【更高效、广适、精准基因编辑2.0升级版赋予更强个性化修改能力】中国科学报:近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所(以下简称遗传发育所)高彩霞研究组与合作者,在植物中成功建立了一种更高效、广适的新型基因组引导编辑系统——增强型植物引导编辑器(ePPE),有助进一步提高基因组编辑技术在内源基因上进行精准编辑的效率。研究人员还利用该系统创制了抗除草剂的水稻新材料。相关结果3月24日在线发表于《自然—生物技术》。

“这项工作论证充分且十分有趣。”一位审稿人写道,“引导编辑提供了对基因组进行定制化更改的能力,克服了碱基编辑器有限的替代能力。作者描述的引导编辑器可在植物基因组上将引导编辑效率提高数倍。”

“2.0时代”的引导编辑

在农业领域,基因组编辑技术可以更方便、快捷、精准地进行作物育种和改良。通过基因组编辑可以不添加任何外源性的基因,实现对基因组自身序列的修改,大大节省了时间和工作量。

事实上,基因组编辑技术从2012年诞生至今,经过10年的发展已经不仅仅是“一把剪刀”的概念。论文通讯作者、遗传发育所研究员高彩霞在接受《中国科学报》采访时介绍,进化至“2.0时代”的碱基编辑和引导编辑还可以是一块“橡皮”或一支“铅笔”。

“如果一个序列有点多,你可以把它剪掉;如果组成DNA的四个字母ATCG有一个错了,你可以像用一个‘橡皮擦’把它擦掉,然后用‘铅笔’写入正确字母,而‘铅笔’、‘橡皮擦’是不留在细胞里的。”她比喻说。

更具体地说,引导编辑系统(PE)是一种能够在基因组的靶位点处实现任意碱基替换和小片段精准删除、插入的新型基因组编辑工具,也是基因组编辑领域的重大变革。

2020年,高彩霞团队率先在水稻和小麦中成功建立并优化了适用于植物的引导编辑器(PPE),开发了植物引导编辑向导RNA(pegRNA)设计网站——PlantPegDesigner,极大提高了引导编辑效率并简化了植物pegRNA的设计流程。他们还通过全基因组重测序发现PPE系统在全基因组水平上具有很高的特异性。这些研究为引导编辑系统在植物领域的应用奠定了良好的基础。

尽管如此,引导编辑系统目前在植物中的编辑效率仍不够高,且有很大的靶点依赖性。“也就是说在一些内源靶位点上,现有的引导编辑系统效率仍然很低,尤其是针对一些较长片段的删除、插入这种复杂的编辑类型。”论文第一作者、高彩霞课题组博士生刘怡静向《中国科学报》解释。

这些短板严重限制了引导编辑在植物中的广泛应用。因此,如何优化引导编辑系统突破现有的限制,提升引导编辑技术的高效性、广适性是一个研究重点。

寻找更高效“突破点”

万事开头难。如何去优化引导编辑系统,实现更高效、广适的编辑呢?这是合作团队一直思考的问题。为此,他们先后构思尝试了多种不同策略,最终通过对蛋白的理性设计获得了能够稳定提高效率的ePPE的版本。

不同于大多数已报道的通过优化pegRNA提高引导编辑效率的思路,新型引导编辑系统ePPE侧重于对引导编辑系统的蛋白组分进行改造。通过对不同策略构建的多种引导编辑系统进行筛选,研究人员发现删除引导编辑系统中逆转录酶M-MLV RT(依赖RNA的DNA聚合酶)的RNA核酸酶H(RNase H)结构域或在M-MLV RT 的N端融合病毒核衣壳蛋白(NC),可分别将PPE的编辑效率提高2.0倍和3.2倍。

究其原因,他们推测,RNase H结构域的去除稳定了sgRNA-DNA和nCas9-RT-pegRNA复合体中的RNA-DNA异源双链结构,NC蛋白通过其核酸退火活性在逆转录过程中辅助MLV-RT发挥功能。

研究人员进一步地通过整合以上两种优化策略,开发出了升级版新型引导编辑器ePPE。相比于PPE,ePPE在碱基替换、小片段插入、删除以及较大片段的插入和删除等多种编辑类型下编辑效率平均可提高5.8倍,且不增加脱靶及副产物的发生。

“ePPE作为一个更高效、广适的引导编辑器,可以算作是一支流畅合格的‘铅笔’,一块干净好用的‘橡皮’了。”刘怡静表示。

对此,另一位审稿人也表示:“这项研究在植物基因组编辑领域做出了及时而重要的贡献。”

种质创新“小试牛刀”

除了高效和广适性,合作团队通过进一步研究发现,当把新型引导编辑器ePPE与该课题组此前报道的dual-pegRNA策略和哈佛大学、博德研究所教授刘如谦实验室研发的epegRNA策略相结合时,可进一步提高引导编辑系统在内源基因上进行精准编辑的效率。

这些特性在很大程度上拓展了其应用范围。基于此,研究人员利用ePPE系统成功创制了对两种除草剂(甲咪唑烟酸和烟嘧磺隆)具备抗性的水稻新材料。

刘怡静介绍,乙酰乳酸核酶(OsALS)基因是支链氨基酸合成途径中的第一个酶,诸如磺酰脲类、咪唑啉酮、三唑嘧啶等除草剂都是该酶的抑制剂,通过抑制支链氨基酸的合成导致植物死亡,从而除去很多杂草。同时,这类除草剂对哺乳动物毒性非常小,应用价值很高。

“通过在ALS基因的特定位置上产生单个氨基酸的突变,可以获得抗性酶,赋予植物这一类除草剂抗性。”她表示,研究团队选择了Trp548Met突变作为目标靶点,该位点突变虽然可通过传统诱变的方法获得,但耗时耗力,需要巨大的工作量。而使用基因编辑方法不存在像诱变产生的其他有害突变,没有脱靶,也无需回交,突变体植株可快速投入应用生产。

研究人员在这一位点将编码色氨酸的“TGG”密码子修改为编码甲硫氨酸的密码子“ATG”,通过“铅笔”+“橡皮擦”,同时实现“T到A”和“G到T”的突变。据介绍,这是目前引导编辑外的其他编辑工具所不能实现的。最终他们以高出原始引导编辑器PPE 5.6倍的效率成功获得了抗除草剂的水稻新材料,并且在甲咪唑烟酸和烟嘧磺隆两种除草剂的筛选下有非常好的抗性表型。

“我国虽然在动植物基因编辑技术研发和应用上居于世界前列,但原始专利严重缺位,核心专利及底层技术大多被美国为首的西方国家垄断,产业安全面临严重挑战,加快推动基因组编辑基础研究是国家发展和战略布局的迫切需求。”论文共同通讯作者、遗传发育所研究员曹晓风院士在接受《中国科学报》采访时曾说。

而新系统的开发有望推动引导编辑在农业育种、作物改良等方面的应用。“我们也期待有更加流畅的‘彩笔’不仅可以实现更长片段的精准改写,也可以精致的绘制改写基因组上的修饰,画出‘彩色’的基因组信息。”刘怡静说。

【地缘冲突下的产业链困局】价格上涨运期延长,中欧班列跨国贸易暂陷窘境
证券时报记者赵黎昀孙宪超李曼宁唐强

3月份以来,地缘冲突事件不仅造成全球大宗商品价格急涨急跌,对下游生产制造业带来冲击,也不可避免加大了跨境贸易、货运市场的风险因素。

证券时报·e公司记者近日采访国内多地中欧班列、跨境贸易企业、物流运输行业人士等了解到,当前冲突地区乃至周边关联地的交通运输部分受限,叠加全球疫情影响,出现了运费上涨、运期延长以及其他不确定因素等。不过行业人士多认为,伴随地缘问题缓和,货运物流终会回归正常,长远看运输行业市场前景依然向好。

01中欧班列发运受波及

2011年3月,首趟中欧班列从重庆发出开往德国杜伊斯堡,开启了我国与欧洲多国陆陆相连的货运贸易新篇章。两年之后的2013年,大连港中欧班列也正式发车。

作为大连港中欧班列的运营商,辽港股份日前公告,2022年1-2 月,大连口岸直发中欧班列开行18列、近1900标箱,同比分别增长了80%和69%。

“但3月份开始,大连港中欧班列出口货量大幅减少,发运需求和意愿逐渐降低,导致运价波动也非常大。”辽港股份相关负责人近日接受证券时报·e公司记者采访时称,俄乌冲突爆发,对中欧班列影响明显。一方面,以俄罗斯班列为例,欧美对俄罗斯制裁后,俄罗斯结算受到影响,导致客户在未收到货款时,进行扣货不发。而卢布快速贬值也致使贸易无法正常开展,导致客户观望情绪严重。另一方面欧洲班列也受欧美制裁影响,部分国际货运代理公司担心被制裁所波及,原本通过铁路发运的货物改由海运发运。

凭借优越的地理位置优越,强大的货物集疏运能力,以及畅通且便捷的内外贸航线网络,特别是近洋航线丰富,能连接日、韩、台、东南亚地区的优势,大连港为货物过境中转至俄罗斯、欧洲提供了便利条件。特别是RCEP生效后,对区域内的辐射和吸引力进一步增强。出口量最大的商品涉及电子配件、商品汽车及配件、机械设备、日用百货等,主要出口目的地为俄罗斯、白俄罗斯、德国、波兰。

●据辽港股份方面统计,大连中欧班列2021年全年开行120列,完成箱量1.2万TEU,总货值2.8亿美金,总货重10万吨。其中,中亚过境商品车24列,运输过商品车4070 辆。

不过上述辽港股份相关负责人介绍,2020年初全球疫情爆发后,外贸海运受影响出现拖班、跳港、舱位紧张、价格高涨等问题。同时由于全球需求爆增,国内出口货物增长迅速,部分传统海运货物流向中欧班列,导致了铁路发运计划长期紧张、班列一舱难求、价格飞涨、通道拥堵的局面。致使运输时效逐渐降低,货物等待时间过长,给原本适合铁路发运的目标货源带来了冲击。

“所以,虽然疫情给中欧班列带来了暂时的繁荣,表面的货量增长,但同时也推高了运输价格。另外值得注意的是,中欧班列服务品质、运输效率都受到了严重影响。”他坦言。

据国铁集团网站介绍,目前中欧间已形成了西、中、东三大铁路运输通道。西通道经陇海、兰新线在新疆阿拉山口(霍尔果斯)铁路口岸与哈萨克斯坦、俄罗斯铁路相连;中通道经京广、京包、集二线在内蒙古二连浩特铁路口岸与蒙古国、俄罗斯铁路相连;东通道经京沪、京哈、滨州线在内蒙古满洲里铁路口岸、黑龙江绥芬河铁路口岸与俄罗斯铁路相连,均途经白俄罗斯、波兰等国铁路,通达欧洲其他各国。

当前地缘冲突问题,对全国多地中欧班列运营带来了不同程度影响。

据了解,中欧班列上海号原本每月4列稳定开行的班列,因部分企业撤柜后不得不重新集货,本月首列延至3月17日出发。

赣州国际陆港中欧班列本月初表示,此次发生冲突的地区主要集中在乌克兰,赣州国际陆港过境乌克兰的班列在多方的沟通协调下均进行了改线。原定于3月4日从赣州开往布达佩斯的班列在改线后照常开行。

一家班列运营公司相关负责人向证券时报·e公司记者表示,目前公司从阿拉山口出去到德国的线路,基本已停止运行,但至俄罗斯、中亚的班次增多了,总体运行班次没有变化。

不过记者从西安国际陆港多式联运有限公司处也了解到,自2022年2月24日俄乌冲突以来,中欧班列(长安号)正常运行。目前已经抵达欧洲的班列共计9列,其中杜堡2列,境外平均时效11.9天;汉堡2列,境外平均时效11.1天;马拉舍维奇4列,境外时效7.9天;纽斯1列,境外时效12.3天。

此外一成都中欧班列货运公司人士也表示,因为没有走涉乌克兰线路,中欧班列安全性有保障,暂时没有太大影响,目前正常运营。不过受疫情及战事影响,运费相较去年反而略有降低。以成都到杜伊斯堡为例,目前不带电池的电子产品一集装箱运费大概在12000美元左右,到4月份含集装箱租金更可能会降至10900左右。

成都国际铁路班列有限公司则指出,已高度关注地缘事件对中欧班列的影响,密切联系沿线各铁路公司及境外运输代理。马拉舍维奇口岸是中欧班列进入欧洲的重要分拨枢纽点和集装箱换装的重要运转点,大部分中欧班列运输经此口岸。据最新信息反馈,截止目前马拉舍维奇各场站均正常运转,班列在马拉舍维奇口岸的操作暂不受影响。

快递物流专家赵小敏认为,国内中欧班列做得比较好的河南、重庆、成都、新疆、黑龙江、浙江等重点区域,运输路线大部分涉及中东欧,还是受到一定影响,战争对贸易安全、结算方式、结算价格等都会造成一定影响。

商务部研究院国际市场研究所副所长白明对证券时报·e公司记者则表示,俄乌冲突爆发之后,使得中欧班列在运行过程的不确定性有所增加。虽然部分中欧班列是要经过俄罗斯、乌克兰,但是经过乌克兰的中欧班列比例并不是特别高。从目前的公开信息来看,还没有中欧班列停运的消息。接下来,俄乌冲突对中欧班列的影响会如何,主要还是要看俄乌冲突进一步进展,特别是双方的谈判会否有实质性进展。

02涉欧跨国贸易陷窘境

近年来,在“一带一路”倡议推动下,中欧班列充分发挥了时效、价格、运能、安全性等方面的比较优势,成为中欧间除海运、空运外的另一重要物流方式。据海关总署此前的消息,2021年首列从广州港始发的“港铁号”海铁联运中欧班列经阿拉山口驶出,历时16天到达目的地,比海运物流时间缩短了60%以上。

●有数据统计,2016年至2021年,中欧班列年开行数量由1702列增长到15183列,年均增长55%;运输货物品类从最初的手机、笔记本电脑等IT产品,扩大到汽车配件及整车、化工、机电、粮食、酒类、木材等5万余种;年运输货值由80亿美元提升至749亿美元,增长了9倍,在中欧贸易总额中的占比从1.5%提高到8%。

然而,在地缘冲突影响下,部分中欧班列的“老客户”也不得不放弃这以往一相对经济适用的运输方式。

“我们很多产品都是从欧盟进口的。现在俄罗斯和欧洲多个国家互相制裁,中欧班列又需要途径俄罗斯境内,受影响是一定难免的。比如我们日常多从波兰进口牛奶,但现在就不敢从俄罗斯过境,所以目前很多同行为了规避风险,就没有再定中欧班列的货柜了。航班成本又太高,除了特别贵重的货品,一般不会选择。像我们这种食品、日用品等低货值的产品,近期多是选择途径青岛港,走海运运输。”在郑州经营进口商品生意的李建(化名)感慨,从事外贸生意几十年,这两年面对的问题最多也最难。2020年新冠肺炎疫情波及全球,自家店里几乎所有产品供应都一度停止,货架全空,同行倒了不少。近两年来,虽然随着疫情常态化,货物供给逐步恢复,但海、陆、空的跨境运力持续紧张,运费也居高不下。

“虽说目前货物转海运后,俄乌战事对我们而言相对影响不大,但由于前几年行情不好的时候,很多船务公司都转让了,剩下几家行业巨头,海运运力不足,近两年海运价格也飞涨,成本已经增加。现在乱世下,做贸易的都看不懂行情,大家只能各凭本事搞货。”李建表示,俄乌战事下,除了物流问题,贸易商还需要面对汇率波动,合作商突发变故等风险,对行业冲击较为明显。“除了欧洲外,我们公司进口货物还主要来自澳洲等地,东南亚也会有一些,所以整体受冲击不太明显,之前到货的货柜还能维持运营。不过,如果这种战争局势持续时间拉长,影响就不好说了。”他表示。

“目前地缘冲突持续时间还相对较短,货代行业出现的多是日常也会遇到的类似情况,例如目的港没有人收货,无法通关等问题,俄乌战事影响下,这类问题会相对更突出、更密集。”长期关注货代行业的上海四维乐马律师事务所律师费立丽对证券时报·e公司记者表示,当前乌克兰全境货运物流都会受到影响,俄罗斯地区更多的则是受某些国家制裁的影响。货运目的地如果涉及相关区域,是否能够正常通关运输是存在很大不确定性的,如果出现货发出后难以到目的地的情况,其实麻烦更大。

她表示,目前形势下不仅物流部分受限,一些跨国公司也面临窘境。例如一家总部位于欧洲国家的跨国企业,其欧洲总部要根据当地政府命令,对俄罗斯禁运,进行制裁,同时总部也发出指令,要求中国子公司不允许向俄罗斯出口货物。但是对于在中国的公司来说,其是独立运营的主体,要对中国客户负责,对于要不要遵守欧洲国家政府的禁令是需要谨慎权衡的。

“从法律角度说,中国子公司是不应该受到欧洲国家政府禁令约束的,但是从企业内部管理层面,总部发出的指令,海外子公司也有遵守的义务。如果中国子公司不遵守欧洲国家政府禁令,欧洲总部又难免遭受处罚。但如果要遵守总部命令,中国公司就要面临对客户的违约责任。”费立丽称。

03海空运输亦遭受影响

正如费立丽所言,目前战事下,不仅中欧班列,涉及欧洲地区的近乎所有运输方式都会不同程度受到影响。

“一方面作为战争中心的乌克兰本地运输、仓储等已遭受冲击,另一方面俄罗斯由于对欧洲和美国很多国家禁飞,航班飞行区域也会受限。海运、铁路、包括一些国际公路运输受冲击相对更大。”她表示,乌克兰海运港口在冲突开始时就封闭了,船无法靠岸,港口货物也无法进行后续操作。对整个欧洲大陆都会影响。目前看来,海运受到战事影响是最大的。

主要生产功能性遮阳材料的上市公司玉马遮阳就在最新调研中表示,公司外销产品中,出口到俄罗斯和乌克兰的产品占比在 5%以下,其中出口到乌克兰的产品占比不到1%,目前,受战事影响波及海运物流,上述及周边国家的出货部分放缓,对公司出口销量略有影响。出口方面受俄乌战事影响,公司今年三月份对上述及周边国家的发货速度放缓,待海外战事和解后,将恢复到正常状态。

不过白明表示,与中欧班列相比,由于中欧海上运输的传统航线是穿越马六甲海峡、红海、地中海、苏伊士运河抵达欧洲,并不经过本次冲突区域,所以受本次俄乌冲突的影响不大。

详情可见:https://t.cn/A66X4vn3

#廊坊# 【刚刚!廊坊通报这些最新消息】

3月20日上午,廊坊市政府新闻办公室召开第九场廊坊市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会。

廊坊市第六轮全员核酸检测结果公布

廊坊市新冠肺炎疫情防控工作领导小组副组长、市政府副市长张春燕介绍,3月19日0时至24时,廊坊市报告确诊病例12例,均在安次区;无症状感染者534例,主要集中在安次区的葛渔城镇、东沽港镇和与其相临的霸州市扬芬港镇。今日公布的报告人数均为前两日核酸检测阳性人员,按照新发布的《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第九版)》工作规范和管理时序,由国家权威机构发布的。

张春燕介绍,3月19日开展的廊坊市第六轮全员核酸检测,当晚已出全部结果。其中,隔离点初筛阳性98例,包括安次区79例、霸州市11例、广阳区7例、三河市1例;霸州市初筛阳性102例,分布在其辖区6个乡镇、17个村街。目前,阳性检出人员已安全转运至定点医院,密接、次密接均已规范隔离管控。

在科学有效做好医疗救治方面,廊坊市对入院人员科学管理,坚持中西医结合、“一人一策”、个体化精准服务。目前,全市所有患者病情稳定。截至今天上午9时,累计出院123人,另有38人已符合出院条件,出院后进行自我健康监测。

切实严格规范隔离管控,廊坊市疫情防控领导小组隔离工作专班派驻专人巡回督导,持续加强对全市集中隔离点设置与管理的监督检查,切实规范设置“三区两通道”、视频监控等设施,强化人员配备和物资保障。同时,全面加强疫情期间医院感染防控,规范设置预检分诊、发热门诊,严格遵守全封闭就诊、设置“三区两通道”等规范工作流程,坚决避免发生院感和交叉感染。

廊坊市还全力做好民生服务保障。市主城区明确市中医院作为黄码医院、廊坊万福医院作为黄码妇产专科医院,各县(市、区)均明确1家黄码医院,其他医院均正常开展诊疗,全面做好孕产妇、急重病患、基础病人群、困难群众等重点人员就医需求,坚决禁止拒收、拒诊、拒治行为。

张春燕说,当前廊坊市疫情虽然形势向好、总体可控,未向外扩散,但霸州等地局部聚集性疫情仍处发展期,容不得须臾懈怠。廊坊市将始终保持战略定力,不麻痹、不侥幸、不松劲,从严从实、更快更早抓好应急处置,严防疫情外溢扩散,咬紧牙关坚持到最后胜利,全力以赴坚决打赢疫情防控阻击战、歼灭战。

无症状感染者占报告阳性感染者总数91.9%

廊坊市疫情防控疾病控制专家组副组长李文兰介绍,截至3月19日24时,廊坊市累计报告阳性感染者1906例,其中以无症状居多,占总报告数的91.9%。

3月13日起,廊坊市日新增数量维持在170例至250例之间(平均200例左右)。一是从病毒本身特性来看,本轮疫情传染毒株为奥密克戎BA.2进化分支,其重要特点是隐匿传播性更强,更不容易被早发现,一经检出发现,就已经形成聚集性疫情,防控难度极大;同时,传播速度极快,短时间内容易发生代际传播,这也是廊坊本轮疫情连续多日维持较高位数的原因之一。

李文兰介绍,从病毒学角度来分析,病毒复制有周期,当病毒载量达到一定数值才能被检出。从流行病学分析,随着廊坊市大规模多轮次的核酸筛查和隔离管控措施的实施核酸阳性检出在峰值之后,会呈现回落,这与疫情总体形势是吻合的,也符合传染病传播的一般规律。

李文兰说,与全国疫情报告数据的总趋势比对,结合廊坊当前防控形势,廊坊市病例报告数据在迎来高峰值以后,将有望呈连续下降趋势。

廊坊市全力提升方舱医院收治和服务保障能力

廊坊市委副秘书长、办公室主任马立东介绍,3月17日,廊坊市首座方舱医院于正式启用,建设面积1.5万平方米,设计床位1120张。方舱医院内现有7支省级医疗队伍,分别来自省医大一院、二院、三院、四院和省人民医院、胸科医院、儿童医院,包括呼吸、重症、儿科、中医等领域的215名医疗专家,其中带队的省三院王飞副院长、省四院刘运江副院长曾是援助武汉方舱医院的专家,还有廊坊市抽调的70名专业医生,医疗力量、技术力量雄厚,可以满足病患治疗需求。

由于方舱医院是短短几天改造完成并投入使用,收治和服务保障等工作同步进行,特别是进入的首批患者数量大,时间相对集中,方舱医院短暂出现患者同时领取物资、大量集中脱放防护服等情况。廊坊市委、市政府高度重视这些问题,立即增加人力物力。特别是针对患者脱放的防护服问题,按照医废的处置要求,迅速由第三方专业机构进行消杀并规范清运,努力改善现场的情况,竭尽全力为患者提供整洁良好的就医环境。

本着打造“温馨方舱、家庭暖舱”的目标,方舱医院针对患者的需求,不断加强生活保障,丰富精神生活,为患者打造良好的就医环境。他们组织成立“党员、干部病友志愿者组”,带头自治,互帮互助,共同保持维护方舱的良好秩序;开通舱内“疗愈电台”,电台主持人定时播放轻音乐、评书等节目,与舱内患者互动;邀请24名专职心理医生,通过微信对患者进行点对点心理辅导,通过广播对全体患者进行群体辅导等方式,努力对患者进行心理安抚。

为了保障医疗环境安全,他们还安排了两支消杀队伍,每天对室内外进行消杀。同时,设置物资保障专区,安排了专用食堂,每天投入后勤保障力量200余人,努力保障医患的生活需求,让病人可以安心治疗,医生可以放心工作。#廊坊疫情##固安头条[超话]#


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