让胰蛋白酶进行消化。
（7）在消化过程中，每隔一定时间吸取消化物滴于载片上，于光学显微镜下观察，检查细胞是否分散成单个。若大部分细胞已分散，立即加入适量Hanks 溶液，终止消化。通常需消化10~20min 。
（8）先以100μm 不锈钢筛过滤，滤去未消化的组织块或大细胞团（如获得的细胞量少，这些组织块可继续进行消化，以便取得较多细胞）。继以20μ 不锈钢筛过滤。
（9）将取得的滤液进行低速（每分钟500~ 1000 转）离心5min，吸除上清液。并用Hanks 溶液离心清洗1~2 次，最后加入含血清的培养液，搅匀，制成细胞悬液。
（10）用计数板计数，确定细胞悬液浓度，通常以1×105~3×105个接种于培养瓶或培养皿中。
2. 需要说明及注意的问题
（1） 用何种酶进行消化可视所培养细胞而定，除胰蛋白酶外，常用1 型胶原酶消化睾丸支持细胞、血管平滑肌细胞和内皮细胞；用II 型胶原酶消化大鼠腺垂体细胞等。
（2）如果没有不锈钢筛， 可用4 层纱布代替，但纱布要预先经高温高压灭菌。
（3） 严格地说，原代培养是指未经传代的细胞，但在实际工作中，人们常将10 代以内的细胞用作原代培养细胞，因为此时的细胞基本上保持着原有的生物学特性。
（4） 从原代培养的操作步骤不难看出，原代细胞中含有多种细胞成分，即它们是异质型( heterogeneity) 的群体，因此在设计实验及分析结果时，切勿忘记这一因素。
原代培养即直接从有机体取下细胞、组织或器官，让它们在体外维持与生长。原代培养的特点是细胞或组织刚离开机体，它们的生物性状尚未发生很大的改变，在一定程度上可反映它们在体内的状态，表现出来源组织或细胞的特性， 因此用于药物实验，尤其是药物对细胞活动、结构、代谢、有无毒性或杀伤作用等，是极好的工具。
那么，原代细胞是如何培养的呢？
常用的原代培养法有组织块培养法和消化培养法。
（一）组织块培养法
许多实验室喜欢用组织块培养法进行原代培养，因为方法简单，细胞也较容易生长。尤其是培养心肌，有时还可观察到心肌组织块搏动。细胞从组织块边缘向外长出并铺满培养皿或培养瓶后， 即可进行传代。
1. 设备材料
培养箱、冰箱、超净工作台／无菌间、无菌吸管、离心管、酒精灯、试管架、培养瓶、培养皿、消化液、基础培养液、胎牛血清、Hanks 溶液、双抗试液、剪刀、摄子、小烧杯。
2. 操作步骤
（1） 在无菌条件下，取待培养的组织适量，置入小烧杯中， 以适量Hanks 溶液清洗2~3 次，去掉组织块表面的血污。
（2）用眼科剪将组织块反复剪成0.5~ 1mm3的小块。
（3）再用Hanks 溶液反复漂洗， 直至液体不混浊为止。等组织块下沉，将烧杯倾斜，用小吸管尽量吸除Hanks 溶液。
（4）用含20%灭活血清及双抗溶液(200U/ml 青霉素、200μg/ml 链霉素）的培养液再清洗，用吸管吸干后加入5ml 含20％血清的培养液。
（5）用弯头吸管吸取组织小块，均匀地置于培养皿内表面，吸去多余的培养液，各组织小块之间相距0.5cm 为宜。盖好培养皿盖，做好标记， 置37°C 的CO2培养箱内。
（6） 2~4h 后，于超净工作台中，缓缓地向培养皿中加入上述含20％血清及双抗溶液( 100U/ml 青霉素及100μg/ml 链霉素）的培养液少量，以使组织块浸没在培养液中。
（7）轻轻地将培养皿及组织块移至CO2 培养箱， 如无特殊情况，不必观察。1~2 周后，可观察到细胞从组织块边缘长出，形成生长晕。
（9） 一般说来，若培养液无明显改变， 1 周换液1 次即可。待细胞长满整个培养皿内表面，即可进行传代培养。
3. 需要说明及注意的问题
（1） 如果是用培养瓶而不是培养皿，则接种组织块千培养瓶底壁后， 要轻轻地翻转培养瓶，令瓶底在上，盖好瓶盖后轻轻置入37°C 的CO2 培养箱， 2~4h 后，取出培养瓶，在超净工作台内打开瓶盖，仍令组织块在上方。在组织块对面瓶壁加入适量上述培养液。然后，轻轻翻转培养瓶，让组织块浸没于培养液中。盖好瓶盖后放回二氧化碳孵箱，继续培养。
（2） 从培养皿表面游离下来的组织块，弃去即可。
（3） 如果使用玻璃培养瓶，而不是新的塑料培养瓶，则最好在玻璃底表面包被大鼠鼠尾胶原，这样不但有利于组织块的黏附，而且可使细胞生长得更好。
（4）本方法适于各种组织的培养，操作者还可根据自己的实验需要和细胞种类加以修改。
（二）消化培养法
它与上述组织块培养法的主要区别有2 点。一要用酶制剂（最常用的是胰蛋白酶）处理组织块，除去细胞间质，使细胞相互分离，形成细胞悬液；二细胞生长方式多为单层( monolayer ) 。本方法的优点在于单层细胞更易摄取营养、排出代谢产物，因此生长较快，可较快地应用于实验研究；缺点是步骤颇为繁琐，操作不慎易污染。此外，消化处理要恰到好处，不然对细胞会有一定的损伤作用。
1. 操作程序
（1） 在无菌条件下， 取待培养的组织1cm3左右，置入平皿或烧杯中，以适量Hanks 溶液消洗3 次，去掉组织块表面的血污及结缔组织。
（2）以锋利的眼科剪将组织块反复剪碎，得到约0.5mm x 1mm 大小的小块。
（3）以Hanks 溶液冲洗数遍，稍候组织块下沉，吸除Hanks 溶液。
（4）用少量Hanks 溶液，将组织小块吸入预先置有无菌的磁力搅拌子的锥形烧杯中，再加入15~30ml 上述胰蛋白酶消化液。
（5）将锥形烧杯用橡皮塞盖紧，外封以锡箔。然后移至预先置入37°C 培养箱内的电磁搅拌器上。
（6）打开搅拌器的电源开关，使搅拌子旋转， 关好培养箱，让胰蛋白酶进行消化。
（7）在消化过程中，每隔一定时间吸取消化物滴于载片上，于光学显微镜下观察，检查细胞是否分散成单个。若大部分细胞已分散，立即加入适量Hanks 溶液，终止消化。通常需消化10~20min 。
（8）先以100μm 不锈钢筛过滤，滤去未消化的组织块或大细胞团（如获得的细胞量少，这些组织块可继续进行消化，以便取得较多细胞）。继以20μ 不锈钢筛过滤。
（9）将取得的滤液进行低速（每分钟500~ 1000 转）离心5min，吸除上清液。并用Hanks 溶液离心清洗1~2 次，最后加入含血清的培养液，搅匀，制成细胞悬液。
（10）用计数板计数，确定细胞悬液浓度，通常以1×105~3×105个接种于培养瓶或培养皿中。
2. 需要说明及注意的问题
（1） 用何种酶进行消化可视所培养细胞而定，除胰蛋白酶外，常用1 型胶原酶消化睾丸支持细胞、血管平滑肌细胞和内皮细胞；用II 型胶原酶消化大鼠腺垂体细胞等。
（2）如果没有不锈钢筛， 可用4 层纱布代替，但纱布要预先经高温高压灭菌。
（3） 严格地说，原代培养是指未经传代的细胞，但在实际工作中，人们常将10 代以内的细胞用作原代培养细胞，因为此时的细胞基本上保持着原有的生物学特性。
（4） 从原代培养的操作步骤不难看出，原代细胞中含有多种细胞成分，即它们是异质型( heterogeneity) 的群体，因此在设计实验及分析结果时，切勿忘记这一因素。
胶袋膜检测传统“堆肥”为什么一定要“60天”？
为什么要60天？一般有机肥堆肥发酵15-20天的产品只能达到无害化标准。而优质的有机肥料堆肥发酵过程一般需要45-60天的时间。堆肥是在一定条件下通过微生物的作用，使有机物不断被降解和稳定，并产出一种适宜于土地利用的产品的过程。任何一种合格优质的有机肥料生产都必须经过堆肥发酵过程。
堆肥前期的升温阶段以及高温阶段会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物，但此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖质化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物，这个过程需要45-60天。经此过程的堆肥可以达到三个目的，一是无害化；二是腐殖质化；三是大量微生物代谢产物如各种抗生素、蛋白类物质等。
堆肥为什么产生这样的效果呢？
堆肥过程中有机质的转化：
堆肥中的有机质在微生物作用下进行复杂的转化，这种转化可归纳为两个过程：一个是有机质的矿质化过程，即把复杂的有机质分解成为简单的物质，最后生成二氧化碳、水和矿质养分等；另一个是有机质的腐殖化过程，即有机质经分解再合成，生成更复杂的特殊有机质-腐殖质。两个过程是同时进行的，但方向相反，在不同条件下，各自进行的强度有明显的差别。
1、有机质的矿化作用
⑴不含氮有机物的分解
多糖化合物（淀粉、纤维素、半纤维素）首先在微生物分泌的水解酶的作用下，水解成单糖。葡萄糖在通气良好的条件下分解迅速，酒精、醋酸、草酸等中间产物不易积累，最终形成CO2和H2O，同时放出大量热能。如果通气不良，在嫌气微生物作用下，单糖分解缓慢，产生热量少，并积累一些中间产物-有机酸。在极嫌气微生物条件下，还会生成CH4、H2等还原态物质。
⑵含氮有机物的分解
堆肥中的含氮有机物包括蛋白质、氨基酸、生物碱、腐殖质等。除腐殖质外，大部分容易被分解。例如蛋白质，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐级降解，产生各种氨基酸，再经氨化作用、硝化作用而分别形成铵盐、硝酸盐，可以被植物吸收利用。
⑶含磷有机物的转化
堆肥中的含磷有机化合物，在多种腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成为植物能够吸收利用的养分。
⑷含硫有机物的转化
堆肥中含硫有机物，经微生物的作用生成硫化氢。硫化氢在嫌气环境中易积累，对植物和微生物会发生毒害。但在通气良好的条件下，硫化氢在硫细菌的作用下氧化成硫酸，并和堆肥中的盐基作用形成硫酸盐，不仅消除了硫化氢的毒害，并成为植物能吸收的硫素养料。在通气不良的情况下，发生反硫化作用，使硫酸转变为H2S散失，并对植物产生毒害。堆肥发酵过程中，可以通过定时翻倒措施改善堆肥的通气性，就能消除反硫化作用。
⑸脂类及芳香类有机物的转化
单宁、树脂等结构复杂，分解较慢，其最终产物也是CO2和水；木质素是含植物性原料（如树皮、木屑等）堆肥中特别稳定的有机化合物，它结构复杂，含芳香核，并以多聚形式存在于植物组织中，极难分解。在通气良好的条件下，主要通过真菌、放线菌的作用，缓慢地进行分解，其芳香核可变为醌型化合物，它是再合成腐殖质的原料之一。当然，这些物质在一定条件下，还会继续被分解的。
综上所述，堆肥有机质的矿质化，可为作物和微生物提供速效养分，为微生物活动提供能源，并为堆肥有机质的腐殖化准备基本原料。堆肥以好气性微生物活动为主时，有机质迅速矿化生成较多的二氧化碳、水及其它养分物质，分解速度快而彻底，并放出大量热能；以嫌气性微生物活动为主时，有机质的分解速度慢，且往往不彻底，释放热能少，其分解产物除植物养分外，尚易积累有机酸及CH4、H2S、PH3、H2等还原性物质，当其达到一定程度时，则对作物生长不利甚至有害。因此堆肥发酵期间的翻倒也是为了转换微生物活动类型，以消除有害物质。
2、有机质的腐殖化过程
关于腐殖质的形成过程概括起来大体可分为两个阶段：
第一阶段，有机残体分解形成组成腐殖质分子的原始材料，如多元酚、含氮有机物（氨基酸、肽等）等；
第二阶段，先由微生物分泌的多酚氧化酶将多酚氧化成醌，然后醌与氨基酸或肽缩合而成腐殖质单体。由于酚、醌、氨基酸种类很多，相互缩合的方式也不尽相同，因而形成的腐殖质单体也就多种多样。在不同条件下，这些单体又进一步缩合形成大小不等的分子。
堆肥发酵工艺
堆肥实际就是废弃物稳定化的一种形式，但它需要特殊的湿度、通气条件和微生物以产生适宜的温度。一般认为这个温度要高于45℃，保持这种高温可以使病原菌失活，并杀死杂草种子。在合理堆肥后残留的有机物分解率较低、相对稳定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。
堆肥过程有许多不同种类的微生物参与。由于原料和条件的变化，各种微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有任何微生物始终占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃。
堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废弃物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程，厌氧分解最后的代谢产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。
参与堆肥过程的主要微生物种类是细菌、真菌以及放线菌。这3种微生物都有中温菌和高温菌。
堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，细菌逐渐减少，放线菌逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显著减少。
有机堆肥的发酵过程简单可分为以下4各阶段：
1、发热阶段
堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，最常见的是芽孢杆菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质（如简单糖类、淀粉、蛋白质等），产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。
2、高温阶段
随着温度的提高，好热性的微生物逐渐取代中温性的种类而起主导作用，温度持续上升，一般在几天之内即达50℃以上，进入高温阶段。
在高温阶段，好热放线菌和好热真菌成为主要种类。它们对堆肥中复杂的有机物质（如纤维素、半纤维素、果胶物质等）进行强烈分解，热量积累，堆肥温度上升至60-70℃，甚至可高达80℃。随即大多数好热性微生物也大量死亡或进入休眠状态（20天以上），这对加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不当的堆肥，只有很短的高温期，或者根本达不到高温，因而腐熟很慢，在半年或者更长时期内还达不到半腐熟状态。
3、降温阶段
当高温阶段持续一定时间后，纤维素、半纤维素、果胶物质大部分已被分解，剩下很难分解的复杂成分（如木质素）和新形成的腐殖质，微生物的活动减弱，温度逐渐下降。当温度下降到40℃以下时，中温性微生物又成为优势种类。
如果降温阶段来的早，表明堆制条件不够理想，植物性物质分解不充分。这时可以翻堆，将堆积材料拌匀，使之产生第二次发热、升温，以促进堆肥的腐熟。
4、腐熟保肥阶段
堆肥腐熟后，体积缩小，堆温下降至稍高于气温，这时应将堆肥压紧，造成厌气状态，使有机质矿化作用减弱，以利于保肥。
简而言之，有机堆肥的发酵过程实际上就是各种微生物新陈代谢、繁殖的过程。微生物的新陈代谢过程即有机物分解的过程。有机物分解必然会产生能量，这些能量推动了堆肥化进程，使温度升高，同时还可干燥湿基质。高温为什么能灭火病原体？
许多堆肥用的基质携带人类、动植物的病原体，以及杂草种子。在堆肥过程中，通过短时间的持续升温，可以有效地控制这些生物的生长。因此，高温堆肥的一个主要优势就是能够使动植物病原体以及杂草种子失活。
病原体以及杂草种子失活是由于其细胞死亡，而细胞的死亡很大程度上基于酶的热失活。在适宜的温度下，酶的失活是可逆的，但在高温下是不可逆的。在一个很小的温度范围内酶的活性部分将迅速降低。如没有酶的作用，细胞就会失去功能，然后死亡。只有少数几种酶能够经受住长时间的高温。因此，微生物对热失活非常敏感。
研究表明，在一定温度下加热一段时间可以破坏病原体。通常在60-70℃（湿热）的温度下，加热5-10min。可以破坏非芽孢杆菌和芽孢杆菌的非休眠体的活性。利用加热灭菌，在70℃条件下加热30min可以消灭污泥中的病原体。但在较低温度下（50-60℃），一些病原菌的灭活则可长达60天。因此堆肥过程中保持60℃以上温度一段时间是必须的。
堆肥制作过程中，必要时应进行翻堆。一般在堆温越过高峰开始降温时进行，翻堆可以使内层外层分解温度不同的物质重新混合均匀。如湿度不足可补加一些水，促进堆肥均匀腐熟。
堆肥过程中的各种生物、微生物的死亡、更替及物质形态转化都是同时进行的，上述分块介绍是从不同角度对堆肥发酵原理进行了简单介绍，无论是从热力学、生物学还是物质转化角度，这些反应都不是几天或十几天这么短时间能够完成的，这也是为什么即使各种温度、湿度、水分、微生物等条件都控制的很好的前提下，堆肥仍要经历45-60天时间的原因。
为什么要60天？一般有机肥堆肥发酵15-20天的产品只能达到无害化标准。而优质的有机肥料堆肥发酵过程一般需要45-60天的时间。堆肥是在一定条件下通过微生物的作用，使有机物不断被降解和稳定，并产出一种适宜于土地利用的产品的过程。任何一种合格优质的有机肥料生产都必须经过堆肥发酵过程。
堆肥前期的升温阶段以及高温阶段会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物，但此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖质化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物，这个过程需要45-60天。经此过程的堆肥可以达到三个目的，一是无害化；二是腐殖质化；三是大量微生物代谢产物如各种抗生素、蛋白类物质等。
堆肥为什么产生这样的效果呢？
堆肥过程中有机质的转化：
堆肥中的有机质在微生物作用下进行复杂的转化，这种转化可归纳为两个过程：一个是有机质的矿质化过程，即把复杂的有机质分解成为简单的物质，最后生成二氧化碳、水和矿质养分等；另一个是有机质的腐殖化过程，即有机质经分解再合成，生成更复杂的特殊有机质-腐殖质。两个过程是同时进行的，但方向相反，在不同条件下，各自进行的强度有明显的差别。
1、有机质的矿化作用
⑴不含氮有机物的分解
多糖化合物（淀粉、纤维素、半纤维素）首先在微生物分泌的水解酶的作用下，水解成单糖。葡萄糖在通气良好的条件下分解迅速，酒精、醋酸、草酸等中间产物不易积累，最终形成CO2和H2O，同时放出大量热能。如果通气不良，在嫌气微生物作用下，单糖分解缓慢，产生热量少，并积累一些中间产物-有机酸。在极嫌气微生物条件下，还会生成CH4、H2等还原态物质。
⑵含氮有机物的分解
堆肥中的含氮有机物包括蛋白质、氨基酸、生物碱、腐殖质等。除腐殖质外，大部分容易被分解。例如蛋白质，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐级降解，产生各种氨基酸，再经氨化作用、硝化作用而分别形成铵盐、硝酸盐，可以被植物吸收利用。
⑶含磷有机物的转化
堆肥中的含磷有机化合物，在多种腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成为植物能够吸收利用的养分。
⑷含硫有机物的转化
堆肥中含硫有机物，经微生物的作用生成硫化氢。硫化氢在嫌气环境中易积累，对植物和微生物会发生毒害。但在通气良好的条件下，硫化氢在硫细菌的作用下氧化成硫酸，并和堆肥中的盐基作用形成硫酸盐，不仅消除了硫化氢的毒害，并成为植物能吸收的硫素养料。在通气不良的情况下，发生反硫化作用，使硫酸转变为H2S散失，并对植物产生毒害。堆肥发酵过程中，可以通过定时翻倒措施改善堆肥的通气性，就能消除反硫化作用。
⑸脂类及芳香类有机物的转化
单宁、树脂等结构复杂，分解较慢，其最终产物也是CO2和水；木质素是含植物性原料（如树皮、木屑等）堆肥中特别稳定的有机化合物，它结构复杂，含芳香核，并以多聚形式存在于植物组织中，极难分解。在通气良好的条件下，主要通过真菌、放线菌的作用，缓慢地进行分解，其芳香核可变为醌型化合物，它是再合成腐殖质的原料之一。当然，这些物质在一定条件下，还会继续被分解的。
综上所述，堆肥有机质的矿质化，可为作物和微生物提供速效养分，为微生物活动提供能源，并为堆肥有机质的腐殖化准备基本原料。堆肥以好气性微生物活动为主时，有机质迅速矿化生成较多的二氧化碳、水及其它养分物质，分解速度快而彻底，并放出大量热能；以嫌气性微生物活动为主时，有机质的分解速度慢，且往往不彻底，释放热能少，其分解产物除植物养分外，尚易积累有机酸及CH4、H2S、PH3、H2等还原性物质，当其达到一定程度时，则对作物生长不利甚至有害。因此堆肥发酵期间的翻倒也是为了转换微生物活动类型，以消除有害物质。
2、有机质的腐殖化过程
关于腐殖质的形成过程概括起来大体可分为两个阶段：
第一阶段，有机残体分解形成组成腐殖质分子的原始材料，如多元酚、含氮有机物（氨基酸、肽等）等；
第二阶段，先由微生物分泌的多酚氧化酶将多酚氧化成醌，然后醌与氨基酸或肽缩合而成腐殖质单体。由于酚、醌、氨基酸种类很多，相互缩合的方式也不尽相同，因而形成的腐殖质单体也就多种多样。在不同条件下，这些单体又进一步缩合形成大小不等的分子。
堆肥发酵工艺
堆肥实际就是废弃物稳定化的一种形式，但它需要特殊的湿度、通气条件和微生物以产生适宜的温度。一般认为这个温度要高于45℃，保持这种高温可以使病原菌失活，并杀死杂草种子。在合理堆肥后残留的有机物分解率较低、相对稳定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。
堆肥过程有许多不同种类的微生物参与。由于原料和条件的变化，各种微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有任何微生物始终占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃。
堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废弃物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程，厌氧分解最后的代谢产物是甲烷、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。
参与堆肥过程的主要微生物种类是细菌、真菌以及放线菌。这3种微生物都有中温菌和高温菌。
堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，细菌逐渐减少，放线菌逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显著减少。
有机堆肥的发酵过程简单可分为以下4各阶段：
1、发热阶段
堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，最常见的是芽孢杆菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质（如简单糖类、淀粉、蛋白质等），产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。
2、高温阶段
随着温度的提高，好热性的微生物逐渐取代中温性的种类而起主导作用，温度持续上升，一般在几天之内即达50℃以上，进入高温阶段。
在高温阶段，好热放线菌和好热真菌成为主要种类。它们对堆肥中复杂的有机物质（如纤维素、半纤维素、果胶物质等）进行强烈分解，热量积累，堆肥温度上升至60-70℃，甚至可高达80℃。随即大多数好热性微生物也大量死亡或进入休眠状态（20天以上），这对加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不当的堆肥，只有很短的高温期，或者根本达不到高温，因而腐熟很慢，在半年或者更长时期内还达不到半腐熟状态。
3、降温阶段
当高温阶段持续一定时间后，纤维素、半纤维素、果胶物质大部分已被分解，剩下很难分解的复杂成分（如木质素）和新形成的腐殖质，微生物的活动减弱，温度逐渐下降。当温度下降到40℃以下时，中温性微生物又成为优势种类。
如果降温阶段来的早，表明堆制条件不够理想，植物性物质分解不充分。这时可以翻堆，将堆积材料拌匀，使之产生第二次发热、升温，以促进堆肥的腐熟。
4、腐熟保肥阶段
堆肥腐熟后，体积缩小，堆温下降至稍高于气温，这时应将堆肥压紧，造成厌气状态，使有机质矿化作用减弱，以利于保肥。
简而言之，有机堆肥的发酵过程实际上就是各种微生物新陈代谢、繁殖的过程。微生物的新陈代谢过程即有机物分解的过程。有机物分解必然会产生能量，这些能量推动了堆肥化进程，使温度升高，同时还可干燥湿基质。高温为什么能灭火病原体？
许多堆肥用的基质携带人类、动植物的病原体，以及杂草种子。在堆肥过程中，通过短时间的持续升温，可以有效地控制这些生物的生长。因此，高温堆肥的一个主要优势就是能够使动植物病原体以及杂草种子失活。
病原体以及杂草种子失活是由于其细胞死亡，而细胞的死亡很大程度上基于酶的热失活。在适宜的温度下，酶的失活是可逆的，但在高温下是不可逆的。在一个很小的温度范围内酶的活性部分将迅速降低。如没有酶的作用，细胞就会失去功能，然后死亡。只有少数几种酶能够经受住长时间的高温。因此，微生物对热失活非常敏感。
研究表明，在一定温度下加热一段时间可以破坏病原体。通常在60-70℃（湿热）的温度下，加热5-10min。可以破坏非芽孢杆菌和芽孢杆菌的非休眠体的活性。利用加热灭菌，在70℃条件下加热30min可以消灭污泥中的病原体。但在较低温度下（50-60℃），一些病原菌的灭活则可长达60天。因此堆肥过程中保持60℃以上温度一段时间是必须的。
堆肥制作过程中，必要时应进行翻堆。一般在堆温越过高峰开始降温时进行，翻堆可以使内层外层分解温度不同的物质重新混合均匀。如湿度不足可补加一些水，促进堆肥均匀腐熟。
堆肥过程中的各种生物、微生物的死亡、更替及物质形态转化都是同时进行的，上述分块介绍是从不同角度对堆肥发酵原理进行了简单介绍，无论是从热力学、生物学还是物质转化角度，这些反应都不是几天或十几天这么短时间能够完成的，这也是为什么即使各种温度、湿度、水分、微生物等条件都控制的很好的前提下，堆肥仍要经历45-60天时间的原因。
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