我一个中科院北京基因组所的本科同学在Emerging Microbes & Infections在线了一篇文章。报道了感染两种SARS-CoV-2突变株的新冠肺炎患者体内发生了不同突变株间的基因重组事件。由于多个变种同时在同一地点传播，使两种甚至多种SARS-CoV-2突变株共同感染成为可能，并可能通过病毒同源重组产生新的变种。

去年六月一架从南非约翰内斯堡飞往中国深圳的航班发生 COVID-19 疫情，机上 39 名乘客被感染。该研究在这些病例中鉴定了四种病毒谱系，包括两种 Delta 毒株（Delta-I 和 Delta-II）、一种 Beta 毒株和一种 C.1.2 毒株。

研究者们经过分析发现病例 49H 的宿主内变异（iSNV）数量最多，在病例 49H 中可以检测到 Delta-I 毒株和 Beta 毒株所具有的所有 65 个突变，表明在这种情况下存在共感染。

通过检查 Delta-I和 Beta 突变株之间不同的 60 个位置的突变等位基因频率来计算样品中这两种变体的比率。结果显示两种变异体之间的相对丰度比率在14天内保持在1：9（Beta：Delta）。值得注意的是，在 Orf1ab 和 Spike 基因中，另外13个突变位点的比率约为 1 比 1 或 1 比 3，这些突变位点聚集成 174-2692、5839 和 21801-22281 三个区域。研究者表示这些差异位置的分布不太可能是随机的。这表明，体内除了 Delta-I 单倍型和 Beta 单倍型之外还存在其他单倍型。

在文章的最后作者提出合并感染和重组的事件可能并不罕见，近期也有其他研究报道不同SARS-CoV-2变体之间存在的合并感染和重组事件，特别是考虑到在过去28天内（截至2022年1月11日）有数百种变体在人群中传播，并且有超过3000万例新感染。因此作者提出应持续实施非医疗干预措施，例如使用口罩和保持社交距离，并应单独隔离感染不同病毒变异的患者，以防止出现新的重组病毒。 #新型冠状病毒#

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