以五个半小时大银幕的欢乐时光来开启我的滨口龙介真的幸运又开心。电影很好很喜欢但短期应该不会轻易看第二遍了,头1/3觉得是在看中年版海街日记,后2/3导演毫不留情展示了一地鸡毛,即使有了建构再解构的充分预期,但当听到“有无数改过错误的机会,但你全部错过了”这种很女性的言语时还是忍不住感到共情和沉重……小纯回来了又怎样,拓也醒来就看到芙美又怎样,四人重聚再去旅行又能怎样呢,所有的一切都不同了……没觉得结尾有希望,我是觉得可能滨口龙介也不知道该给个怎样的结尾吧……

【小RNA是怎样切成的?研究揭示Dicer酶识别切割RNA机制】在包括人类在内的高等真核生物中,有一类长度约为19~30个碱基的小RNA,在调控基因表达、抗病毒以及维持基因组稳定性等一系列重要生理过程中起关键作用。

Dicer核酸内切酶是小RNA生物合成的核心分子,小RNA均为Dicer酶切割前体RNA而成。不同小RNA长度的区别主要依赖于不同Dicer酶的特异性切割。

南方科技大学教授杜嘉木联合深圳大学医学部副教授李思思、美国加利福尼亚大学Steven E. Jacobsen团队以植物DNA甲基化通路中的Dicer酶DCL3为研究对象,首次从整体层面解析了Dicer酶识别和切割RNA的作用机制。相关研究成果https://t.cn/A6Mp5sj8发表于10月15日《科学》。

Dicer:重要又神奇的酶

根据来源和功能不同,小RNA可以分为很多类,不同种类的小RNA具备自己特定的长度。如植物中负责转基因沉默的小RNA是21-nt(核苷酸),而负责调控DNA甲基化的小RNA则是24-nt。

杜嘉木告诉《中国科学报》:“这些区别产生的根源在于,小RNA的生成需要一类叫做Dicer的酶去切割前体RNA,而Dicer同时具备‘分子尺’和‘分子刀’的功能,可以测量产物RNA的长度并定点切割前体RNA。”

值得注意的是,不同的Dicer酶可以测量并产生不同长度的小RNA。因此,可以说Dicer是小RNA生物合成的核心分子,它直接确定了所产生小RNA的长度、链特异性以及RNA的末端选择性等关键特征。

Dicer的分子作用机制一直小RNA领域的研究热点,既往研究也获取了Dicer在各个状态下的结构。然而,Dicer是一个动态性非常强的酶。杜嘉木介绍,在催化过程中,Dicer可以和多种辅助因子结合,具备抓取前体RNA、将RNA放置到活性位点并开展定点切割等一系列动态过程。

虽然,既往研究抓到了很多Dicer的状态,但是一直没有观测到切割状态下的Dicer是如何从一侧抓取RNA的末端,并利用自身作为“分子尺”量取特定长度,随后在RNA另一侧定点切割。

杜嘉木指出,此前Dicer切割机制的研究已积累了很多生化数据,为本研究做了重要铺垫。如前期对DCL3的生化研究发现,DCL3作用机制需要其前体RNA的先导链5’端第一个碱基是磷酸化的A,互补链3’端需要有1-nt的末端突出,DLC3可以量取24-nt的小RNA等。

无心插柳:抓到Dicer活性状态

在植物中,DNA甲基化的从头建立需要一个植物特有的信号系统——RNA指导的DNA甲基化,这个系统中采用了长度为24-nt的小RNA作为信号来介导DNA甲基化。

“植物利用Dicer家族成员DCL3特异性生成24-nt的小RNA来介导DNA甲基化。”杜嘉木强调,虽然这个通路在动物体内并不存在,但是动植物在基于Dicer的小RNA生成方面的生化机制相同。

研究人员在研究植物DNA甲基化时,非常幸运地抓到了DCL3的活性状态。

“我们发现DCL3几乎没有结合因子,而其自身的酶活性非常高,非常适合作为模型系统来研究Dicer的测量和切割机制。”杜嘉木说。

为此,研究人员在反应体系中加了钙离子,利用钙离子模拟镁离子催化抑制切割的作用,使DCL3处于结合RNA的状态,又因离子不同无法继续切割,从而卡在切割前的活性状态。

“结果正如我们预测,实验中DCL3-RNA复合物非常幸运地恰好处在Dicer的活性切割状态,从而成功解析了DCL3识别和切割RNA的机制。”杜嘉木说。

杜嘉木表示,本研究在既往研究的基础上,首次从整体层面将这些元素全部整合在一起并在机制上予以解析。

“我们观测到DCL3需要将前体RNA的第一个碱基对打开,从而使前导链和互补链的5’磷酸和3’末端突出,分别插入到Dicer的两个相邻的结合口袋,产生特异性识别。”杜嘉木说。

李思思补充,基于RNA结构的生化性质测定发现,DCL3对5’起始的测量更加敏感,而对3’起始的测量具备较高的容错性。“为了证明这个推论,我们设计出不同的RNA并开展酶活实验,并证实了Dicer确实更依赖于5’起始测量RNA的机制,证实了基于结构的推论。”

在切割层面,该研究还首次观测到了RNA处在Dicer的活性中心的构象,观测到了活性状态Dicer扭曲RNA,并对RNA的前导链和互补链相差2-nt同时切割的状态,解释了体内DCL3产物总是一条24-nt、另一条23-nt的原因。

“因为DCL3下游的AGO4蛋白只识别24-nt的RNA,因此该结果也解释了前期观测到的,RNA指导的DNA甲基化中小RNA的不对称性产生现象。”杜嘉木说。

人造Dicer或许“触手可及”

Dicer酶的作用机制是小RNA合成的核心。该研究在解析植物DCL3作用机制的过程中,也大量借鉴了动物Dicer研究的成果,从另一个侧面展示出Dicer家族酶在机制层面具有相当强的保守性。

李思思向《中国科学报》表示,小RNA是未来潜在的疾病治疗手段,很多基于小RNA的治疗策略正在研发中。

“人的Dicer与很多疾病相关,也是目前基于RNA干扰疗法的核心。”杜嘉木表示,本研究不仅解析了植物DCL3特异性产生24-nt小RNA的机制,也在很大程度上对动物Dicer、特别是人Dicer的作用机制有很大的提示作用,这对未来RNA干扰疗法的发展及设计都有非常重要的意义。

目前,对Dicer-RNA互作机制的应用都是基于天然Dicer而设计的。李思思认为,如何避免内源性Dicer的作用是关键问题。

基于该研究所揭示的Dicer-RNA互作机制,使得人为改造设计人工Dicer-RNA成为可能。“这样,就可以在不影响体内Dicer正常工作的情况下,选择性切割特定RNA,这为未来Dicer的应用研究提供了一个新窗口和新思路。”李思思说。

杜嘉木介绍,下一步,课题组将继续设计不同的RNA,力求获取DCL3抓到RNA以及将RNA放到活性位点前的状态,完整的解析Dicer的作用机制。https://t.cn/A6Mp5sjH

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