颜宁回应了网传被Alphafold降维打击失业被迫海归的说法，探讨了AlphaFold与结构生物学之间的关系。
颜宁说，AlphaFold属于蛋白质预测模型，专注于折叠，但对结构生物学来说，在折叠之外，有三大理解问题，AI无能为力。
1、理解蛋白质的动态变化。（Anton3电脑的分子模拟致力于模拟这种时域变化，但是做大的蛋白应该困难重重，而且很慢。relay对此有制药方面应用，这些应用的insight似乎还停留在比较直觉的地步，临床证据也不够强。）
2、理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用。
3、理解在细胞原位里的状态。（这个我没有懂是什么意思。）
目前上述领域缺乏足够数据对AI进行训练，因此模型无法对其提供正确预测。
一个典型的例子，就是去年颜宁团队发表了Cav2.2结构的成果。这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道，与人体痛觉传导有关。解析其结构有助于了解通道调控机理，也为相关止痛药设计研发提供思路。
因为发表晚了一步，没有放到数据库给到AlphaFold训练。于是经由它预测出来的结构，就与实验结果严重不符。
最后，颜宁表示：“真正的研究者都乐于拥抱技术进步，善用各种技术去探寻、解答自己感兴趣的问题。事实上，我期待AI越来越强大，如果它真的可以强大到把我上述提的三个理解都实现，那我们真可以正儿八经从化学角度研究生命起源了。”$谷歌C(GOOG)$ $Schrodinger(SDGR)$ $Relay Therapeutics(RLAY)$
颜宁说，AlphaFold属于蛋白质预测模型，专注于折叠，但对结构生物学来说，在折叠之外，有三大理解问题，AI无能为力。
1、理解蛋白质的动态变化。（Anton3电脑的分子模拟致力于模拟这种时域变化，但是做大的蛋白应该困难重重，而且很慢。relay对此有制药方面应用，这些应用的insight似乎还停留在比较直觉的地步，临床证据也不够强。）
2、理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用。
3、理解在细胞原位里的状态。（这个我没有懂是什么意思。）
目前上述领域缺乏足够数据对AI进行训练，因此模型无法对其提供正确预测。
一个典型的例子，就是去年颜宁团队发表了Cav2.2结构的成果。这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道，与人体痛觉传导有关。解析其结构有助于了解通道调控机理，也为相关止痛药设计研发提供思路。
因为发表晚了一步，没有放到数据库给到AlphaFold训练。于是经由它预测出来的结构，就与实验结果严重不符。
最后，颜宁表示：“真正的研究者都乐于拥抱技术进步，善用各种技术去探寻、解答自己感兴趣的问题。事实上，我期待AI越来越强大，如果它真的可以强大到把我上述提的三个理解都实现，那我们真可以正儿八经从化学角度研究生命起源了。”$谷歌C(GOOG)$ $Schrodinger(SDGR)$ $Relay Therapeutics(RLAY)$
【科研进展】动物研究所王金勇研究组建立诱导人多能干细胞分化再生NK细胞新技术
2022年11月8日，中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室、北京干细胞与再生医学研究院王金勇研究团队在Cell Discovery在线发表了题为Lateral plate mesoderm cell-based organoid system for NK cell regeneration from human pluripotent stem cells的研究论文。该研究首次采用人类多能干细胞来源的高纯度侧板中胚层细胞和滋养细胞来组装类器官聚集体，利用气液交界面进行培养诱导，实现NK细胞（iNK）体外再生。与传统方法比较，这种诱导策略具有耗时短、产量高、成熟度高、无需二次扩增、成本低等特点。针对多种肿瘤类型的杀伤试验证实iNK细胞具有广谱、高效的抗肿瘤活性。本研究提供了一种可规模化制备人类多能干细胞来源再生型iNK细胞的新方法。
NK细胞可以直接广谱杀伤各种肿瘤细胞，毒副作用小，过继治疗不需要配型，是理想的现货式免疫细胞治疗药物。当前临床治疗用的NK细胞主要来源于脐带血和外周血等人体组织，这些天然来源的NK细胞异质性大，制备成本高昂、产量低、制备周期受人体组织可及性限制。人类多能干细胞诱导分化来源的NK细胞有望解决上述问题。传统采用的多能干细胞分化再生NK细胞的方法，需要经历拟胚体中间体阶段，需要借助扩增饲养细胞进一步大规模扩增，获得的iNK细胞活性差。王金勇研究组开发出了一种不依赖拟胚体，基于侧板中胚层为起始种子细胞的类器官聚集体组装方式，实现iNK细胞高效再生。在27天的诱导周期内，投入百万数量级别的多能干细胞，可输出超过十亿数量级别的iNK细胞。本研究诱导再生的iNK细胞高表达经典的细胞毒性颗粒（穿孔素和颗粒酶B），凋亡诱导相关配体（FasL和TRAIL）以及一系列NK细胞激活性和抑制性受体。在功能上，iNK细胞可通过直接毒杀、诱导靶细胞凋亡和抗体依赖的细胞介导的细胞毒性作用的方式杀伤人类肿瘤细胞。本研究为大规模生产现货式、通用型和再生型NK细胞药物提供了关键技术支撑，促进iNK细胞临床转化应用，惠及患者。基于该技术制备的iNK细胞，已经用于临床试验。
中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室博士后黄德浩、中国科学院广州生物医药与健康研究院博士生李剑焕、北京干细胞与再生医学研究院青年学者胡房晓、夏成祥博士，为该论文的共同第一作者，王金勇研究员为该论文的通讯作者。该研究得到国家重点研发计划、中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金杰出青年基金等项目的资助。该研究还得到中国科学院动物研究所实验动物中心、仪器中心、国家干细胞资源库等先进平台部门的大力支持。
原文链接：https://t.cn/A6oDBdBM
阅读原文：https://t.cn/A6oDBdBI
2022年11月8日，中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室、北京干细胞与再生医学研究院王金勇研究团队在Cell Discovery在线发表了题为Lateral plate mesoderm cell-based organoid system for NK cell regeneration from human pluripotent stem cells的研究论文。该研究首次采用人类多能干细胞来源的高纯度侧板中胚层细胞和滋养细胞来组装类器官聚集体，利用气液交界面进行培养诱导，实现NK细胞（iNK）体外再生。与传统方法比较，这种诱导策略具有耗时短、产量高、成熟度高、无需二次扩增、成本低等特点。针对多种肿瘤类型的杀伤试验证实iNK细胞具有广谱、高效的抗肿瘤活性。本研究提供了一种可规模化制备人类多能干细胞来源再生型iNK细胞的新方法。
NK细胞可以直接广谱杀伤各种肿瘤细胞，毒副作用小，过继治疗不需要配型，是理想的现货式免疫细胞治疗药物。当前临床治疗用的NK细胞主要来源于脐带血和外周血等人体组织，这些天然来源的NK细胞异质性大，制备成本高昂、产量低、制备周期受人体组织可及性限制。人类多能干细胞诱导分化来源的NK细胞有望解决上述问题。传统采用的多能干细胞分化再生NK细胞的方法，需要经历拟胚体中间体阶段，需要借助扩增饲养细胞进一步大规模扩增，获得的iNK细胞活性差。王金勇研究组开发出了一种不依赖拟胚体，基于侧板中胚层为起始种子细胞的类器官聚集体组装方式，实现iNK细胞高效再生。在27天的诱导周期内，投入百万数量级别的多能干细胞，可输出超过十亿数量级别的iNK细胞。本研究诱导再生的iNK细胞高表达经典的细胞毒性颗粒（穿孔素和颗粒酶B），凋亡诱导相关配体（FasL和TRAIL）以及一系列NK细胞激活性和抑制性受体。在功能上，iNK细胞可通过直接毒杀、诱导靶细胞凋亡和抗体依赖的细胞介导的细胞毒性作用的方式杀伤人类肿瘤细胞。本研究为大规模生产现货式、通用型和再生型NK细胞药物提供了关键技术支撑，促进iNK细胞临床转化应用，惠及患者。基于该技术制备的iNK细胞，已经用于临床试验。
中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室博士后黄德浩、中国科学院广州生物医药与健康研究院博士生李剑焕、北京干细胞与再生医学研究院青年学者胡房晓、夏成祥博士，为该论文的共同第一作者，王金勇研究员为该论文的通讯作者。该研究得到国家重点研发计划、中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金杰出青年基金等项目的资助。该研究还得到中国科学院动物研究所实验动物中心、仪器中心、国家干细胞资源库等先进平台部门的大力支持。
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